转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 139 / 149 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001341 Chr05 NC_080391.1:11820234-11820241promoter 内 1376-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11822859-11823416(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G002375 Chr02 NC_080388.1:41638977-41638984promoter 内 1374-1381 bp + 2620 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41636284-41636357(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G001595 Chr01 NC_080387.1:30067976-30067983promoter 内 1373-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 30056181-30065355(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74571149-74571156promoter 内 1372-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74573778-74575362(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64252869-64252876promoter 内 1369-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54924408-54924415promoter 内 1364-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G003426 Chr02 NC_080388.1:55468608-55468615promoter 内 1353-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55461968-55465967(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74049979-74049986promoter 内 1340-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74044426-74047325(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002385 Chr03 NC_080389.1:37775498-37775505promoter 内 1337-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37770658-37772841(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G003222 Chr06 NC_080392.1:44995610-44995617promoter 内 1337-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 44987519-44992953(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G002057 Chr06 NC_080392.1:27084741-27084748promoter 内 1329-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27087413-27089181(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G001018 Chr07 NC_080393.1:7406154-7406161promoter 内 1324-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7402622-7403484(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G002539 Chr07 NC_080393.1:24083156-24083163promoter 内 1317-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24080388-24080479(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G004386 Chr05 NC_080391.1:57334871-57334878promoter 内 1315-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57328916-57332192(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G000202 Chr03 NC_080389.1:2300051-2300058promoter 内 1314-1321 bp - 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2296226-2297371(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G000453 Chr07 NC_080393.1:3203629-3203636promoter 内 1314-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3198631-3200949(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G000474 Chr03 NC_080389.1:5043236-5043243promoter 内 1312-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5045925-5046758(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G002125 Chr07 NC_080393.1:19393459-19393466promoter 内 1312-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19396148-19399350(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G000927 Chr02 NC_080388.1:16132872-16132879promoter 内 1309-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16127729-16130187(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000573 Chr05 NC_080391.1:4317323-4317330promoter 内 1308-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4310740-4314637(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G000142 Chr08 NC_080394.1:922174-922181promoter 内 1308-1315 bp + 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 917560-919488(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G003714 Chr05 NC_080391.1:50255094-50255101promoter 内 1304-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50257791-50263352(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G003793 Chr04 NC_080390.1:54119430-54119437promoter 内 1301-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54122130-54125157(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G002197 Chr03 NC_080389.1:34589929-34589936promoter 内 1296-1303 bp + 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34585683-34587231(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G000488 Chr03 NC_080389.1:5217531-5217538promoter 内 1291-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5220241-5222556(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000181 Chr05 NC_080391.1:1445568-1445575promoter 内 1288-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1441232-1442862(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G000429 Chr04 NC_080390.1:4537308-4537315promoter 内 1287-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4540022-4540933(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G003489 Chr07 NC_080393.1:39463062-39463069promoter 内 1283-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39458740-39460351(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G001638 Chr02 NC_080388.1:30384115-30384122promoter 内 1275-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 30379580-30381396(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G000045 Chr06 NC_080392.1:372655-372662promoter 内 1275-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 366661-369936(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G002072 Chr06 NC_080392.1:27331691-27331698promoter 内 1274-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27334418-27335066(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G004673 Chr07 NC_080393.1:59676944-59676951promoter 内 1274-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59679671-59688699(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G001534 Chr04 NC_080390.1:25257940-25257947promoter 内 1271-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25260670-25262782(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G004256 Chr05 NC_080391.1:56359783-56359790promoter 内 1268-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56362516-56377269(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G005433 Chr02 NC_080388.1:74754317-74754324promoter 内 1267-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74748855-74751590(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G004053 Chr01 NC_080387.1:58973100-58973107promoter 内 1266-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58975835-58977641(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
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