转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 15 / 167 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002588 Chr06 NC_080392.1:37089238-37089249promoter 内 1380-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 37082597-37086628(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr04G001620 Chr04 NC_080390.1:26967798-26967809promoter 内 1337-1348 bp - 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 26960806-26965145(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr01G001121 Chr01 NC_080387.1:22835354-22835365promoter 内 960-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 22831740-22832324(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCAGC
SmilChr01G005403 Chr01 NC_080387.1:71292768-71292779promoter 内 921-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 71295848-71297322(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGACACGCCAGA
SmilChr04G003191 Chr04 NC_080390.1:48637162-48637173promoter 内 310-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 48632178-48633482(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr02G000353 Chr02 NC_080388.1:4577265-4577276promoter 内 169-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 4558223-4573444(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCAGA
SmilChr02G001623 Chr02 NC_080388.1:30158052-30158063promoter 内 3958-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 4 30158095-30162904(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACC
SmilChr06G001049 Chr06 NC_080392.1:10351800-10351811promoter 内 3949-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 10351852-10353464(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr08G002856 Chr08 NC_080394.1:28392133-28392144promoter 内 3376-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 28388404-28391519(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCTC
SmilChr01G004144 Chr01 NC_080387.1:59940359-59940370promoter 内 3368-3379 bp + 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 59934933-59939737(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr01G005197 Chr01 NC_080387.1:69654711-69654722promoter 内 2783-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 69652794-69653504(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37866516-37866527promoter 内 1860-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 37862410-37864386(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr02G000594 Chr02 NC_080388.1:8527198-8527209promoter 内 1287-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 8523336-8524495(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCTG
SmilChr06G001047 Chr06 NC_080392.1:10351800-10351811promoter 内 1034-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 10346112-10348844(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCAA
SmilChr06G000128 Chr06 NC_080392.1:902825-902836promoter 内 987-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 897720-899822(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr04G000220 Chr04 NC_080390.1:1910524-1910535promoter 内 771-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 1913754-1916737(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCTC
SmilChr02G005188 Chr02 NC_080388.1:73190499-73190510promoter 内 693-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 73184495-73187202(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr08G002492 Chr08 NC_080394.1:23879488-23879499promoter 内 3975-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 23879514-23880342(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGCACGCCACT
SmilChr01G003232 Chr01 NC_080387.1:51092168-51092179promoter 内 3943-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 51088112-51092121(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCTT
SmilChr03G002928 Chr03 NC_080389.1:46037015-46037026promoter 内 3931-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 46035383-46036956(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCACGCCACT
SmilChr02G001622 Chr02 NC_080388.1:30158052-30158063promoter 内 3872-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 30155354-30157934(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCAA
SmilChr04G002427 Chr04 NC_080390.1:38907969-38907980promoter 内 3688-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 38905700-38907667(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:285628-285639promoter 内 3628-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6782947-6782958promoter 内 3573-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr08G003436 Chr08 NC_080394.1:36665315-36665326promoter 内 3334-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 36660710-36664659(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCTC
SmilChr06G003224 Chr06 NC_080392.1:44996372-44996383promoter 内 2999-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 44997374-44998927(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCAA
SmilChr04G001415 Chr04 NC_080390.1:23016548-23016559promoter 内 2721-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 23009713-23015279(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAGCACGCCACT
SmilChr08G003193 Chr08 NC_080394.1:32728243-32728254promoter 内 2544-2555 bp - 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 32729700-32733491(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCCA
SmilChr07G002619 Chr07 NC_080393.1:25276418-25276429promoter 内 1632-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 25272812-25274060(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACG
SmilChr07G002621 Chr07 NC_080393.1:25276418-25276429promoter 内 1494-1505 bp - 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 25278925-25282992(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCAA
SmilChr01G004103 Chr01 NC_080387.1:59508392-59508403promoter 内 1301-1312 bp + 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 59503982-59505703(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr01G005450 Chr01 NC_080387.1:71564475-71564486promoter 内 1245-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 71561439-71561730(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTT
SmilChr08G002521 Chr08 NC_080394.1:24418380-24418391promoter 内 655-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 24410241-24415045(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGCACGCCACT
SmilChr06G003222 Chr06 NC_080392.1:44996372-44996383promoter 内 571-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 44987519-44992953(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTGCACGCCACC
SmilChr04G001416 Chr04 NC_080390.1:23016548-23016559promoter 内 497-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 23020052-23023145(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCTG
SmilChr06G002748 Chr06 NC_080392.1:39938176-39938187promoter 内 561-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 39932646-39934747(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTTC
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