转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 16 / 138 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002088 Chr03 NC_080389.1:32178583-32178595promoter 内 1423-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 32172941-32176017(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCACC
SmilChr03G001456 Chr03 NC_080389.1:17389012-17389024promoter 内 959-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 17392054-17392160(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4486385-4486397promoter 内 889-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 4489497-4492600(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCGCC
SmilChr03G002428 Chr03 NC_080389.1:38568184-38568196promoter 内 863-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 38571322-38574246(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr02G001851 Chr02 NC_080388.1:33734735-33734747promoter 内 806-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 33737930-33738989(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAT
SmilChr01G000735 Chr01 NC_080387.1:16310852-16310864promoter 内 782-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16307539-16307645(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACTAAA
SmilChr01G005937 Chr01 NC_080387.1:75121194-75121206promoter 内 776-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 75116386-75117981(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACGAT
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69949101-69949113promoter 内 677-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 69943037-69945789(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACCTTA
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19059571-19059583promoter 内 565-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 19063007-19063716(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGGTCAACGTT
SmilChr02G003150 Chr02 NC_080388.1:52528254-52528266promoter 内 488-500 bp - 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 52531767-52533896(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAGCC
SmilChr02G005457 Chr02 NC_080388.1:74885843-74885855promoter 内 435-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 74889409-74896486(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAT
SmilChr03G001715 Chr03 NC_080389.1:22977003-22977015promoter 内 398-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22980606-22980712(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228169-10228181promoter 内 384-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTGGTCAACGGT
SmilChr03G001928 Chr03 NC_080389.1:27060807-27060819promoter 内 341-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 27064467-27066676(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTTTG
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56852930-56852942promoter 内 304-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCTTTGACTAGG
SmilChr01G006191 Chr01 NC_080387.1:77527298-77527310promoter 内 175-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 77517612-77523484(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCTTTGACTATG
SmilChr01G006190 Chr01 NC_080387.1:77521211-77521223promoter 内 129-141 bp - 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 77513390-77517351(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCTTTGACTATG
SmilChr03G001420 Chr03 NC_080389.1:16829346-16829358promoter 内 98-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 16820699-16825455(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACGGG
SmilChr03G000899 Chr03 NC_080389.1:10268276-10268288promoter 内 80-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 10272197-10276604(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCGTTGACTGAG
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46982649-46982661promoter 内 2846-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 6 46983804-46987494(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGAT
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26540830-26540842promoter 内 2950-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 26541881-26545457(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGGTCAACGTG
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29473276-29473288promoter 内 2824-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 29470400-29472111(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGAT
SmilChr01G001658 Chr01 NC_080387.1:30646283-30646295promoter 内 1956-1968 bp - 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 30648328-30650655(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCAGTCAACGAT
SmilChr02G000411 Chr02 NC_080388.1:5158254-5158266promoter 内 1894-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 5160361-5161098(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGGTCAACGTG
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5767005-5767017promoter 内 1102-1114 bp - 2887 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 5769904-5771013(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGGTCAACGTG
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22891156-22891168promoter 内 719-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 22887781-22887886(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACGTTGACCAAG
SmilChr02G005030 Chr02 NC_080388.1:72035422-72035434promoter 内 150-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 72028583-72031583(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACCCC
SmilChr02G002405 Chr02 NC_080388.1:41967979-41967991promoter 内 3936-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 41968044-41971926(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACGAA
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36742142-36742154promoter 内 3672-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 36742471-36743140(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACGCG
SmilChr01G005197 Chr01 NC_080387.1:69653990-69654002promoter 内 3503-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 69652794-69653504(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAACGAT
SmilChr01G005338 Chr01 NC_080387.1:70618255-70618267promoter 内 3424-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 70613875-70617690(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACCAAA
SmilChr03G001703 Chr03 NC_080389.1:22627763-22627775promoter 内 2657-2669 bp - 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 22629107-22629454(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGGTCAACGTG
SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65377294-65377306promoter 内 1847-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 65374814-65375152(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCAGTCAACGAT
SmilChr01G000295 Chr01 NC_080387.1:5828158-5828170promoter 内 1743-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5823879-5825912(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGGTCAACGTC
SmilChr01G003720 Chr01 NC_080387.1:55525161-55525173promoter 内 1394-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 55527768-55530226(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCGTTGACTTTC
SmilChr01G000296 Chr01 NC_080387.1:5828158-5828170promoter 内 1304-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5830855-5833154(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACCCGA
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