转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 17 / 125 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000875 Chr02 NC_080388.1:15079861-15079880promoter 内 2206-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 15075885-15078085(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CATTTTTTTCTCTCTCTCTT
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59287495-59287514promoter 内 3781-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 59287715-59289915(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGTAAAAGACAAAGAGAAC
SmilChr03G000286 Chr03 NC_080389.1:3259849-3259868promoter 内 2994-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 3256730-3258861(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr02G005589 Chr02 NC_080388.1:75676889-75676908promoter 内 1310-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 75679580-75682317(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGACAAAGACAAAAAACAT
SmilChr02G005309 Chr02 NC_080388.1:73992741-73992760promoter 内 989-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 73995753-73997638(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGAAAAAAGAACG
SmilChr03G000207 Chr03 NC_080389.1:2370840-2370859promoter 内 702-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 2374139-2375699(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAGAAGAAAAAA
SmilChr03G000287 Chr03 NC_080389.1:3259849-3259868promoter 内 259-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 3263591-3264484(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGACCGAAGCCAA
SmilChr03G002968 Chr03 NC_080389.1:46457453-46457472promoter 内 25-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 46461429-46465359(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAGAAAAAGAAA
SmilChr01G000338 Chr01 NC_080387.1:6930832-6930851promoter 内 3834-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 6930999-6934624(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAGAAAAAGAAA
SmilChr01G001300 Chr01 NC_080387.1:25903769-25903788promoter 内 3155-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 25904615-25910368(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CACATGAAGACAAAAACGGC
SmilChr01G002981 Chr01 NC_080387.1:48741539-48741558promoter 内 3050-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 48742490-48744446(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CACATGAAGACAAAAATAGA
SmilChr01G006049 Chr01 NC_080387.1:76007049-76007068promoter 内 2977-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 76005655-76006044(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr02G003475 Chr02 NC_080388.1:56051740-56051759promoter 内 2560-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 56053181-56053732(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTGTTTTGTCTGGTTCTT
SmilChr03G003043 Chr03 NC_080389.1:47332408-47332427promoter 内 1954-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47324922-47330380(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTGTTTTTGTTTTTTTGTT
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62410644-62410663promoter 内 1650-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 62412995-62417878(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAGCTTCTGTCTTTTTGTT
SmilChr01G002636 Chr01 NC_080387.1:44637678-44637697promoter 内 883-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 44640796-44644909(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CACTCCTTTGTCTCTCTCTA
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56051740-56051759promoter 内 866-885 bp - 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 56047805-56048624(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAACCAGACAAAACAAGA
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26745971-26745990promoter 内 817-836 bp + 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26749155-26752912(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GATAGAGAGACAAAAGGAAG
SmilChr02G004807 Chr02 NC_080388.1:70243662-70243681promoter 内 620-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 70236589-70240300(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGACCGAAGCCAA
SmilChr02G004805 Chr02 NC_080388.1:70243662-70243681promoter 内 213-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 70221396-70239893(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGACCGAAGCCAA
SmilChr02G000445 Chr02 NC_080388.1:5835555-5835574promoter 内 89-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 5829772-5831662(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGTGCCTCCGTCTTTTTCCC
SmilChr02G005219 Chr02 NC_080388.1:73401800-73401819promoter 内 3650-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 73402151-73407155(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ACTAGCTTTGTCTTTATCTG
SmilChr03G002947 Chr03 NC_080389.1:46203999-46204018promoter 内 3591-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46204409-46206841(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTCTTTTTCTCTTTTTTTT
SmilChr01G005763 Chr01 NC_080387.1:73740711-73740730promoter 内 3530-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 73730030-73740259(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ACTAGCTTTGTCTTTATCTG
SmilChr02G002719 Chr02 NC_080388.1:47027714-47027733promoter 内 3485-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47028230-47030533(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAGCTCTTCTCTTTTTCTC
SmilChr03G000270 Chr03 NC_080389.1:3108885-3108904promoter 内 3427-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 3109459-3112277(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTTTTTTGTTTTTTTCTG
SmilChr01G004627 Chr01 NC_080387.1:64327133-64327152promoter 内 3363-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64324689-64326514(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGGAAAAAGACAAGAACGAT
SmilChr01G002077 Chr01 NC_080387.1:36722375-36722394promoter 内 2980-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 36723396-36724475(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAAAAACGACAAAAGTGGG
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884550-52884569promoter 内 2945-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 52885606-52887889(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53491706-53491725promoter 内 2937-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2624534-2624553promoter 内 2748-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2625787-2628468(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr03G000240 Chr03 NC_080389.1:2847754-2847773promoter 内 2707-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2845210-2846479(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGCTTCGGTCTTTTTCTC
SmilChr02G005016 Chr02 NC_080388.1:71936927-71936946promoter 内 2597-2616 bp + 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71934718-71935542(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTCTTTCTCTCCTTTTCTT
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25139735-25139754promoter 内 2529-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25141207-25144288(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAGAAAGAGAAG
SmilChr02G005567 Chr02 NC_080388.1:75579032-75579051promoter 内 2480-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75580553-75583002(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTCTTTTGTCTTTTTTCT
SmilChr02G002844 Chr02 NC_080388.1:48576546-48576565promoter 内 2465-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 48578082-48580292(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTCATCTTTGTCTTTCTTTG
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SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47317152-47317171promoter 内 1781-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTCTTTGTCTCTCTTCG
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SmilChr02G005565 Chr02 NC_080388.1:75579032-75579051promoter 内 370-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 75572911-75575420(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAAAAAAGACAAAAGAAAC
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SmilChr01G005030 Chr01 NC_080387.1:68256419-68256438promoter 内 712-731 bp + 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 6 68252373-68253149(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTTTTTCTTTTTTTCTT