转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 22 / 167 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002331 Chr02 NC_080388.1:41004830-41004850promoter 内 709-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 41008122-41013262(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGCTCTTTATCCAGACATTG
SmilChr05G002103 Chr05 NC_080391.1:22040478-22040498promoter 内 707-727 bp + 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 22033520-22037204(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACCTCCTTATCTGAACTCCG
SmilChr03G002124 Chr03 NC_080389.1:33023714-33023734promoter 内 680-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 33019287-33020413(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr03G004730 Chr03 NC_080389.1:64465707-64465727promoter 内 3974-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64465734-64468897(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATGTGGATAAGCTTTAT
SmilChr04G001289 Chr04 NC_080390.1:20566346-20566366promoter 内 3871-3891 bp + 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20566476-20567639(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAAAGAGGATAAGCACCAT
SmilChr05G000628 Chr05 NC_080391.1:4738674-4738694promoter 内 3854-3874 bp - 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4735616-4738547(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAAAAAAGGATAAGTAGAGT
SmilChr05G002031 Chr05 NC_080391.1:21124758-21124778promoter 内 3780-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21124979-21125848(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr06G001982 Chr06 NC_080392.1:25225558-25225578promoter 内 3780-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25225779-25226648(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr07G001992 Chr07 NC_080393.1:17560139-17560159promoter 内 3780-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17559069-17559938(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr03G004033 Chr03 NC_080389.1:59326404-59326424promoter 内 3767-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59326638-59331213(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATAAAAGATAAGGAAAGA
SmilChr01G002294 Chr01 NC_080387.1:39777243-39777263promoter 内 3706-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39776189-39776968(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr06G001909 Chr06 NC_080392.1:23084532-23084552promoter 内 3683-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 23080958-23084234(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCAATCTTATCCTTTTAATG
SmilChr02G004894 Chr02 NC_080388.1:70965398-70965418promoter 内 3649-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 70965750-70969187(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAATCTTATCCAATAATTA
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17419848-17419868promoter 内 3555-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr01G000975 Chr01 NC_080387.1:20604414-20604434promoter 内 3529-3549 bp + 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20601292-20603962(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr07G000092 Chr07 NC_080393.1:501285-501305promoter 内 3444-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 501842-502549(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAATATTGGATAAGGAGTAT
SmilChr02G001138 Chr02 NC_080388.1:20512771-20512791promoter 内 3435-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20509831-20512225(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr04G003626 Chr04 NC_080390.1:52743837-52743857promoter 内 3329-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52744509-52747697(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42662708-42662728promoter 内 3138-3158 bp - 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTATCATTATCCACAACATG
SmilChr03G004177 Chr03 NC_080389.1:60501199-60501219promoter 内 3113-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60502087-60504137(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAAGATAAAGATCAA
SmilChr05G001086 Chr05 NC_080391.1:9051682-9051702promoter 内 3006-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9052677-9053861(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGTTCCTTATCCTCACCAAT
SmilChr05G004264 Chr05 NC_080391.1:56429947-56429967promoter 内 2973-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56430975-56436175(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATAGTGGATAATAATCAT
SmilChr05G001072 Chr05 NC_080391.1:8869679-8869699promoter 内 2947-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 8863706-8868645(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTTATCTTATTTAAT
SmilChr03G002544 Chr03 NC_080389.1:40619525-40619545promoter 内 2931-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40620595-40622823(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAGCCTTATCTTATATGTG
SmilChr07G002285 Chr07 NC_080393.1:21117580-21117600promoter 内 2889-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21118692-21119777(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTGCTTATCCTTTTTGTT
SmilChr03G004032 Chr03 NC_080389.1:59326404-59326424promoter 内 2821-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59323750-59325244(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCTTTTATTTT
SmilChr03G002830 Chr03 NC_080389.1:44774583-44774603promoter 内 2784-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44768569-44773386(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACCTCCTTATCTTTTCAGTT
SmilChr05G004171 Chr05 NC_080391.1:55646029-55646049promoter 内 2784-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55647246-55650657(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGATATTTATCCTATTTTTT
SmilChr04G002763 Chr04 NC_080390.1:43393286-43393306promoter 内 2762-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 43394525-43397242(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAATTTTTATCCAAACCTTT
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596470-1596490promoter 内 2758-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCGCCTTATCCACTTCAAT
SmilChr05G000712 Chr05 NC_080391.1:5383368-5383388promoter 内 2749-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5384620-5387561(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAAATTGGAGAAGAATAAG
SmilChr03G001092 Chr03 NC_080389.1:12616113-12616133promoter 内 2723-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12617391-12618652(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATCTCTTTATCCAAACCTTG
SmilChr05G000668 Chr05 NC_080391.1:5104610-5104630promoter 内 2715-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5100450-5103344(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAAATTGGAGAAGAATAAG
SmilChr04G001290 Chr04 NC_080390.1:20566346-20566366promoter 内 2690-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20567657-20568346(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAAAGAGGATAAGCACCAT
SmilChr08G000570 Chr08 NC_080394.1:4131004-4131024promoter 内 2646-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4132359-4133865(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTATGGATAAGAAAATG
SmilChr07G002646 Chr07 NC_080393.1:25608297-25608317promoter 内 2570-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25598866-25606886(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATCCTTATCTTCTCAAAT
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39777243-39777263promoter 内 2530-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAATTTGGATAATAATAAT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67113771-67113791promoter 内 2511-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr04G003277 Chr04 NC_080390.1:49465621-49465641promoter 内 2501-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49463311-49464141(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAAATTAGATAAGGTCGAG
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45417261-45417281promoter 内 2476-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAATTTGGATAATAATAAT
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40284287-40284307promoter 内 2460-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCTTTATCCAAAATTTT
SmilChr07G001991 Chr07 NC_080393.1:17560139-17560159promoter 内 2458-2478 bp + 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17557199-17558616(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr03G003290 Chr03 NC_080389.1:51017763-51017783promoter 内 2400-2420 bp + 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51019364-51019993(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATTTAGGATAAGGATTCA
SmilChr04G003279 Chr04 NC_080390.1:49465621-49465641promoter 内 2320-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49467302-49469038(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCGACCTTATCTAATTTATG
SmilChr03G003074 Chr03 NC_080389.1:47778230-47778250promoter 内 2266-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47770895-47776515(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTCCTTATCTGCACTCTG
SmilChr02G001177 Chr02 NC_080388.1:21636133-21636153promoter 内 2121-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21638013-21644647(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATACTTATCCACTTCATC
SmilChr06G000406 Chr06 NC_080392.1:3321489-3321509promoter 内 2066-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3308612-3319574(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGGAAAAGGATAAGATTTGG
SmilChr06G002123 Chr06 NC_080392.1:28503883-28503903promoter 内 1924-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28505960-28508724(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTATTATCCAAATTCTC
SmilChr07G004714 Chr07 NC_080393.1:59992703-59992723promoter 内 1860-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59994844-59999415(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGCTTCTTATCCAAATTTGC
SmilChr02G001329 Chr02 NC_080388.1:24753577-24753597promoter 内 1834-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24748839-24751430(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAATTTGGATAATAATAAT