转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 16 / 161 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000268 Chr02 NC_080388.1:3471083-3471097promoter 内 180-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3474904-3475671(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTGGCCGACACCA
SmilChr01G003626 Chr01 NC_080387.1:54804939-54804953promoter 内 2254-2268 bp + 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54806686-54807969(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCGTCGGCAGCGG
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54921385-54921399promoter 内 1956-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54923430-54924421(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCGTCGGCAGCGG
SmilChr01G003627 Chr01 NC_080387.1:54804939-54804953promoter 内 971-985 bp + 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54807969-54815816(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCGTCGGCAGCGG
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249742-54249756promoter 内 395-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54253348-54255051(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCGTCGGCAGCGT
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54921385-54921399promoter 内 265-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 54925121-54932996(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCGTCGGCAGCGG
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9879122-9879136promoter 内 2491-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 9880632-9885394(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGCCGCCGACATCT
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51592019-51592033promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGACGCCGACAAAT
SmilChr02G004012 Chr02 NC_080388.1:62439202-62439216promoter 内 3230-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 62438104-62438445(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCTGCCGACGAGC
SmilChr04G001807 Chr04 NC_080390.1:29559460-29559474promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29555573-29558649(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAATGTCGGCGGCTG
SmilChr05G001870 Chr05 NC_080391.1:18847729-18847743promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 18848573-18850035(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GACTGTCGGCAACGA
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351381-21351395promoter 内 3126-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 21345982-21350520(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGGGGA
SmilChr01G001977 Chr01 NC_080387.1:35175264-35175278promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35173127-35174400(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTCG
SmilChr01G001978 Chr01 NC_080387.1:35185360-35185374promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35183223-35184496(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTCG
SmilChr05G000903 Chr05 NC_080391.1:7153999-7154013promoter 内 3070-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7154930-7157290(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCCTCGCCGACAGCT
SmilChr05G003725 Chr05 NC_080391.1:50346928-50346942promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 50347975-50352669(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCGGCTT
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339625-22339639promoter 内 2718-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGGGGA
SmilChr01G004338 Chr01 NC_080387.1:61510779-61510793promoter 内 2604-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 61504998-61509396(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACTGCCGACAATG
SmilChr08G002139 Chr08 NC_080394.1:19260986-19261000promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19257741-19259597(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGCGTCGGCAGCGA
SmilChr08G000264 Chr08 NC_080394.1:1812144-1812158promoter 内 2579-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 1813566-1815410(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACAAGA
SmilChr01G004978 Chr01 NC_080387.1:67836440-67836454promoter 内 2042-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 67838399-67842346(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACCCCGCCGACAGGA
SmilChr02G004232 Chr02 NC_080388.1:64505012-64505026promoter 内 1973-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 64507040-64508217(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTCGCCGACAATG
SmilChr01G001210 Chr01 NC_080387.1:24332040-24332054promoter 内 1962-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 24334079-24334794(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGTCGCCGACAGGA
SmilChr08G002835 Chr08 NC_080394.1:28236499-28236513promoter 内 1773-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28231050-28234285(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGACCGCCGACAACC
SmilChr05G003632 Chr05 NC_080391.1:48671606-48671620promoter 内 1615-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 48673992-48676885(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTCGCCGACACCA
SmilChr04G000753 Chr04 NC_080390.1:9242324-9242338promoter 内 1537-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 9238951-9239874(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTCG
SmilChr02G004231 Chr02 NC_080388.1:64505012-64505026promoter 内 1427-1441 bp - 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 64501118-64502452(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCGACAT
SmilChr05G003564 Chr05 NC_080391.1:47592534-47592548promoter 内 1184-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 47595351-47596151(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGTTGCCGACAACT
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28696726-28696740promoter 内 1156-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28690398-28693895(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCCCGCCGACATTA
SmilChr03G002975 Chr03 NC_080389.1:46567463-46567477promoter 内 1134-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 46561296-46564610(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTCG
SmilChr07G003996 Chr07 NC_080393.1:51010613-51010627promoter 内 893-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 51006099-51007519(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTCGCCGACAGTG
SmilChr05G003565 Chr05 NC_080391.1:47592534-47592548promoter 内 717-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 47595818-47596880(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGTTGCCGACAACT
SmilChr06G002102 Chr06 NC_080392.1:28071128-28071142promoter 内 672-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28074457-28078233(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACTGCCGACAAGA
SmilChr05G003439 Chr05 NC_080391.1:45716331-45716345promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 45719915-45723048(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTCG
SmilChr01G001121 Chr01 NC_080387.1:22833570-22833584promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 22831740-22832324(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCTGCCGACAGTC
SmilChr02G004927 Chr02 NC_080388.1:71286279-71286293promoter 内 2447-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 71287833-71291720(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTTGCCGACACCG
SmilChr03G001704 Chr03 NC_080389.1:22636866-22636880promoter 内 1555-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 22632393-22634434(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGCGTCGGCAGCGC
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SmilChr06G001283 Chr06 NC_080392.1:13423568-13423582promoter 内 569-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 13418809-13420150(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGACTGCCGACACAA
SmilChr04G004111 Chr04 NC_080390.1:56039378-56039392promoter 内 3013-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 56037340-56038404(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGCTGCCGACACTC
SmilChr03G003905 Chr03 NC_080389.1:58144322-58144336promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58145450-58146384(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCAGAAC
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SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10486701-10486715promoter 内 3920-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCTGTCGGCGGCAT
SmilChr02G001695 Chr02 NC_080388.1:31239846-31239860promoter 内 3839-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 31238042-31239698(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCAGCAG