转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 150 / 161 下载 TSV

上一页 150 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5659865-5659879promoter 内 3387-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5660479-5663588(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr03G001881 Chr03 NC_080389.1:26121031-26121045promoter 内 3370-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26121662-26124643(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr04G001187 Chr04 NC_080390.1:18120195-18120209promoter 内 3334-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18120862-18123724(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22586390-22586404promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22582678-22585733(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr07G000160 Chr07 NC_080393.1:958385-958399promoter 内 3311-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 955673-957709(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCCCATT
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2242570-2242584promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACCGACGGCAAAAG
SmilChr01G000550 Chr01 NC_080387.1:11419967-11419981promoter 内 3269-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11416291-11419249(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr01G000596 Chr01 NC_080387.1:12974377-12974391promoter 内 3268-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12975110-12977951(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44876798-44876812promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44872611-44876066(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCTTCAT
SmilChr08G001254 Chr08 NC_080394.1:9952660-9952674promoter 内 3229-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9942601-9951902(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTAACCGACAACC
SmilChr06G001957 Chr06 NC_080392.1:24315078-24315092promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 24315884-24318737(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTTTGCCGACTGCT
SmilChr08G000341 Chr08 NC_080394.1:2375131-2375145promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2371275-2374326(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGTCACCA
SmilChr08G004039 Chr08 NC_080394.1:48856708-48856722promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48855444-48855884(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCTGCCGACCATA
SmilChr08G004040 Chr08 NC_080394.1:48863016-48863030promoter 内 3162-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48861751-48862191(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCTGCCGACCATA
SmilChr02G001386 Chr02 NC_080388.1:26364668-26364682promoter 内 3136-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26358554-26363817(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTGTGTCGACAAAC
SmilChr05G001285 Chr05 NC_080391.1:10999670-10999684promoter 内 3125-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11000546-11003333(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCGGTCGGCAGCAG
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63627075-63627089promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63623874-63626192(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGACAAATG
SmilChr01G006193 Chr01 NC_080387.1:77543652-77543666promoter 内 3094-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 77540519-77542759(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGACGGGAT
SmilChr02G001198 Chr02 NC_080388.1:22117028-22117042promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 22117936-22121739(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GACGCACCGACAATC
SmilChr08G001847 Chr08 NC_080394.1:15836537-15836551promoter 内 3085-3099 bp + 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15837453-15839071(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCAGTCGGCAAAGA
SmilChr04G004180 Chr04 NC_080390.1:56386035-56386049promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56383202-56385072(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAAATGCCGACATTC
SmilChr01G005880 Chr01 NC_080387.1:74737836-74737850promoter 内 2964-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74738873-74740800(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCGGACCGACAAGA
SmilChr02G001388 Chr02 NC_080388.1:26364668-26364682promoter 内 2958-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26365711-26367457(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGACACAGG
SmilChr06G002496 Chr06 NC_080392.1:35831194-35831208promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35832309-35835274(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGGCGGCAAAAG
SmilChr06G002490 Chr06 NC_080392.1:35779961-35779975promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35781078-35784038(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGGCGGCAAAAG
SmilChr02G003779 Chr02 NC_080388.1:59476964-59476978promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59474405-59475851(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATGACGGCAAAGC
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8216264-8216278promoter 内 2777-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCTCGTCGACAAAG
SmilChr08G001867 Chr08 NC_080394.1:16025437-16025451promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16026674-16028158(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGAAGGCCGACAGCG
SmilChr08G001255 Chr08 NC_080394.1:9952660-9952674promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9953908-9956092(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGTTACCC
SmilChr03G000302 Chr03 NC_080389.1:3452515-3452529promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3449974-3451236(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTTGCCGACTCTG
SmilChr02G001366 Chr02 NC_080388.1:25738774-25738788promoter 内 2648-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25740127-25740813(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACGGTCGGCAGAGA
SmilChr07G000900 Chr07 NC_080393.1:6461639-6461653promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6456611-6460276(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCTCTGA
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49702923-49702937promoter 内 2571-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49704353-49705442(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCCTTCC
SmilChr08G001253 Chr08 NC_080394.1:9939520-9939534promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9940967-9942454(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTGTCGGTCGCAC
SmilChr07G003148 Chr07 NC_080393.1:33382481-33382495promoter 内 2548-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33383934-33389391(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGCTGCCGACTGCC
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