转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 20 / 137 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002979 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29873971-29877580(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCTCTGACGTGGCG
SmilChr02G005113 Chr02 NC_080388.1:72635744-72635758promoter 内 2274-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72637471-72639560(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTAA
SmilChr08G002521 Chr08 NC_080394.1:24416865-24416879promoter 内 2167-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24410241-24415045(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGTTGACGTGGCA
SmilChr08G004174 Chr08 NC_080394.1:51091613-51091627promoter 内 2154-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51093460-51096361(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGAA
SmilChr04G002972 Chr04 NC_080390.1:46084821-46084835promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46086679-46089185(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGAGATGT
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59089680-59089694promoter 内 2127-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59091554-59091625(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCGTGTGACGTGGCA
SmilChr07G000046 Chr07 NC_080393.1:198400-198414promoter 内 2115-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 194758-196528(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGCTGACGTGGAA
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64499161-64499175promoter 内 1756-1770 bp + 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCGCCGACGTGGCC
SmilChr04G001041 Chr04 NC_080390.1:14826883-14826897promoter 内 1549-1563 bp - 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14821370-14824445(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCAGT
SmilChr07G000045 Chr07 NC_080393.1:195241-195255promoter 内 1525-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 190454-192779(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGCTGACGTGGAA
SmilChr07G002736 Chr07 NC_080393.1:26851639-26851653promoter 内 1464-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26848535-26849116(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGAA
SmilChr02G003742 Chr02 NC_080388.1:59089680-59089694promoter 内 1444-1458 bp - 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59084848-59087137(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACACGA
SmilChr07G000048 Chr07 NC_080393.1:198400-198414promoter 内 1378-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 201023-272670(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCTGC
SmilChr04G001666 Chr04 NC_080390.1:27615639-27615653promoter 内 1242-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27618398-27618811(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATCCTG
SmilChr08G004774 Chr08 NC_080394.1:57048719-57048733promoter 内 1199-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57051521-57056167(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGAAGACGTGGCA
SmilChr04G001810 Chr04 NC_080390.1:29595613-29595627promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29583579-29592794(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATATTT
SmilChr08G004770 Chr08 NC_080394.1:57025139-57025153promoter 内 1116-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57018696-57022268(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTTCAAA
SmilChr07G004527 Chr07 NC_080393.1:57923439-57923453promoter 内 1079-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57918289-57920531(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTAGTGACGTGGCA
SmilChr01G000078 Chr01 NC_080387.1:1354505-1354519promoter 内 945-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1349393-1351463(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCAGT
SmilChr06G002095 Chr06 NC_080392.1:27869657-27869671promoter 内 827-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27864348-27866497(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGCTGACGTGGAA
SmilChr02G003744 Chr02 NC_080388.1:59089680-59089694promoter 内 416-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59093265-59098414(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCGTGTGACGTGGCA
SmilChr07G001717 Chr07 NC_080393.1:14586456-14586470promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14590050-14593147(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGATATGACGTGGCA
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77410173-77410187promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 77401606-77406210(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGTTGACGTGGCA
SmilChr04G001447 Chr04 NC_080390.1:23773289-23773303promoter 内 2177-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 23775113-23780217(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCCTC
SmilChr05G004207 Chr05 NC_080391.1:55963510-55963524promoter 内 3293-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 55961538-55962816(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCGACGACGTGGCG
SmilChr01G004269 Chr01 NC_080387.1:60939669-60939683promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 60940546-60943600(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTGACGTGGAA
SmilChr07G001136 Chr07 NC_080393.1:8526856-8526870promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 8526903-8530483(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAGCGTC
SmilChr01G002667 Chr01 NC_080387.1:44895125-44895139promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44886469-44894970(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCGGATGACGTGGCG
SmilChr08G002677 Chr08 NC_080394.1:26293636-26293650promoter 内 3720-3734 bp - 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 26291658-26293369(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACTCC
SmilChr02G002399 Chr02 NC_080388.1:41878264-41878278promoter 内 3093-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 41879172-41880548(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACTCC
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33567071-33567085promoter 内 793-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33570279-33572198(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTGACGTGGAA
SmilChr06G002551 Chr06 NC_080392.1:36649713-36649727promoter 内 3971-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 36649743-36651784(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGGTCCCACGTGGCA
SmilChr06G000169 Chr06 NC_080392.1:1172286-1172300promoter 内 3932-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1172355-1176043(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGGACACGTGGCA
SmilChr05G004176 Chr05 NC_080391.1:55684062-55684076promoter 内 3925-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 55681295-55684000(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGATTA
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59156517-59156531promoter 内 3865-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59156653-59157317(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGTTGACGTGGCG
SmilChr07G001135 Chr07 NC_080393.1:8526856-8526870promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8524402-8526700(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACGCTTACGTGGCA
SmilChr02G005165 Chr02 NC_080388.1:72988577-72988591promoter 内 3809-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72988769-72990159(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACCCTC
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46278934-46278948promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACTCC
SmilChr07G002136 Chr07 NC_080393.1:19509480-19509494promoter 内 3579-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19509902-19513320(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACTCC
SmilChr08G004215 Chr08 NC_080394.1:51524848-51524862promoter 内 3432-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51521599-51524293(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGACAAGA
SmilChr08G002322 Chr08 NC_080394.1:21882266-21882280promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21877303-21881620(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAAGCGCC
SmilChr05G004208 Chr05 NC_080391.1:55965435-55965449promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 55962707-55964686(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGATCACGTGGCG
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:28001274-28001288promoter 内 2448-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 28002827-28004657(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTGTTGACGTGGCA
SmilChr02G003752 Chr02 NC_080388.1:59156517-59156531promoter 内 2289-2303 bp - 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59158229-59162643(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGTTGACGTGGCG
SmilChr07G001182 Chr07 NC_080393.1:8962227-8962241promoter 内 2180-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8957208-8960420(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTGACGTGGAA
SmilChr07G001180 Chr07 NC_080393.1:8946698-8946712promoter 内 2166-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8941677-8944877(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGGTGACGTGGAA
SmilChr05G000697 Chr05 NC_080391.1:5266010-5266024promoter 内 1757-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5263707-5263780(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTCCTGC
SmilChr04G000388 Chr04 NC_080390.1:3926229-3926243promoter 内 1445-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3928785-3931497(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGATAC
SmilChr05G001965 Chr05 NC_080391.1:20226036-20226050promoter 内 1426-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 20222571-20223475(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACTCC
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47858786-47858800promoter 内 1086-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47861701-47866822(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGTTGACGTGGCG