转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 144 / 149 下载 TSV

上一页 144 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003912 Chr03 NC_080389.1:58208417-58208431promoter 内 3805-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58202966-58208235(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAACAGA
SmilChr02G000381 Chr02 NC_080388.1:4774057-4774071promoter 内 3784-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4772304-4773854(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr02G004801 Chr02 NC_080388.1:70200759-70200773promoter 内 3784-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70197661-70200556(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGGATTATCCAAATT
SmilChr02G004127 Chr02 NC_080388.1:63521545-63521559promoter 内 3780-3794 bp + 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63520369-63521338(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAAGTGA
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31188847-31188861promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr03G002215 Chr03 NC_080389.1:34903661-34903675promoter 内 3759-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34901724-34903433(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTGGGATAAGGCA
SmilChr01G000721 Chr01 NC_080387.1:16141806-16141820promoter 内 3751-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16135175-16141570(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAAAGT
SmilChr04G004026 Chr04 NC_080390.1:55516927-55516941promoter 内 3717-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55517211-55520766(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATTATCCATTAT
SmilChr01G004932 Chr01 NC_080387.1:67376428-67376442promoter 内 3698-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67372644-67376139(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAAAAGATAAGGGT
SmilChr01G001034 Chr01 NC_080387.1:21493966-21493980promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21494383-21495550(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATTATCCAATTA
SmilChr01G000509 Chr01 NC_080387.1:10346721-10346735promoter 内 3583-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10339985-10346317(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCATCAA
SmilChr03G003536 Chr03 NC_080389.1:53964253-53964267promoter 内 3570-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53964684-53974120(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCACTTATCCACAAA
SmilChr01G001589 Chr01 NC_080387.1:29919697-29919711promoter 内 3566-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29915355-29919276(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCATCAA
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59156212-59156226promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59156653-59157317(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAGTGGATAATACC
SmilChr03G003942 Chr03 NC_080389.1:58489317-58489331promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58489759-58493552(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCATCAA
SmilChr04G000346 Chr04 NC_080390.1:3206810-3206824promoter 内 3534-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3202920-3206357(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGGATTATCCAAATC
SmilChr04G003912 Chr04 NC_080390.1:54848222-54848236promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54848704-54850082(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCAAACA
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66333749-66333763promoter 内 3512-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAGTGGATAATTTA
SmilChr03G000141 Chr03 NC_080389.1:1546383-1546397promoter 内 3512-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1537730-1545908(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAGGCCT
SmilChr03G003749 Chr03 NC_080389.1:56549004-56549018promoter 内 3501-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56549504-56552002(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAATTAA
SmilChr03G003981 Chr03 NC_080389.1:58820605-58820619promoter 内 3501-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58821105-58823702(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6233835-6233849promoter 内 3481-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6232208-6233329(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCATGTT
SmilChr01G005968 Chr01 NC_080387.1:75380507-75380521promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75378514-75379948(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTTTGGATAATTTA
SmilChr02G003480 Chr02 NC_080388.1:56081005-56081019promoter 内 3375-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56081631-56081721(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCTACAC
SmilChr04G002738 Chr04 NC_080390.1:43054571-43054585promoter 内 3365-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43053877-43053949(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATTAGGCG
SmilChr04G000762 Chr04 NC_080390.1:9302331-9302345promoter 内 3334-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9302998-9308636(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTCTCCATAAT
SmilChr04G000507 Chr04 NC_080390.1:5553432-5553446promoter 内 3305-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 5554128-5557577(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTTATCCATACA
SmilChr02G005281 Chr02 NC_080388.1:73857602-73857616promoter 内 3289-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73855582-73856904(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTTTGGATAATACC
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39213531-39213545promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39211130-39212815(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATAAAGATAAGGAG
SmilChr04G002242 Chr04 NC_080390.1:36209646-36209660promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36210406-36218365(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr01G002906 Chr01 NC_080387.1:47758828-47758842promoter 内 3240-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47752984-47758081(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTTATCCACTTC
SmilChr04G003476 Chr04 NC_080390.1:51227152-51227166promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51227915-51229704(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGGATTATCCAAAAC
SmilChr02G005460 Chr02 NC_080388.1:74910751-74910765promoter 内 3150-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74911602-74916578(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCCAATA
SmilChr04G000249 Chr04 NC_080390.1:2266274-2266288promoter 内 3150-3164 bp - 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2242715-2265437(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTATTATCCAAACA
SmilChr01G001337 Chr01 NC_080387.1:26559533-26559547promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26560405-26567016(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTTTCCATAAA
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