转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 139 / 149 下载 TSV

上一页 139 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000933 Chr04 NC_080390.1:12177074-12177084promoter 内 1984-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12172227-12175067(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G000169 Chr05 NC_080391.1:1340960-1340970promoter 内 1978-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1335060-1338947(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr04G001090 Chr04 NC_080390.1:15620856-15620866promoter 内 1975-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15617053-15618840(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr06G003253 Chr06 NC_080392.1:45202186-45202196promoter 内 1968-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45194662-45200163(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5314551-5314561promoter 内 1923-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5316629-5320251(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr05G001134 Chr05 NC_080391.1:9470275-9470285promoter 内 1860-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9472416-9475494(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr07G000733 Chr07 NC_080393.1:5111416-5111426promoter 内 1827-1837 bp - 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5109171-5109252(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr03G000496 Chr03 NC_080389.1:5314551-5314561promoter 内 1730-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5308165-5312290(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr07G000732 Chr07 NC_080393.1:5111416-5111426promoter 内 1618-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5105065-5109043(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr03G003865 Chr03 NC_080389.1:57731525-57731535promoter 内 1570-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57724565-57729104(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GACCGCTGTCA
SmilChr01G005618 Chr01 NC_080387.1:72682552-72682562promoter 内 1462-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72677249-72680023(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr06G002400 Chr06 NC_080392.1:34776364-34776374promoter 内 1411-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34773005-34773784(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr01G001047 Chr01 NC_080387.1:21755054-21755064promoter 内 1366-1376 bp - 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21757689-21759255(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G001069 Chr01 NC_080387.1:22066679-22066689promoter 内 1329-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22062484-22064017(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr06G002275 Chr06 NC_080392.1:32627875-32627885promoter 内 1312-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32624621-32625196(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75038062-75038072promoter 内 1274-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50310962-50310972promoter 内 1262-1272 bp - 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTC
SmilChr01G000015 Chr01 NC_080387.1:310825-310835promoter 内 1210-1220 bp - 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 304530-308044(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr02G003155 Chr02 NC_080388.1:52610520-52610530promoter 内 1164-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52600597-52607693(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr02G003156 Chr02 NC_080388.1:52610520-52610530promoter 内 1122-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52607271-52607651(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr03G004416 Chr03 NC_080389.1:62326227-62326237promoter 内 1088-1098 bp - 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62320607-62323324(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr03G001927 Chr03 NC_080389.1:27047981-27047991promoter 内 1075-1085 bp - 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27050907-27053391(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G003723 Chr01 NC_080387.1:55555113-55555123promoter 内 1012-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55542510-55552134(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr04G000917 Chr04 NC_080390.1:11926647-11926657promoter 内 988-998 bp - 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11921453-11923644(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCT
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10982578-10982588promoter 内 924-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10975909-10979511(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCT
SmilChr04G002800 Chr04 NC_080390.1:43908474-43908484promoter 内 896-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43911579-43912436(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr06G000207 Chr06 NC_080392.1:1410494-1410504promoter 内 864-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1404118-1407367(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr05G003187 Chr05 NC_080391.1:40779916-40779926promoter 内 778-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40775798-40776703(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTC
SmilChr05G000028 Chr05 NC_080391.1:137866-137876promoter 内 725-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 141142-141837(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54199609-54199619promoter 内 616-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54190962-54196234(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr02G003829 Chr02 NC_080388.1:59942760-59942770promoter 内 448-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59946313-59947037(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGA
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76050391-76050401promoter 内 386-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr06G000209 Chr06 NC_080392.1:1410494-1410504promoter 内 258-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1414237-1418527(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53666719-53666729promoter 内 170-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53670550-53673864(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTACAGCTGAG
SmilChr01G002389 Chr01 NC_080387.1:41155879-41155889promoter 内 153-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41159727-41162434(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGCCC
SmilChr01G002260 Chr01 NC_080387.1:39400277-39400287promoter 内 101-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39392484-39396387(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr01G000593 Chr01 NC_080387.1:12925750-12925760promoter 内 84-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12914528-12921843(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr05G001569 Chr05 NC_080391.1:14348771-14348781promoter 内 66-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14338805-14344846(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTAAG
SmilChr01G003057 Chr01 NC_080387.1:49482447-49482457promoter 内 62-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49477247-49478518(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATA
SmilChr01G004866 Chr01 NC_080387.1:66782603-66782613promoter 内 5-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66786599-66790422(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTCAGCTGTAC
SmilChr03G000139 Chr03 NC_080389.1:1510101-1510111promoter 内 2984-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 1511118-1512343(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr03G000138 Chr03 NC_080389.1:1504225-1504235promoter 内 2877-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 1505349-1506468(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr01G001586 Chr01 NC_080387.1:29869624-29869634promoter 内 3680-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29869945-29875021(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr07G002771 Chr07 NC_080393.1:27574104-27574114promoter 内 3503-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 27570522-27573616(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr01G004386 Chr01 NC_080387.1:62023319-62023329promoter 内 3469-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62023851-62031540(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr04G001992 Chr04 NC_080390.1:32234935-32234945promoter 内 3164-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32232606-32234108(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr01G004209 Chr01 NC_080387.1:60535834-60535844promoter 内 2943-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60528217-60534786(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr01G001585 Chr01 NC_080387.1:29869624-29869634promoter 内 2750-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29867004-29868383(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr04G002874 Chr04 NC_080390.1:44880554-44880564promoter 内 2554-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44882001-44884311(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr07G001781 Chr07 NC_080393.1:15127877-15127887promoter 内 2027-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15092622-15125913(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG