靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 21 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G001092 |
Chr01 | NC_080387.1:22375062-22375069promoter 内 3126-3133 bp |
- | 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 22371515-22374194(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G001250 |
Chr02 | NC_080388.1:22987773-22987780promoter 内 3123-3130 bp |
+ | 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 22985814-22986902(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G005671 |
Chr01 | NC_080387.1:72989328-72989335promoter 内 3108-3115 bp |
+ | 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 72990221-72990890(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G002749 |
Chr01 | NC_080387.1:45808599-45808606promoter 内 3102-3109 bp |
+ | 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 45805944-45807707(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G005727 |
Chr01 | NC_080387.1:73417837-73417844promoter 内 3079-3086 bp |
- | 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 73413251-73416922(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G001800 |
Chr02 | NC_080388.1:32846207-32846214promoter 内 3067-3074 bp |
+ | 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 32844924-32845280(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G000540 |
Chr04 | NC_080390.1:6003191-6003198promoter 内 3036-3043 bp |
+ | 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 6001304-6002233(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G003988 |
Chr03 | NC_080389.1:58908962-58908969promoter 内 3022-3029 bp |
- | 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 58906885-58907990(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G001718 |
Chr03 | NC_080389.1:23047455-23047462promoter 内 3019-3026 bp |
- | 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 23048437-23049338(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G000240 |
Chr02 | NC_080388.1:3098946-3098953promoter 内 3002-3009 bp |
+ | 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 3099945-3104334(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G003044 |
Chr01 | NC_080387.1:49425902-49425909promoter 内 2997-3004 bp |
- | 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 49421625-49424905(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr05G000588 |
Chr05 | NC_080391.1:4446651-4446658promoter 内 2986-2993 bp |
+ | 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 4447666-4447801(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G000984 |
Chr01 | NC_080387.1:20850656-20850663promoter 内 2985-2992 bp |
- | 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 20847482-20849647(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G002558 |
Chr04 | NC_080390.1:40885292-40885299promoter 内 2969-2976 bp |
- | 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 40886324-40890834(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr03G001124 |
Chr03 | NC_080389.1:12933531-12933538promoter 内 2964-2971 bp |
+ | 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 12934568-12937249(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G000349 |
Chr02 | NC_080388.1:4524212-4524219promoter 内 2910-2917 bp |
- | 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 4519587-4523128(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G003299 |
Chr01 | NC_080387.1:51678407-51678414promoter 内 2883-2890 bp |
- | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 51675459-51677296(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G001720 |
Chr01 | NC_080387.1:31679335-31679342promoter 内 2861-2868 bp |
- | 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 31669833-31678202(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G002934 |
Chr03 | NC_080389.1:46075851-46075858promoter 内 2847-2854 bp |
+ | 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 46077005-46079177(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G002401 |
Chr04 | NC_080390.1:38555638-38555645promoter 内 2833-2840 bp |
- | 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 38553610-38554477(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G000829 |
Chr01 | NC_080387.1:17838843-17838850promoter 内 2806-2813 bp |
+ | 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 17840038-17840523(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G000475 |
Chr04 | NC_080390.1:5070529-5070536promoter 内 2801-2808 bp |
+ | 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 5071729-5072562(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr04G001398 |
Chr04 | NC_080390.1:22772155-22772162promoter 内 2797-2804 bp |
+ | 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 22773359-22773987(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G000204 |
Chr01 | NC_080387.1:3519040-3519047promoter 内 2795-2802 bp |
- | 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 3514613-3517841(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G003443 |
Chr02 | NC_080388.1:55707742-55707749promoter 内 2792-2799 bp |
+ | 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 55704768-55706540(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G004419 |
Chr01 | NC_080387.1:62312422-62312429promoter 内 2751-2758 bp |
+ | 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 62313672-62316505(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G004943 |
Chr01 | NC_080387.1:67543354-67543361promoter 内 2736-2743 bp |
+ | 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 67544619-67546930(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G001123 |
Chr03 | NC_080389.1:12933000-12933007promoter 内 2729-2736 bp |
- | 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 12930762-12931735(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr03G001542 |
Chr03 | NC_080389.1:19353153-19353160promoter 内 2715-2722 bp |
- | 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 19349623-19351874(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr02G001299 |
Chr02 | NC_080388.1:24050787-24050794promoter 内 2689-2696 bp |
+ | 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 24052099-24068327(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GGGTCAAC |
SmilChr01G003179 |
Chr01 | NC_080387.1:50566879-50566886promoter 内 2676-2683 bp |
- | 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 50568204-50568805(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr01G004138 |
Chr01 | NC_080387.1:59887412-59887419promoter 内 2669-2676 bp |
- | 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 59888744-59891578(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr02G004458 |
Chr02 | NC_080388.1:66990458-66990465promoter 内 2661-2668 bp |
- | 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 66987703-66989125(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:38940103-38940110promoter 内 2661-2668 bp |
+ | 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 38935585-38938770(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
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Chr02 | NC_080388.1:47935155-47935162promoter 内 2622-2629 bp |
+ | 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 47930341-47933783(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCC |
SmilChr04G002961 |
Chr04 | NC_080390.1:45969961-45969968promoter 内 2619-2626 bp |
- | 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 45964960-45968586(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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Chr04 | NC_080390.1:39081309-39081316promoter 内 2606-2613 bp |
- | 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 39082704-39084685(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr01 | NC_080387.1:9171227-9171234promoter 内 2604-2611 bp |
- | 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 9172624-9187531(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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- | 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 56261612-56264124(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 56795583-56796572(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 16806466-16807584(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 42853277-42859518(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 1547153-1610404(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 27292890-27294003(+) |
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+ | 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 47502410-47506439(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 58606850-58609894(+) |
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- | 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 32538679-32544616(-) |
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- | 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 8213982-8218110(+) |
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SmilChr02G001051 |
Chr02 | NC_080388.1:18746947-18746954promoter 内 2493-2500 bp |
- | 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.2/ 100 | 2 | 18741084-18745446(-) |
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MP00071 |
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