转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 136 / 149 下载 TSV

上一页 136 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003420 Chr02 NC_080388.1:55418520-55418530promoter 内 672-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55421849-55423989(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAA
SmilChr02G000103 Chr02 NC_080388.1:1318722-1318732promoter 内 665-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1322058-1322513(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr02G005565 Chr02 NC_080388.1:75578757-75578767promoter 内 654-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75572911-75575420(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr03G003548 Chr03 NC_080389.1:54106348-54106358promoter 内 652-662 bp + 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54109697-54111990(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr01G001179 Chr01 NC_080387.1:23847039-23847049promoter 内 638-648 bp + 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23836130-23843686(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr05G002787 Chr05 NC_080391.1:32578027-32578037promoter 内 626-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32568062-32574662(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr07G001834 Chr07 NC_080393.1:15810690-15810700promoter 内 464-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15814227-15815452(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr07G002828 Chr07 NC_080393.1:28344086-28344096promoter 内 377-387 bp + 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28336051-28340472(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAT
SmilChr02G001688 Chr02 NC_080388.1:31115766-31115776promoter 内 366-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31111086-31112141(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr05G001692 Chr05 NC_080391.1:16070652-16070662promoter 内 331-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16066010-16066992(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr05G000363 Chr05 NC_080391.1:2708366-2708376promoter 内 318-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2702864-2704693(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr03G004740 Chr03 NC_080389.1:64526696-64526706promoter 内 243-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 64530454-64539570(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTTAGCTGTCG
SmilChr05G003468 Chr05 NC_080391.1:46063126-46063136promoter 内 102-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46067025-46069949(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr05G000366 Chr05 NC_080391.1:2715307-2715317promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2719227-2721484(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr02G000598 Chr02 NC_080388.1:8642789-8642799promoter 内 49-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8634748-8638847(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCT
SmilChr05G000360 Chr05 NC_080391.1:2692481-2692491promoter 内 41-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2686892-2688531(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTCAA
SmilChr03G000944 Chr03 NC_080389.1:10708667-10708677promoter 内 3283-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 10709385-10713375(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr03G000947 Chr03 NC_080389.1:10740578-10740588promoter 内 3276-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 10741303-10745284(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr06G003272 Chr06 NC_080392.1:45319790-45319800promoter 内 2834-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 45317026-45318633(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCAGCTGTAC
SmilChr06G001435 Chr06 NC_080392.1:15162445-15162455promoter 内 2350-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 15157014-15160804(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAC
SmilChr02G004290 Chr02 NC_080388.1:65224800-65224810promoter 内 3953-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 65223581-65224762(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACAGCTGTAT
SmilChr02G001387 Chr02 NC_080388.1:26364648-26364658promoter 内 3861-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26364027-26364518(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCC
SmilChr01G004363 Chr01 NC_080387.1:61817245-61817255promoter 内 3570-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 61814118-61816824(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCC
SmilChr01G004731 Chr01 NC_080387.1:65492299-65492309promoter 内 3554-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 65492746-65494127(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr06G003273 Chr06 NC_080392.1:45319790-45319800promoter 内 3524-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45320267-45321049(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAC
SmilChr01G000591 Chr01 NC_080387.1:12877433-12877443promoter 内 3491-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12877943-12878883(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr02G005360 Chr02 NC_080388.1:74318490-74318500promoter 内 3428-3438 bp - 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74319063-74320542(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAC
SmilChr04G000833 Chr04 NC_080390.1:10473181-10473191promoter 内 3353-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 10473829-10475535(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr01G003186 Chr01 NC_080387.1:50614415-50614425promoter 内 3204-3214 bp - 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50611651-50613628(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr03G002933 Chr03 NC_080389.1:46066503-46066513promoter 内 3162-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46067342-46070591(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr02G001386 Chr02 NC_080388.1:26364648-26364658promoter 内 3160-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26358554-26363817(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCC
SmilChr05G001030 Chr05 NC_080391.1:8448011-8448021promoter 内 3115-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8448897-8455607(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr03G003026 Chr03 NC_080389.1:47161867-47161877promoter 内 3072-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47158180-47160948(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr02G001388 Chr02 NC_080388.1:26364648-26364658promoter 内 2938-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26365711-26367457(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr07G002896 Chr07 NC_080393.1:29345216-29345226promoter 内 2669-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29340027-29343894(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr06G002373 Chr06 NC_080392.1:34572287-34572297promoter 内 2604-2614 bp - 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34569996-34570900(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ACCAGCTGCCT
SmilChr07G001765 Chr07 NC_080393.1:14954685-14954695promoter 内 2586-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14956100-14960046(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr06G001382 Chr06 NC_080392.1:14471846-14471856promoter 内 2531-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14469235-14470386(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr07G001136 Chr07 NC_080393.1:8525433-8525443promoter 内 2531-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8526903-8530483(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr01G003536 Chr01 NC_080387.1:53982597-53982607promoter 内 2485-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53984113-53988903(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74238818-74238828promoter 内 2448-2458 bp - 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAAT
SmilChr01G002064 Chr01 NC_080387.1:36499556-36499566promoter 内 2409-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36495443-36497974(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr01G000112 Chr01 NC_080387.1:1907430-1907440promoter 内 2364-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1909067-1909139(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCAGCTGTAC
SmilChr01G002095 Chr01 NC_080387.1:36959779-36959789promoter 内 2335-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36961445-36963873(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT
SmilChr03G004129 Chr03 NC_080389.1:60126243-60126253promoter 内 2331-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60127913-60132164(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCC
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4883725-4883735promoter 内 2275-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4885451-4887397(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAC
SmilChr04G001364 Chr04 NC_080390.1:22161459-22161469promoter 内 2262-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 22158958-22159730(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTTAGCTGTCT
SmilChr05G002296 Chr05 NC_080391.1:24791506-24791516promoter 内 2049-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24788599-24789564(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGGCAGCTGGT
SmilChr03G002932 Chr03 NC_080389.1:46066503-46066513promoter 内 2005-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46062193-46064517(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATTAGCTGTCC
SmilChr07G001156 Chr07 NC_080393.1:8666953-8666963promoter 内 1962-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8654472-8664924(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGTT