转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 24 / 135 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003959 Chr01 NC_080387.1:57970786-57970795promoter 内 3286-3295 bp + 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57959319-57970080(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCC
SmilChr04G000570 Chr04 NC_080390.1:6363555-6363564promoter 内 3275-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 6364281-6369326(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr05G001844 Chr05 NC_080391.1:18483194-18483203promoter 内 3269-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 18480474-18482471(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGA
SmilChr01G005324 Chr01 NC_080387.1:70458018-70458027promoter 内 3251-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70458768-70466254(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCC
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670880-16670889promoter 内 3246-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 16671635-16675520(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAC
SmilChr02G000334 Chr02 NC_080388.1:4218261-4218270promoter 内 3189-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 4215622-4217458(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGCCACGTGC
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46404959-46404968promoter 内 3171-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr01G004667 Chr01 NC_080387.1:64789639-64789648promoter 内 3154-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64786058-64788801(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCC
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22340019-22340028promoter 内 3112-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAC
SmilChr05G002248 Chr05 NC_080391.1:24149653-24149662promoter 内 3110-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 24146647-24148771(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAC
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64204578-64204587promoter 内 3095-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64205484-64206311(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13073751-13073760promoter 内 3072-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 13074680-13077615(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr03G003487 Chr03 NC_080389.1:53448346-53448355promoter 内 3034-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 53445101-53447388(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr03G003488 Chr03 NC_080389.1:53448346-53448355promoter 内 2926-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 53449421-53456826(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56630652-56630661promoter 内 2895-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 56631758-56633259(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr05G001477 Chr05 NC_080391.1:13551166-13551175promoter 内 2834-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 13540999-13550008(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCC
SmilChr02G002804 Chr02 NC_080388.1:48112675-48112684promoter 内 2696-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 48113980-48115436(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr01G002350 Chr01 NC_080387.1:40641184-40641193promoter 内 2664-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 40642521-40642628(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr03G003720 Chr03 NC_080389.1:56216813-56216822promoter 内 2638-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 56212604-56215459(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGAC
SmilChr05G000696 Chr05 NC_080391.1:5260508-5260517promoter 内 2590-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 5255445-5259106(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGA
SmilChr04G003312 Chr04 NC_080390.1:49844514-49844523promoter 内 2568-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 49842026-49843090(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGA
SmilChr03G004360 Chr03 NC_080389.1:61839567-61839576promoter 内 2553-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61841015-61841767(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr01G002064 Chr01 NC_080387.1:36499445-36499454promoter 内 2521-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 36495443-36497974(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr04G000217 Chr04 NC_080390.1:1906795-1906804promoter 内 2521-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 1903660-1905324(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGCCACGTGC
SmilChr05G000345 Chr05 NC_080391.1:2579816-2579825promoter 内 2491-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2558691-2578315(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GGCCACGTGC
SmilChr02G001458 Chr02 NC_080388.1:27268321-27268330promoter 内 2465-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 27269857-27271157(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr01G002095 Chr01 NC_080387.1:36959890-36959899promoter 内 2446-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 36961445-36963873(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr04G003216 Chr04 NC_080390.1:48988378-48988387promoter 内 2412-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 48989967-48992451(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr05G001744 Chr05 NC_080391.1:16935344-16935353promoter 内 2407-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 16936938-16942558(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr04G003356 Chr04 NC_080390.1:50156788-50156797promoter 内 2405-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 50158384-50167188(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr05G001162 Chr05 NC_080391.1:9766208-9766217promoter 内 2379-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9767830-9773437(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr02G004835 Chr02 NC_080388.1:70470944-70470953promoter 内 2340-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70472605-70475789(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr03G002188 Chr03 NC_080389.1:34179216-34179225promoter 内 2319-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 34180898-34182773(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
SmilChr02G000205 Chr02 NC_080388.1:2653226-2653235promoter 内 2308-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2654919-2668502(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCT
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14438239-14438248promoter 内 2301-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 14439939-14443084(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTCCACGTGA
SmilChr01G004359 Chr01 NC_080387.1:61777797-61777806promoter 内 2301-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61779497-61785042(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGT
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