转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 16 / 161 下载 TSV

上一页 16 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000653 Chr05 NC_080391.1:4927191-4927202promoter 内 3106-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 4928086-4928156(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr04G002396 Chr04 NC_080390.1:38476026-38476037promoter 内 3081-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 38476946-38483560(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6533684-6533695promoter 内 3071-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 6527470-6532765(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr07G001474 Chr07 NC_080393.1:11590599-11590610promoter 内 3051-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 11591549-11595214(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40567388-40567399promoter 内 3004-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 40562384-40566402(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70178699-70178710promoter 内 2988-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 70176878-70177697(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr07G000637 Chr07 NC_080393.1:4296387-4296398promoter 内 2982-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 4297406-4299952(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr07G002872 Chr07 NC_080393.1:28937602-28937613promoter 内 2980-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 28938623-28939120(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr02G003862 Chr02 NC_080388.1:60564420-60564431promoter 内 2978-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 60561081-60563408(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr04G002480 Chr04 NC_080390.1:39645878-39645889promoter 内 2964-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 39646915-39654342(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr07G000228 Chr07 NC_080393.1:1479447-1479458promoter 内 2953-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 1472369-1478410(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr04G003963 Chr04 NC_080390.1:55129055-55129066promoter 内 2946-2957 bp + 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 55130110-55131123(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr01G001835 Chr01 NC_080387.1:33288239-33288250promoter 内 2940-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33283408-33287189(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr05G000418 Chr05 NC_080391.1:3164246-3164257promoter 内 2925-2936 bp - 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 3160583-3163181(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr05G000226 Chr05 NC_080391.1:1763506-1763517promoter 内 2918-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 1764589-1772255(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr02G001854 Chr02 NC_080388.1:33757793-33757804promoter 内 2916-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33758878-33760775(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr05G000420 Chr05 NC_080391.1:3173716-3173727promoter 内 2910-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 3174807-3178989(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr05G000928 Chr05 NC_080391.1:7419457-7419468promoter 内 2901-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 7420557-7422392(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr01G003068 Chr01 NC_080387.1:49522248-49522259promoter 内 2896-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 49523353-49527190(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr03G002791 Chr03 NC_080389.1:44409701-44409712promoter 内 2893-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 44406262-44408604(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr08G000382 Chr08 NC_080394.1:2693325-2693336promoter 内 2882-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 2688944-2692217(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr01G004768 Chr01 NC_080387.1:65856662-65856673promoter 内 2872-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 65854747-65855544(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr03G002792 Chr03 NC_080389.1:44409701-44409712promoter 内 2868-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 44410834-44411931(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr02G001888 Chr02 NC_080388.1:34184252-34184263promoter 内 2867-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 34181746-34183129(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr06G001759 Chr06 NC_080392.1:20573400-20573411promoter 内 2867-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 20574534-20587539(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr02G001483 Chr02 NC_080388.1:27812646-27812657promoter 内 2856-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 27807831-27811512(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr07G003400 Chr07 NC_080393.1:36907326-36907337promoter 内 2845-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 36905387-36906181(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr01G004702 Chr01 NC_080387.1:65134690-65134701promoter 内 2838-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 65130043-65133538(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr05G004353 Chr05 NC_080391.1:57132427-57132438promoter 内 2829-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 57133599-57138720(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr02G003686 Chr02 NC_080388.1:58223309-58223320promoter 内 2826-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 58224484-58228396(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr02G003019 Chr02 NC_080388.1:50883805-50883816promoter 内 2818-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 50884988-50891414(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr07G001910 Chr07 NC_080393.1:16515068-16515079promoter 内 2818-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 16516251-16517747(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr01G005479 Chr01 NC_080387.1:71773141-71773152promoter 内 2805-2816 bp - 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 71771291-71771956(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35731194-35731205promoter 内 2709-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCCTTTTTGG
SmilChr07G002497 Chr07 NC_080393.1:23705022-23705033promoter 内 2701-2712 bp + 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 23706322-23709184(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
SmilChr04G002207 Chr04 NC_080390.1:35749177-35749188promoter 内 2675-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 35745743-35747862(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAA
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