转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 23 / 128 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000712 Chr07 NC_080393.1:4956613-4956627promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4959807-4962301(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCC
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31470072-31470086promoter 内 689-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 31473384-31473543(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr01G005785 Chr01 NC_080387.1:73946913-73946927promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 73940626-73943502(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGCGGAGGTGA
SmilChr04G002742 Chr04 NC_080390.1:43079246-43079260promoter 内 485-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43082762-43085372(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr04G000350 Chr04 NC_080390.1:3271378-3271392promoter 内 1691-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 14 3273688-3283673(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr03G002570 Chr03 NC_080389.1:40884064-40884078promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 7 40884926-40889097(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCAG
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17295789-17295803promoter 内 2703-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 6 17293506-17294505(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGTTGG
SmilChr06G000810 Chr06 NC_080392.1:7596274-7596288promoter 内 1353-1367 bp + 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 5 7598922-7610826(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCCT
SmilChr01G005625 Chr01 NC_080387.1:72725821-72725835promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 72723566-72725101(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCAG
SmilChr08G002876 Chr08 NC_080394.1:28664896-28664910promoter 内 2981-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 28665916-28668370(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGCGGAGGTGC
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72725821-72725835promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 72726943-72733229(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCCT
SmilChr01G003782 Chr01 NC_080387.1:56203914-56203928promoter 内 1614-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 56198461-56201541(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCAG
SmilChr08G001907 Chr08 NC_080394.1:16588117-16588131promoter 内 1582-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 4 16590536-16591722(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCCA
SmilChr07G003923 Chr07 NC_080393.1:49542804-49542818promoter 内 3073-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 49543732-49545927(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTGTGG
SmilChr01G002548 Chr01 NC_080387.1:43578003-43578017promoter 内 2971-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 43568349-43576987(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCCT
SmilChr05G003368 Chr05 NC_080391.1:44511612-44511626promoter 内 2663-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 44506103-44510288(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGTCG
SmilChr07G000719 Chr07 NC_080393.1:5006534-5006548promoter 内 2500-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 5004945-5005047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACTTCCACCGCCG
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53226329-53226343promoter 内 1937-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 3 53228393-53230198(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGGTG
SmilChr02G002037 Chr02 NC_080388.1:36665136-36665150promoter 内 3089-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 36666048-36673497(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCG
SmilChr02G002025 Chr02 NC_080388.1:36477488-36477502promoter 内 2905-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 36467687-36476406(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCG
SmilChr05G000742 Chr05 NC_080391.1:5686784-5686798promoter 内 2740-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 5688045-5688782(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCCT
SmilChr06G001650 Chr06 NC_080392.1:18704028-18704042promoter 内 2631-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 18705398-18709013(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGCAG
SmilChr02G001216 Chr02 NC_080388.1:22370636-22370650promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 22368393-22369256(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCG
SmilChr06G001649 Chr06 NC_080392.1:18704028-18704042promoter 内 2021-2035 bp - 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 18699239-18702062(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCCT
SmilChr02G005023 Chr02 NC_080388.1:71979675-71979689promoter 内 2005-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 71981671-71985177(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCGGAGG
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26546921-26546935promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 26520857-26544913(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr08G000487 Chr08 NC_080394.1:3506919-3506933promoter 内 1927-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 3508993-3526670(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCG
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57223220-57223234promoter 内 1398-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 57225823-57234347(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGACGG
SmilChr08G001906 Chr08 NC_080394.1:16588117-16588131promoter 内 28-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 16579100-16584158(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGCGGAGGTGC
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26546921-26546935promoter 内 14-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 26550908-26552602(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCACCACCGCCG
SmilChr03G003693 Chr03 NC_080389.1:55866196-55866210promoter 内 3565-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 55866632-55868608(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGAGA
SmilChr02G000261 Chr02 NC_080388.1:3365608-3365622promoter 内 3552-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 3366057-3369031(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCGCCG
SmilChr07G004692 Chr07 NC_080393.1:59839493-59839507promoter 内 3397-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 59840097-59845234(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCGA
SmilChr08G001990 Chr08 NC_080394.1:17621214-17621228promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17610283-17620396(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGCGGAGGTGG
SmilChr05G001364 Chr05 NC_080391.1:12121684-12121698promoter 内 2767-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12122918-12130304(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCGCCACCGCCT
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