转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 22 / 137 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004940 Chr01 NC_080387.1:67524192-67524202promoter 内 1345-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 67513488-67521546(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGAC
SmilChr01G001910 Chr01 NC_080387.1:34227358-34227368promoter 内 1228-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 34230131-34231196(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGAG
SmilChr02G001551 Chr02 NC_080388.1:28797698-28797708promoter 内 1168-1178 bp + 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 28792844-28794875(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAAGTTGTT
SmilChr02G004839 Chr02 NC_080388.1:70504004-70504014promoter 内 1152-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 70499630-70501165(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr03G003088 Chr03 NC_080389.1:47922402-47922412promoter 内 1143-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 47919483-47919554(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr03G003001 Chr03 NC_080389.1:46819532-46819542promoter 内 1128-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 46822405-46828848(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr02G002309 Chr02 NC_080388.1:40714042-40714052promoter 内 1063-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 40702226-40711114(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr02G003640 Chr02 NC_080388.1:57763944-57763954promoter 内 1038-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 57756494-57760991(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGAG
SmilChr02G004375 Chr02 NC_080388.1:66111550-66111560promoter 内 1035-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 66114516-66116923(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGAC
SmilChr01G002242 Chr01 NC_080387.1:38967982-38967992promoter 内 1011-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 38961360-38965002(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr01G001097 Chr01 NC_080387.1:22467732-22467742promoter 内 949-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 22464592-22464690(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGAC
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45133627-45133637promoter 内 945-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 45122975-45130581(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr01G001099 Chr01 NC_080387.1:22499829-22499839promoter 内 900-910 bp + 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 22496616-22496738(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGAC
SmilChr01G003504 Chr01 NC_080387.1:53622810-53622820promoter 内 885-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53617154-53619704(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAAGTTGAC
SmilChr01G001916 Chr01 NC_080387.1:34304086-34304096promoter 内 801-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 34307286-34312615(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr01G000993 Chr01 NC_080387.1:20951811-20951821promoter 内 726-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 20955086-20964596(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAAGTTGTT
SmilChr01G002035 Chr01 NC_080387.1:35987328-35987338promoter 内 708-718 bp - 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 35982980-35984045(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr01G004409 Chr01 NC_080387.1:62182431-62182441promoter 内 692-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 62185740-62186561(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr02G002219 Chr02 NC_080388.1:39456564-39456574promoter 内 672-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 39459893-39466174(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGAG
SmilChr01G004577 Chr01 NC_080387.1:63815272-63815282promoter 内 417-427 bp - 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 63806068-63811698(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr02G005396 Chr02 NC_080388.1:74546031-74546041promoter 内 370-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 74549662-74551166(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr03G001068 Chr03 NC_080389.1:12383453-12383463promoter 内 287-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 12387167-12387756(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69182739-69182749promoter 内 265-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 69170025-69179013(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr01G003485 Chr01 NC_080387.1:53420731-53420741promoter 内 252-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53414664-53416992(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr02G004936 Chr02 NC_080388.1:71341868-71341878promoter 内 164-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71335126-71338041(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr02G004979 Chr02 NC_080388.1:71663542-71663552promoter 内 110-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71667433-71676247(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr02G005222 Chr02 NC_080388.1:73428767-73428777promoter 内 71-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 73432697-73435402(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr02G000955 Chr02 NC_080388.1:16591401-16591411promoter 内 9-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 16595393-16597882(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAAGTTGTT
SmilChr03G001463 Chr03 NC_080389.1:17489274-17489284promoter 内 3967-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 17489308-17493704(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2506118-2506128promoter 内 3930-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2506189-2515083(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3880406-3880416promoter 内 3930-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3872530-3880345(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCCACTTGCA
SmilChr01G002998 Chr01 NC_080387.1:48929475-48929485promoter 内 3926-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48927161-48929410(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr01G003624 Chr01 NC_080387.1:54797981-54797991promoter 内 3835-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54798147-54802830(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr01G003030 Chr01 NC_080387.1:49350482-49350492promoter 内 3800-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49350683-49353052(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGCA
SmilChr01G003641 Chr01 NC_080387.1:54914771-54914781promoter 内 3796-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54914976-54919283(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
SmilChr02G003474 Chr02 NC_080388.1:56048838-56048848promoter 内 3777-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56047805-56048624(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGAA
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