转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 19 / 121 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001825 Chr02 NC_080388.1:33284078-33284092promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33281548-33283289(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAATTCA
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50167385-50167399promoter 内 3191-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50165129-50166589(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGC
SmilChr01G004517 Chr01 NC_080387.1:63299491-63299505promoter 内 3064-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63300428-63304872(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGC
SmilChr01G000136 Chr01 NC_080387.1:2295124-2295138promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2288363-2294023(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGTTTGC
SmilChr01G004797 Chr01 NC_080387.1:66194091-66194105promoter 内 2145-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66195947-66196019(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAAAACT
SmilChr01G004121 Chr01 NC_080387.1:59729220-59729234promoter 内 2122-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59724107-59727355(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCACTGGATCTGAG
SmilChr05G000070 Chr05 NC_080391.1:351038-351052promoter 内 2086-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 348181-349137(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAGGTCA
SmilChr02G004536 Chr02 NC_080388.1:67941129-67941143promoter 内 1817-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 67930185-67938959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAACTGGATCTGAG
SmilChr04G003601 Chr04 NC_080390.1:52453965-52453979promoter 内 1662-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 52450900-52451640(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATAT
SmilChr01G003360 Chr01 NC_080387.1:52347718-52347732promoter 内 1540-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 52337701-52345271(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCTGTT
SmilChr02G002212 Chr02 NC_080388.1:39367806-39367820promoter 内 1533-1547 bp - 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39370274-39370975(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAGACC
SmilChr01G004123 Chr01 NC_080387.1:59729220-59729234promoter 内 1497-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59731724-59733088(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGTGCA
SmilChr01G002006 Chr01 NC_080387.1:35601411-35601425promoter 内 1137-1151 bp - 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35604275-35612335(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAGTTCC
SmilChr02G004079 Chr02 NC_080388.1:63067833-63067847promoter 内 1087-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 63070747-63070819(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGAA
SmilChr04G000343 Chr04 NC_080390.1:3151102-3151116promoter 内 1040-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3146931-3148155(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr02G002104 Chr02 NC_080388.1:37722003-37722017promoter 内 1035-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37724969-37727465(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr04G003176 Chr04 NC_080390.1:48443773-48443787promoter 内 970-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48437990-48440756(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGAGACC
SmilChr01G004798 Chr01 NC_080387.1:66194091-66194105promoter 内 916-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66197176-66199139(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAAAACT
SmilChr03G002855 Chr03 NC_080389.1:45131075-45131089promoter 内 911-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45134165-45135806(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGAA
SmilChr03G001821 Chr03 NC_080389.1:24900841-24900855promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24889803-24897762(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr03G004010 Chr03 NC_080389.1:59092986-59093000promoter 内 693-707 bp + 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59096294-59100515(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTTAGATCTGGA
SmilChr04G002310 Chr04 NC_080390.1:37402436-37402450promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37405791-37411721(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGCAGC
SmilChr03G001361 Chr03 NC_080389.1:15977543-15977557promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15973052-15974086(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATATTC
SmilChr02G004963 Chr02 NC_080388.1:71556237-71556251promoter 内 518-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 71547117-71552768(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGAGGA
SmilChr04G001540 Chr04 NC_080390.1:25373175-25373189promoter 内 380-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 25364426-25369568(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr02G000268 Chr02 NC_080388.1:3471237-3471251promoter 内 334-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3474904-3475671(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGTTGG
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56349186-56349200promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56352854-56354315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGCCTAGATCTGAG
SmilChr04G001789 Chr04 NC_080390.1:29330510-29330524promoter 内 310-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 29334201-29336209(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr01G004280 Chr01 NC_080387.1:61029411-61029425promoter 内 279-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61012454-61025703(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr03G001362 Chr03 NC_080389.1:15977543-15977557promoter 内 181-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15981363-15983113(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATATAGATCTGGT
SmilChr05G001335 Chr05 NC_080391.1:11736674-11736688promoter 内 48-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11740627-11743929(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTCTCGGATCTGAG
SmilChr02G000157 Chr02 NC_080388.1:2027818-2027832promoter 内 2364-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 2025881-2026195(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATAC
SmilChr02G000925 Chr02 NC_080388.1:16072934-16072948promoter 内 3287-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 16073648-16081123(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCTGGATCTGAT
SmilChr03G003850 Chr03 NC_080389.1:57598985-57598999promoter 内 2973-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 57600013-57602593(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTAGACTA
SmilChr02G004744 Chr02 NC_080388.1:69651906-69651920promoter 内 1702-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 69654205-69656876(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAGATCTAGATCC
SmilChr02G000924 Chr02 NC_080388.1:16072934-16072948promoter 内 1486-1500 bp + 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 16069378-16070433(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGCGCC
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51461537-51461551promoter 内 1076-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 51453792-51458626(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTTCAGATCTGGT
SmilChr03G003183 Chr03 NC_080389.1:49283879-49283893promoter 内 1044-1058 bp + 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 49286836-49291900(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCATTCAGATCTGAT
SmilChr02G004743 Chr02 NC_080388.1:69651906-69651920promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 69644540-69647992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTACA
SmilChr04G001355 Chr04 NC_080390.1:22030540-22030554promoter 内 3745-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 22015184-22030298(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAATAGATCTGGA
SmilChr05G000682 Chr05 NC_080391.1:5185741-5185755promoter 内 3603-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 5186139-5191450(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAATTGGATCTGAA
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18113051-18113065promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 18104236-18112241(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGGGGC
SmilChr01G005888 Chr01 NC_080387.1:74797949-74797963promoter 内 2849-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 74799101-74807566(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGCCCA
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31090819-31090833promoter 内 2737-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 31086192-31089569(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTCCC
SmilChr01G004468 Chr01 NC_080387.1:62768067-62768081promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 62762008-62766625(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCCCCAGATCTGAG
SmilChr03G004024 Chr03 NC_080389.1:59202758-59202772promoter 内 2442-2456 bp + 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 59200467-59201213(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAAATCT
SmilChr04G000485 Chr04 NC_080390.1:5237633-5237647promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 5233806-5235241(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTCTAGATCCGAA
SmilChr02G000156 Chr02 NC_080388.1:2027818-2027832promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 2021802-2025058(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCATAC
SmilChr04G000450 Chr04 NC_080390.1:4775142-4775156promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 4769472-4771648(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTCTAGATCTAGT
SmilChr02G005380 Chr02 NC_080388.1:74484272-74484286promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 74478315-74480535(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATAACC