转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 14 / 167 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002568 Chr04 NC_080390.1:40998520-40998531promoter 内 3291-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 40997715-40997821(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTGT
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38820432-38820443promoter 内 3160-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 38816497-38819602(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTCT
SmilChr06G000484 Chr06 NC_080392.1:3969203-3969214promoter 内 3100-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 3964333-3968313(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACACGCCAGG
SmilChr06G001701 Chr06 NC_080392.1:19568775-19568786promoter 内 2923-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19565969-19567708(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTGT
SmilChr07G001355 Chr07 NC_080393.1:10505399-10505410promoter 内 2580-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 10506820-10510239(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTAC
SmilChr07G001223 Chr07 NC_080393.1:9360270-9360281promoter 内 2563-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9361708-9363904(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCAGT
SmilChr04G001170 Chr04 NC_080390.1:17512726-17512737promoter 内 2483-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 17505225-17511219(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCCA
SmilChr04G001137 Chr04 NC_080390.1:16699210-16699221promoter 内 2482-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 16700729-16708920(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCAGG
SmilChr01G002552 Chr01 NC_080387.1:43615340-43615351promoter 内 2434-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 43616907-43618214(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGTCG
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37717934-37717945promoter 内 2397-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 37713921-37716341(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCTC
SmilChr04G002900 Chr04 NC_080390.1:45271636-45271647promoter 内 2259-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45273378-45273800(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGTCG
SmilChr03G004701 Chr03 NC_080389.1:64318538-64318549promoter 内 2180-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64320359-64324035(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGTGG
SmilChr04G001938 Chr04 NC_080390.1:31502587-31502598promoter 内 1623-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 31498037-31500220(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCTG
SmilChr04G000937 Chr04 NC_080390.1:12248927-12248938promoter 内 1536-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 12246367-12246473(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCTC
SmilChr03G002263 Chr03 NC_080389.1:35636260-35636271promoter 内 1456-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35638805-35641676(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCACGCCAGA
SmilChr04G000132 Chr04 NC_080390.1:1145566-1145577promoter 内 1455-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1135253-1143031(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCACGCCAGA
SmilChr04G001468 Chr04 NC_080390.1:24108082-24108093promoter 内 1393-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 24104581-24105485(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCCA
SmilChr02G003374 Chr02 NC_080388.1:54881657-54881668promoter 内 1067-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54884591-54887300(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCAGC
SmilChr02G005023 Chr02 NC_080388.1:71978687-71978698promoter 内 1017-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 71981671-71985177(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCAGG
SmilChr07G002994 Chr07 NC_080393.1:30652922-30652933promoter 内 923-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 30656000-30657102(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGCCA
SmilChr03G004083 Chr03 NC_080389.1:59747081-59747092promoter 内 778-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 59750304-59753165(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTGGCGTGTAC
SmilChr04G001616 Chr04 NC_080390.1:26937761-26937772promoter 内 499-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 26929571-26934270(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACTGGCGTGTCC
SmilChr04G002898 Chr04 NC_080390.1:45271636-45271647promoter 内 318-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45266190-45267964(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCAGT
SmilChr01G004993 Chr01 NC_080387.1:67973228-67973239promoter 内 113-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 67966518-67969351(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTGGCGTGTAC
SmilChr03G001978 Chr03 NC_080389.1:28648367-28648378promoter 内 97-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28643740-28644474(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGGCACGCCAGA
SmilChr02G001143 Chr02 NC_080388.1:20727650-20727661promoter 内 1036-1047 bp + 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 6 20718475-20724696(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGTGA
SmilChr08G003741 Chr08 NC_080394.1:42365418-42365429promoter 内 1857-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 42367562-42370656(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGTGA
SmilChr03G002099 Chr03 NC_080389.1:32453316-32453327promoter 内 1550-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 32449626-32450876(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGTGA
SmilChr01G000568 Chr01 NC_080387.1:11737541-11737552promoter 内 1127-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 11740415-11741377(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACACGCCAGA
SmilChr01G000735 Chr01 NC_080387.1:16311431-16311442promoter 内 204-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 16307539-16307645(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACACGCCAGA
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40282056-40282067promoter 内 3103-3114 bp - 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 40280312-40281169(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr08G003344 Chr08 NC_080394.1:34790166-34790177promoter 内 3025-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 34788368-34789201(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr07G004481 Chr07 NC_080393.1:57363572-57363583promoter 内 1783-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 57365790-57369594(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGTTG
SmilChr05G002724 Chr05 NC_080391.1:31349290-31349301promoter 内 431-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 31339663-31345731(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCTGGCGTGTTG
SmilChr04G003032 Chr04 NC_080390.1:46768984-46768995promoter 内 356-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 46772629-46773650(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr05G001764 Chr05 NC_080391.1:17359613-17359624promoter 内 3933-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 17359681-17362463(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTTA
SmilChr05G001747 Chr05 NC_080391.1:16976379-16976390promoter 内 3849-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 16976531-16979142(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTTA
SmilChr05G001424 Chr05 NC_080391.1:12914354-12914365promoter 内 3411-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 12911891-12913775(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTGGCGTGTTA
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SmilChr05G002495 Chr05 NC_080391.1:27676671-27676682promoter 内 3084-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 27669538-27675765(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCAGA
SmilChr05G001761 Chr05 NC_080391.1:17319042-17319053promoter 内 2835-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 17320208-17321899(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCTGGCGTGTTA
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SmilChr04G001618 Chr04 NC_080390.1:26967798-26967809promoter 内 2015-2026 bp - 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 26954229-26965823(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
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SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21443171-21443182promoter 内 1495-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACACGCCAGA
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SmilChr06G001939 Chr06 NC_080392.1:23755847-23755858promoter 内 1385-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 23749703-23753242(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCACACGCCAGA