转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 147 / 149 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58370114-58370128promoter 内 663-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58373452-58375694(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCAAACA
SmilChr02G005167 Chr02 NC_080388.1:73006229-73006243promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72999379-73002875(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAGGCCT
SmilChr01G003052 Chr01 NC_080387.1:49475610-49475624promoter 内 627-641 bp - 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49470488-49472250(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATTATCCAATTA
SmilChr01G000696 Chr01 NC_080387.1:15591836-15591850promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15595212-15597503(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGACAGGATAAGCTT
SmilChr02G003158 Chr02 NC_080388.1:52621213-52621227promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52616406-52617845(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAACTCT
SmilChr04G000152 Chr04 NC_080390.1:1331790-1331804promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1327590-1328422(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGATGGGATAAGATT
SmilChr02G003407 Chr02 NC_080388.1:55238623-55238637promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55242063-55244988(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCATTATCCATGTC
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62791120-62791134promoter 内 497-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAAAAGATAAGGGT
SmilChr01G002496 Chr01 NC_080387.1:42764900-42764914promoter 内 493-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42756988-42761406(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCAGGATAAGACC
SmilChr02G005118 Chr02 NC_080388.1:72683220-72683234promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72677708-72679716(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAATGGATAATCAT
SmilChr02G004592 Chr02 NC_080388.1:68436612-68436626promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68420941-68433107(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAAAGAG
SmilChr04G003981 Chr04 NC_080390.1:55252988-55253002promoter 内 473-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55256516-55259156(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCAGGATAAGCTC
SmilChr04G003736 Chr04 NC_080390.1:53667052-53667066promoter 内 458-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53670595-53674308(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGGCCTATCCATTTT
SmilChr01G003477 Chr01 NC_080387.1:53309986-53310000promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53313551-53320360(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAAAGC
SmilChr03G001247 Chr03 NC_080389.1:14375956-14375970promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14370154-14372405(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGATAAGATAAGGTG
SmilChr03G004634 Chr03 NC_080389.1:63972827-63972841promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 63967629-63969273(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTAAGATAAGGAG
SmilChr04G003376 Chr04 NC_080390.1:50320647-50320661promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50324231-50325449(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAACAGA
SmilChr02G000940 Chr02 NC_080388.1:16395611-16395625promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16388761-16392027(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTTATCCATTAA
SmilChr03G001645 Chr03 NC_080389.1:21279929-21279943promoter 内 334-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21283596-21286659(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATTATCCATTAT
SmilChr02G004003 Chr02 NC_080388.1:62371588-62371602promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62357810-62367930(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGGATTATCCAAAAC
SmilChr02G005277 Chr02 NC_080388.1:73839883-73839897promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 73834413-73836208(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTGGGATAAGAAT
SmilChr01G002546 Chr01 NC_080387.1:43551509-43551523promoter 内 307-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43555203-43557647(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAATCCG
SmilChr01G004914 Chr01 NC_080387.1:67174393-67174407promoter 内 271-285 bp + 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67169797-67170677(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAAGGGATAAGATA
SmilChr04G003735 Chr04 NC_080390.1:53667052-53667066promoter 内 267-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53661609-53663332(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATGGATAGGCCT
SmilChr01G004143 Chr01 NC_080387.1:59927583-59927597promoter 内 264-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59931320-59935459(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAGATGGATAAGCTT
SmilChr04G003457 Chr04 NC_080390.1:51061917-51061931promoter 内 244-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51056587-51058174(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTAATGGATAGTGTG
SmilChr01G000344 Chr01 NC_080387.1:7010252-7010266promoter 内 243-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7014010-7031591(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGATTGGATAAAAAA
SmilChr01G004904 Chr01 NC_080387.1:67106813-67106827promoter 内 237-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67101257-67103063(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGGCTTATCCGAATT
SmilChr02G004063 Chr02 NC_080388.1:62927892-62927906promoter 内 198-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62931695-62936721(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCACTAG
SmilChr03G003819 Chr03 NC_080389.1:57249876-57249890promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57253699-57259592(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGCTTTATCCAGAAT
SmilChr02G000306 Chr02 NC_080388.1:3851321-3851335promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3855165-3858519(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAGTGGATAAAGAG
SmilChr01G005135 Chr01 NC_080387.1:69150545-69150559promoter 内 153-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 69141539-69146711(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAATCCG
SmilChr03G003570 Chr03 NC_080389.1:54355947-54355961promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54359803-54365778(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATTATCCAAAAC
SmilChr04G001668 Chr04 NC_080390.1:27647873-27647887promoter 内 116-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27651758-27653644(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGTGAGGATAAGTCT
SmilChr02G005030 Chr02 NC_080388.1:72035479-72035493promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72028583-72031583(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATGTCATCCATATC
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