转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 142 / 153 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58638756-58638765promoter 内 1946-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58634544-58636710(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCG
SmilChr02G005287 Chr02 NC_080388.1:73895309-73895318promoter 内 1946-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73892448-73893263(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGACG
SmilChr02G002470 Chr02 NC_080388.1:43096100-43096109promoter 内 1886-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43098215-43100259(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G004382 Chr02 NC_080388.1:66168564-66168573promoter 内 1885-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66170680-66179784(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCG
SmilChr01G002767 Chr01 NC_080387.1:46066810-46066819promoter 内 1814-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46068997-46071935(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr04G003079 Chr04 NC_080390.1:47403734-47403743promoter 内 1801-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47399044-47401543(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37245998-37246007promoter 内 1792-1801 bp - 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr03G002335 Chr03 NC_080389.1:36836376-36836385promoter 内 1783-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36833359-36834167(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATTCCGACCG
SmilChr02G002733 Chr02 NC_080388.1:47250323-47250332promoter 内 1772-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47252552-47261659(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CGTCCGACAT
SmilChr01G005332 Chr01 NC_080387.1:70517187-70517196promoter 内 1764-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70513261-70514959(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr02G001516 Chr02 NC_080388.1:28277546-28277555promoter 内 1727-1736 bp - 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28275200-28275281(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CGGTCGGAAT
SmilChr01G003865 Chr01 NC_080387.1:56894861-56894870promoter 内 1575-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56897287-56900336(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G000720 Chr02 NC_080388.1:11589698-11589707promoter 内 1562-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11592137-11595069(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGACG
SmilChr04G003257 Chr04 NC_080390.1:49306929-49306938promoter 内 1487-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49300848-49304424(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr03G004734 Chr03 NC_080389.1:64490080-64490089promoter 内 1380-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64485194-64487468(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr01G001244 Chr01 NC_080387.1:24940761-24940770promoter 内 1379-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24935348-24938148(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G004863 Chr02 NC_080388.1:70754681-70754690promoter 内 1361-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70757321-70760043(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr04G002167 Chr04 NC_080390.1:34958454-34958463promoter 内 1359-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34950420-34955821(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr05G001634 Chr05 NC_080391.1:15275055-15275064promoter 内 1328-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15277728-15278583(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr04G003967 Chr04 NC_080390.1:55147151-55147160promoter 内 1309-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55149843-55152553(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr01G001469 Chr01 NC_080387.1:28479783-28479792promoter 内 1270-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28471739-28477061(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr04G000098 Chr04 NC_080390.1:884263-884272promoter 内 1247-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 887017-889490(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr01G000451 Chr01 NC_080387.1:9186229-9186238promoter 内 1224-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9189006-9190472(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32076872-32076881promoter 内 1129-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr01G000942 Chr01 NC_080387.1:19947750-19947759promoter 内 1127-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19950624-19953254(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr02G000457 Chr02 NC_080388.1:6098323-6098332promoter 内 1045-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6101279-6102811(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G003816 Chr02 NC_080388.1:59786308-59786317promoter 内 845-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59781262-59783161(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr04G000187 Chr04 NC_080390.1:1651753-1651762promoter 内 677-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1655077-1664720(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G000505 Chr02 NC_080388.1:6963569-6963578promoter 内 670-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6957928-6960247(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr01G000614 Chr01 NC_080387.1:13550981-13550990promoter 内 630-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13554352-13558027(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CGTCCGACAT
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57532355-57532364promoter 内 615-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr04G001887 Chr04 NC_080390.1:30812663-30812672promoter 内 567-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30816097-30817013(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19342468-19342477promoter 内 509-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8805989-8805998promoter 内 464-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8809526-8811807(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr04G001692 Chr04 NC_080390.1:27968802-27968811promoter 内 458-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27958312-27965268(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGACG
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SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75732713-75732722promoter 内 361-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr04G000627 Chr04 NC_080390.1:7136849-7136858promoter 内 331-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7132128-7133188(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CGTCCGACAT
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SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70754681-70754690promoter 内 282-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70749785-70750971(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
SmilChr01G003713 Chr01 NC_080387.1:55481209-55481218promoter 内 258-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55473436-55477475(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTGTCGGTGT
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SmilChr02G004214 Chr02 NC_080388.1:64391246-64391255promoter 内 78-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64384833-64387332(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ACACCGACAA