转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 15 / 164 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001743 Chr01 NC_080387.1:32121379-32121393promoter 内 1239-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 32118551-32118631(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr02G000928 Chr02 NC_080388.1:16141438-16141452promoter 内 273-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 16145166-16147101(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCAACCAACTT
SmilChr01G002758 Chr01 NC_080387.1:45922880-45922894promoter 内 3815-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45921453-45922708(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCTCTTT
SmilChr05G001814 Chr05 NC_080391.1:18153391-18153405promoter 内 3780-3794 bp - 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 18153612-18154909(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAAGAC
SmilChr05G000008 Chr05 NC_080391.1:37584-37598promoter 内 3759-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 37826-42035(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGGTGGA
SmilChr05G002357 Chr05 NC_080391.1:25583614-25583628promoter 内 3535-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 25580259-25583162(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCTCT
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62805241-62805255promoter 内 3522-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCAACCAACTT
SmilChr08G000394 Chr08 NC_080394.1:2766635-2766649promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2767454-2768307(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTGGA
SmilChr05G001323 Chr05 NC_080391.1:11358066-11358080promoter 内 2626-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11354476-11356705(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCAAACT
SmilChr08G002166 Chr08 NC_080394.1:19610580-19610594promoter 内 2109-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19607743-19608702(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGGGGTAGGTGGA
SmilChr06G000539 Chr06 NC_080392.1:4500663-4500677promoter 内 2021-2035 bp - 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4502643-4503525(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCAACAT
SmilChr08G002167 Chr08 NC_080394.1:19610580-19610594promoter 内 1813-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19612768-19616677(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr01G005316 Chr01 NC_080387.1:70403705-70403719promoter 内 1305-1319 bp - 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 70406401-70406994(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCCCAA
SmilChr06G000887 Chr06 NC_080392.1:8402927-8402941promoter 内 1091-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8405837-8406915(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCAAATA
SmilChr01G003316 Chr01 NC_080387.1:51887583-51887597promoter 内 959-973 bp - 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 51880672-51884555(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGGTGGA
SmilChr08G000531 Chr08 NC_080394.1:3875062-3875076promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3862083-3871885(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCATTTC
SmilChr08G000870 Chr08 NC_080394.1:6453094-6453108promoter 内 729-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6449165-6449836(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGGTGGA
SmilChr05G000806 Chr05 NC_080391.1:6301649-6301663promoter 内 115-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6296794-6297777(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTCATC
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39848950-39848964promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 39849094-39851883(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G002013 Chr04 NC_080390.1:32676355-32676369promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 32671486-32673946(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGATGGTAGGTAGG
SmilChr04G002014 Chr04 NC_080390.1:32676355-32676369promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 32672832-32673872(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGATGGTAGGTAGG
SmilChr04G000881 Chr04 NC_080390.1:11217667-11217681promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 11217866-11221934(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACATT
SmilChr02G004128 Chr02 NC_080388.1:63522279-63522293promoter 内 3685-3699 bp - 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 63522595-63526785(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCAGCAT
SmilChr05G001968 Chr05 NC_080391.1:20280257-20280271promoter 内 3622-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 20276669-20279892(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72550874-72550888promoter 内 3463-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 72551412-72553133(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G002521 Chr04 NC_080390.1:40247926-40247940promoter 内 3413-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 40248514-40251244(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G004981 Chr02 NC_080388.1:71694772-71694786promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 71695648-71700824(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G004674 Chr07 NC_080393.1:59688071-59688085promoter 内 3032-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 59689040-59692958(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTATTGGTAGGTGAG
SmilChr08G000304 Chr08 NC_080394.1:2152114-2152128promoter 内 2743-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 2128083-2150870(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G004060 Chr04 NC_080390.1:55750849-55750863promoter 内 2669-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 55745870-55749531(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCTACAC
SmilChr07G001053 Chr07 NC_080393.1:7688371-7688385promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 7689849-7689933(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACATT
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42661926-42661940promoter 内 2356-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 42663571-42665645(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTACCTACCTCCAC
SmilChr08G001818 Chr08 NC_080394.1:15348153-15348167promoter 内 1491-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 15343150-15345657(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACATT
SmilChr07G001372 Chr07 NC_080393.1:10643599-10643613promoter 内 997-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 10639206-10640609(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCTTTTT
SmilChr05G003726 Chr05 NC_080391.1:50351770-50351784promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 50355334-50357596(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTATTGGTAGGTGAG
SmilChr03G000574 Chr03 NC_080389.1:6237248-6237262promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 6240938-6243384(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTAGGTAGGTAGG
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