转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 21 / 149 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001092 Chr01 NC_080387.1:22375062-22375069promoter 内 3126-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 22371515-22374194(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001250 Chr02 NC_080388.1:22987773-22987780promoter 内 3123-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 22985814-22986902(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005671 Chr01 NC_080387.1:72989328-72989335promoter 内 3108-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 72990221-72990890(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002749 Chr01 NC_080387.1:45808599-45808606promoter 内 3102-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 45805944-45807707(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005727 Chr01 NC_080387.1:73417837-73417844promoter 内 3079-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 73413251-73416922(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001800 Chr02 NC_080388.1:32846207-32846214promoter 内 3067-3074 bp + 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 32844924-32845280(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000540 Chr04 NC_080390.1:6003191-6003198promoter 内 3036-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 6001304-6002233(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003988 Chr03 NC_080389.1:58908962-58908969promoter 内 3022-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 58906885-58907990(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001718 Chr03 NC_080389.1:23047455-23047462promoter 内 3019-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 23048437-23049338(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000240 Chr02 NC_080388.1:3098946-3098953promoter 内 3002-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 3099945-3104334(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G003044 Chr01 NC_080387.1:49425902-49425909promoter 内 2997-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 49421625-49424905(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr05G000588 Chr05 NC_080391.1:4446651-4446658promoter 内 2986-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4447666-4447801(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000984 Chr01 NC_080387.1:20850656-20850663promoter 内 2985-2992 bp - 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 20847482-20849647(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G002558 Chr04 NC_080390.1:40885292-40885299promoter 内 2969-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 40886324-40890834(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G001124 Chr03 NC_080389.1:12933531-12933538promoter 内 2964-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 12934568-12937249(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G000349 Chr02 NC_080388.1:4524212-4524219promoter 内 2910-2917 bp - 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4519587-4523128(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G003299 Chr01 NC_080387.1:51678407-51678414promoter 内 2883-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 51675459-51677296(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G001720 Chr01 NC_080387.1:31679335-31679342promoter 内 2861-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 31669833-31678202(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002934 Chr03 NC_080389.1:46075851-46075858promoter 内 2847-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 46077005-46079177(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38555638-38555645promoter 内 2833-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 38553610-38554477(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000829 Chr01 NC_080387.1:17838843-17838850promoter 内 2806-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 17840038-17840523(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G000475 Chr04 NC_080390.1:5070529-5070536promoter 内 2801-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 5071729-5072562(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001398 Chr04 NC_080390.1:22772155-22772162promoter 内 2797-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 22773359-22773987(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3519040-3519047promoter 内 2795-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 3514613-3517841(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G003443 Chr02 NC_080388.1:55707742-55707749promoter 内 2792-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 55704768-55706540(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62312422-62312429promoter 内 2751-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 62313672-62316505(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G004943 Chr01 NC_080387.1:67543354-67543361promoter 内 2736-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 67544619-67546930(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001123 Chr03 NC_080389.1:12933000-12933007promoter 内 2729-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 12930762-12931735(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19353153-19353160promoter 内 2715-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 19349623-19351874(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G001299 Chr02 NC_080388.1:24050787-24050794promoter 内 2689-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 24052099-24068327(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G003179 Chr01 NC_080387.1:50566879-50566886promoter 内 2676-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 50568204-50568805(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G004138 Chr01 NC_080387.1:59887412-59887419promoter 内 2669-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 59888744-59891578(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G004458 Chr02 NC_080388.1:66990458-66990465promoter 内 2661-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 66987703-66989125(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002459 Chr03 NC_080389.1:38940103-38940110promoter 内 2661-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 38935585-38938770(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G002786 Chr02 NC_080388.1:47935155-47935162promoter 内 2622-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 47930341-47933783(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G002961 Chr04 NC_080390.1:45969961-45969968promoter 内 2619-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 45964960-45968586(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
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