转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 16 / 128 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001333 Chr03 NC_080389.1:15565534-15565548promoter 内 929-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 15559588-15562476(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGG
SmilChr05G001585 Chr05 NC_080391.1:14567854-14567868promoter 内 789-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 14563514-14564656(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGCGG
SmilChr06G003120 Chr06 NC_080392.1:44029113-44029127promoter 内 740-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 44019043-44025866(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCCA
SmilChr05G002652 Chr05 NC_080391.1:30018840-30018854promoter 内 559-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 30014486-30015412(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCCGG
SmilChr02G003353 Chr02 NC_080388.1:54718180-54718194promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 54713003-54714633(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G000658 Chr04 NC_080390.1:7434120-7434134promoter 内 284-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7437837-7443944(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCCG
SmilChr01G002717 Chr01 NC_080387.1:45439465-45439479promoter 内 276-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45432075-45435754(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCG
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75732501-75732515promoter 内 149-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTGG
SmilChr06G000988 Chr06 NC_080392.1:9682011-9682025promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9676576-9678048(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGG
SmilChr03G003539 Chr03 NC_080389.1:54012376-54012390promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 54014135-54016924(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCGCCACCGCCA
SmilChr02G002790 Chr02 NC_080388.1:47953945-47953959promoter 内 780-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 47957166-47958823(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGGGG
SmilChr07G001223 Chr07 NC_080393.1:9358373-9358387promoter 内 666-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 9361708-9363904(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCAGCCACCGCCA
SmilChr07G002627 Chr07 NC_080393.1:25347811-25347825promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 25340173-25344012(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCGCCACCGCCA
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45149147-45149161promoter 内 1571-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 5 45151577-45154195(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGACGG
SmilChr06G001305 Chr06 NC_080392.1:13573133-13573147promoter 内 695-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 5 13568963-13569841(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCCG
SmilChr02G001975 Chr02 NC_080388.1:35723837-35723851promoter 内 2309-2323 bp - 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 4 35719848-35722159(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCGCCACCGCCG
SmilChr03G003474 Chr03 NC_080389.1:53266161-53266175promoter 内 832-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 53269330-53273731(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGTGG
SmilChr05G003455 Chr05 NC_080391.1:45951324-45951338promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 45946211-45950779(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGCGG
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47321383-47321397promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 47321993-47324609(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCGCCACCGCCG
SmilChr05G003757 Chr05 NC_080391.1:50745874-50745888promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 50739821-50745132(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCGCCACCGCCG
SmilChr04G001471 Chr04 NC_080390.1:24146569-24146583promoter 内 2237-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 24148333-24148852(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCTCCACCGCCG
SmilChr02G000822 Chr02 NC_080388.1:13851968-13851982promoter 内 1329-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 13837220-13849310(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCGCCACCGCCG
SmilChr05G003336 Chr05 NC_080391.1:43807492-43807506promoter 内 872-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 43804306-43804377(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGTGG
SmilChr06G002852 Chr06 NC_080392.1:41280531-41280545promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 41283889-41290921(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G000326 Chr06 NC_080392.1:2399642-2399656promoter 内 86-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2394247-2395741(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCCG
SmilChr06G001527 Chr06 NC_080392.1:16490264-16490278promoter 内 3598-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 16490667-16491985(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGCGG
SmilChr06G002685 Chr06 NC_080392.1:38787312-38787326promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 38786015-38786641(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCCT
SmilChr03G001512 Chr03 NC_080389.1:18532560-18532574promoter 内 3187-3201 bp + 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 18528718-18531760(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGCGA
SmilChr06G001031 Chr06 NC_080392.1:10246613-10246627promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 10247516-10247857(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTGCCACCGCCG
SmilChr07G000512 Chr07 NC_080393.1:3594334-3594348promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3595401-3597637(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGT
SmilChr04G001486 Chr04 NC_080390.1:24289763-24289777promoter 内 2852-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 24290912-24292011(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGCTG
SmilChr03G001863 Chr03 NC_080389.1:25744058-25744072promoter 内 2685-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 25740112-25742756(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTGCCACCGCCG
SmilChr06G002684 Chr06 NC_080392.1:38787312-38787326promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 38785017-38785849(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCGCCACCGCCT
SmilChr06G000327 Chr06 NC_080392.1:2399642-2399656promoter 内 2200-2214 bp - 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2396356-2397855(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCCG
SmilChr07G002872 Chr07 NC_080393.1:28936373-28936387promoter 内 1751-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 28938623-28939120(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCGCCACCGCCG
SmilChr01G003263 Chr01 NC_080387.1:51319573-51319587promoter 内 1028-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51322546-51323993(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCGCCACCGCCG
SmilChr05G003447 Chr05 NC_080391.1:45843967-45843981promoter 内 886-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 45847082-45852499(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGCGA
SmilChr02G004399 Chr02 NC_080388.1:66340741-66340755promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 66334013-66337484(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGCTG
SmilChr04G001576 Chr04 NC_080390.1:26186787-26186801promoter 内 632-646 bp + 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 26181239-26183432(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGCGA
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31960681-31960695promoter 内 400-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTGCCACCGCCG
SmilChr06G000447 Chr06 NC_080392.1:3622561-3622575promoter 内 345-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3626217-3626288(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGACGG
SmilChr04G002745 Chr04 NC_080390.1:43137060-43137074promoter 内 263-277 bp + 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 43128405-43133336(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGCGG
SmilChr07G004365 Chr07 NC_080393.1:56186769-56186783promoter 内 192-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 56190578-56194392(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGCGA
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SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39595559-39595573promoter 内 3728-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 39592366-39595300(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGGGG
SmilChr02G004054 Chr02 NC_080388.1:62861623-62861637promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62862671-62864748(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGAGGG
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