转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 14 / 123 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000272 Chr03 NC_080389.1:3110277-3110291promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3113348-3114179(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr02G003360 Chr02 NC_080388.1:54735076-54735090promoter 内 926-940 bp + 3061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54738151-54742587(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G004053 Chr01 NC_080387.1:58972623-58972637promoter 内 789-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 58975835-58977641(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr02G000308 Chr02 NC_080388.1:3883141-3883155promoter 内 627-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3886515-3887161(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23456185-23456199promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23437008-23452672(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGGCGGTGGT
SmilChr02G000317 Chr02 NC_080388.1:3981427-3981441promoter 内 458-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3984970-3986986(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3166587-3166601promoter 内 357-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACACCTCA
SmilChr02G001559 Chr02 NC_080388.1:28864641-28864655promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 28868289-28869132(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAATCGTCGGTGGA
SmilChr01G002632 Chr01 NC_080387.1:44611659-44611673promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44615318-44617660(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGAGCGTCGGTGGG
SmilChr02G004838 Chr02 NC_080388.1:70500690-70500704promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 70495683-70497040(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGACAAC
SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4213004-4213018promoter 内 300-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4207634-4209317(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTCC
SmilChr04G000468 Chr04 NC_080390.1:5001714-5001728promoter 内 183-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5005532-5006849(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGCGTC
SmilChr05G001184 Chr05 NC_080391.1:9939320-9939334promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 9934897-9938261(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCGCCGACAACACC
SmilChr07G004654 Chr07 NC_080393.1:59411104-59411118promoter 内 2902-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 59408630-59410019(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACACAGCA
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31470142-31470156promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 31473384-31473543(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACATCGGG
SmilChr02G003240 Chr02 NC_080388.1:53670617-53670631promoter 内 2746-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 53671872-53674998(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACTGCC
SmilChr04G003271 Chr04 NC_080390.1:49410298-49410312promoter 内 2085-2099 bp + 1902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 49406301-49408396(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACATAATC
SmilChr02G004488 Chr02 NC_080388.1:67393779-67393793promoter 内 1641-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 67389325-67391433(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAATCGTCGGTGGC
SmilChr04G000460 Chr04 NC_080390.1:4905260-4905274promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 4896849-4901416(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGCCACT
SmilChr07G001139 Chr07 NC_080393.1:8550492-8550506promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 8550607-8552180(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGACGTGTCGGTGGG
SmilChr05G002226 Chr05 NC_080391.1:23794878-23794892promoter 内 3739-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 23789694-23794630(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGCGTCGGTGGA
SmilChr01G001293 Chr01 NC_080387.1:25757533-25757547promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25757930-25762497(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTATTTGTCGGTGGC
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21445109-21445123promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACTGCC
SmilChr08G001739 Chr08 NC_080394.1:14605941-14605955promoter 内 3226-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 14606716-14608710(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCTTTGTCGGTGGT
SmilChr05G002323 Chr05 NC_080391.1:25037376-25037390promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25035223-25036614(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACTTAG
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42939146-42939160promoter 内 3085-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCCGCT
SmilChr05G003035 Chr05 NC_080391.1:38046550-38046564promoter 内 3042-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38042036-38045605(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCCGCT
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34126473-34126487promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 34127505-34128953(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGCCGCT
SmilChr03G002956 Chr03 NC_080389.1:46312832-46312846promoter 内 2926-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 46307575-46311771(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGCGTCGGTGGA
SmilChr07G002648 Chr07 NC_080393.1:25656966-25656980promoter 内 2840-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 25658127-25658568(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTGTGGCGGTGGT
SmilChr03G000101 Chr03 NC_080389.1:1126397-1126411promoter 内 2676-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 1122336-1125086(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCAGTGGCGGTGGT
SmilChr03G000706 Chr03 NC_080389.1:7860148-7860162promoter 内 2386-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 7861763-7864719(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACAGCGTCGGTGGG
SmilChr03G001181 Chr03 NC_080389.1:13562172-13562186promoter 内 2346-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13557593-13560531(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACACGGTC
SmilChr08G002432 Chr08 NC_080394.1:23133067-23133081promoter 内 1998-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 23126437-23131078(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCAGTGGCGGTGGT
SmilChr04G003318 Chr04 NC_080390.1:49916951-49916965promoter 内 1960-1974 bp - 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 49911775-49914924(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTAGTGTCGGTGCT
SmilChr06G001847 Chr06 NC_080392.1:21789044-21789058promoter 内 1955-1969 bp + 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 21791090-21804361(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGCGTCGGTGGA
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