转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 137 / 157 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G003025 Chr02 NC_080388.1:50926919-50926933promoter 内 2036-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50923187-50924968(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTTTAATTAGGTTGA
SmilChr04G002507 Chr04 NC_080390.1:40057485-40057499promoter 内 2022-2036 bp - 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40059464-40064097(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr02G002141 Chr02 NC_080388.1:38537559-38537573promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38539588-38540729(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATAATTTTAGGTAAT
SmilChr01G003812 Chr01 NC_080387.1:56496309-56496323promoter 内 1969-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56492209-56494291(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTATTATTAGGTTAG
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33641387-33641401promoter 内 1960-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 33643428-33644575(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTATTATTAGGTTAG
SmilChr02G001101 Chr02 NC_080388.1:19845035-19845049promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 19836284-19842995(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38541254-38541268promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38543340-38546017(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTAACCTAATAATAC
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65270454-65270468promoter 内 1898-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 65272557-65278064(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTAATTAGGCAAT
SmilChr01G002830 Chr01 NC_080387.1:46905307-46905321promoter 内 1853-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46901493-46903173(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTAATTTAGGTACC
SmilChr02G002119 Chr02 NC_080388.1:37951645-37951659promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37953812-37955934(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACTTAATTAGGTTCG
SmilChr04G000226 Chr04 NC_080390.1:2022178-2022192promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 2015766-2019952(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAATGTTTT
SmilChr05G004272 Chr05 NC_080391.1:56530420-56530434promoter 内 1758-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56525632-56528191(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr02G003277 Chr02 NC_080388.1:54061876-54061890promoter 内 1714-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 54055901-54059603(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTATTATTAGGTTAG
SmilChr01G002766 Chr01 NC_080387.1:46058615-46058629promoter 内 1713-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46051009-46056341(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GTATTATTAGGTTAG
SmilChr02G002615 Chr02 NC_080388.1:45313672-45313686promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 45315985-45319676(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAAAATTTGGTAAT
SmilChr02G005359 Chr02 NC_080388.1:74312907-74312921promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 74307777-74310608(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAACACATG
SmilChr04G004024 Chr04 NC_080390.1:55477568-55477582promoter 内 1673-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55479896-55481306(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAAAATTG
SmilChr03G001236 Chr03 NC_080389.1:14273475-14273489promoter 内 1643-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 14275833-14278119(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTAATTAGGCAAT
SmilChr04G000339 Chr04 NC_080390.1:3129050-3129064promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3123846-3126672(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28035417-28035431promoter 内 1607-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTAATTTAGGTATT
SmilChr01G002146 Chr01 NC_080387.1:37444572-37444586promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37446978-37449245(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTAACCTAATATAAG
SmilChr03G003812 Chr03 NC_080389.1:57168006-57168020promoter 内 1570-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57162719-57165589(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATGGCCTAATTATTT
SmilChr02G001457 Chr02 NC_080388.1:27265368-27265382promoter 内 1562-1576 bp + 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27267807-27269888(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTAATTTAGGTATT
SmilChr04G002151 Chr04 NC_080390.1:34560107-34560121promoter 内 1558-1572 bp - 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34555768-34557678(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTAATTAGGCAAT
SmilChr03G003064 Chr03 NC_080389.1:47581638-47581652promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 47584368-47589089(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAATCACTT
SmilChr03G002339 Chr03 NC_080389.1:36862053-36862067promoter 内 1262-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36864792-36867431(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CATTAATTAGGCAAT
SmilChr02G004877 Chr02 NC_080388.1:70855061-70855075promoter 内 1197-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 70842455-70852271(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr04G002473 Chr04 NC_080390.1:39540215-39540229promoter 内 1187-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39536451-39537415(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATTTTTTAGGTAAA
SmilChr04G001803 Chr04 NC_080390.1:29522227-29522241promoter 内 1184-1198 bp + 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29515161-29519424(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAGACCTAATAAAAA
SmilChr04G003534 Chr04 NC_080390.1:51696792-51696806promoter 内 1151-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 51699642-51714902(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCAAATTTTTA
SmilChr01G002125 Chr01 NC_080387.1:37254614-37254628promoter 内 1140-1154 bp + 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 37245846-37251767(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr02G002985 Chr02 NC_080388.1:50470150-50470164promoter 内 1013-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 50473138-50474582(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr05G001197 Chr05 NC_080391.1:10064750-10064764promoter 内 1013-1027 bp - 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10067738-10071489(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTGCCTAATTAATG
SmilChr01G004725 Chr01 NC_080387.1:65429094-65429108promoter 内 934-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 65432161-65434293(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATACCTAACCTCTG
SmilChr05G002342 Chr05 NC_080391.1:25360908-25360922promoter 内 931-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25363978-25367330(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CCTACCTAAATACAC
SmilChr04G003976 Chr04 NC_080390.1:55230655-55230669promoter 内 926-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55224294-55227594(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATAATAT
SmilChr03G002952 Chr03 NC_080389.1:46241298-46241312promoter 内 911-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 46236360-46238222(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCGAAATTAGGTTTC
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SmilChr02G001885 Chr02 NC_080388.1:34166242-34166256promoter 内 843-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34169400-34171363(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CTAACCTAATAATAC
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SmilChr01G003356 Chr01 NC_080387.1:52300586-52300600promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 52303842-52304849(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATCACCTAATCTTTT
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