转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 24 / 139 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003110 Chr01 NC_080387.1:49909688-49909699promoter 内 1497-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49912192-49949935(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr01G004484 Chr01 NC_080387.1:62962882-62962893promoter 内 1336-1347 bp - 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62965547-62971988(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGGT
SmilChr04G003156 Chr04 NC_080390.1:48201473-48201484promoter 内 1287-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48195143-48198770(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGG
SmilChr03G002121 Chr03 NC_080389.1:32963022-32963033promoter 内 965-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32966058-32966610(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACTGACGTGGT
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40285968-40285979promoter 内 788-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGAG
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23133481-23133492promoter 内 562-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 23125739-23130053(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAG
SmilChr02G005324 Chr02 NC_080388.1:74112390-74112401promoter 内 434-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74115957-74117456(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTGCA
SmilChr04G002583 Chr04 NC_080390.1:41219554-41219565promoter 内 335-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41211800-41215899(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTG
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40114973-40114984promoter 内 176-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40109167-40111159(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGAG
SmilChr02G001375 Chr02 NC_080388.1:25992600-25992611promoter 内 134-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25996467-25999489(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr02G000346 Chr02 NC_080388.1:4512428-4512439promoter 内 54-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4507986-4508492(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTG
SmilChr02G000854 Chr02 NC_080388.1:14548091-14548102promoter 内 3876-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 14546214-14547977(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCTGACGTGTC
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14757128-14757139promoter 内 3178-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 14755255-14756316(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCTGACGTGTC
SmilChr04G002746 Chr04 NC_080390.1:43133760-43133771promoter 内 2781-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 43134980-43135051(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCTGGA
SmilChr03G004062 Chr03 NC_080389.1:59587389-59587400promoter 内 2171-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 59589219-59592862(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGGGGA
SmilChr03G003746 Chr03 NC_080389.1:56519696-56519707promoter 内 840-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 56513128-56516546(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCTGCG
SmilChr04G002745 Chr04 NC_080390.1:43133760-43133771promoter 内 3566-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 43128405-43133336(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCAGACGTGGC
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12903191-12903202promoter 内 2970-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 12901317-12902171(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCTGACGTGTC
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41674493-41674504promoter 内 3280-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 41675214-41679124(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCTGCG
SmilChr02G000108 Chr02 NC_080388.1:1381048-1381059promoter 内 3247-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1377569-1380305(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCTGCT
SmilChr02G000555 Chr02 NC_080388.1:7815794-7815805promoter 内 3156-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 7816639-7818312(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCAGACGTGGC
SmilChr03G001111 Chr03 NC_080389.1:12819752-12819763promoter 内 2665-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12809327-12818427(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCTGCG
SmilChr04G001647 Chr04 NC_080390.1:27395962-27395973promoter 内 2644-2655 bp + 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27392443-27394616(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGGG
SmilChr04G003270 Chr04 NC_080390.1:49406608-49406619promoter 内 1955-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49401471-49404573(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCAGACGTGGT
SmilChr01G005408 Chr01 NC_080387.1:71334697-71334708promoter 内 1403-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 71337295-71341005(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCAGACGTGGG
SmilChr02G000732 Chr02 NC_080388.1:11894060-11894071promoter 内 1224-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11896837-11898215(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCTGCG
SmilChr04G001353 Chr04 NC_080390.1:21989435-21989446promoter 内 1063-1074 bp - 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21992373-21995259(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCTGCG
SmilChr04G000274 Chr04 NC_080390.1:2525620-2525631promoter 内 761-772 bp + 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2528860-2529789(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCAGACGTGGA
SmilChr04G003638 Chr04 NC_080390.1:52875149-52875160promoter 内 446-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52871520-52871605(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCAGACGTGGT
SmilChr05G000052 Chr05 NC_080391.1:243286-243297promoter 内 341-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 246946-248099(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCAGACGTGGA
SmilChr03G001036 Chr03 NC_080389.1:12058609-12058620promoter 内 1735-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 12055420-12056354(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
SmilChr03G001031 Chr03 NC_080389.1:12016739-12016750promoter 内 2911-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 12013561-12015660(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGTG
SmilChr01G005753 Chr01 NC_080387.1:73620757-73620768promoter 内 2204-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 73617899-73618971(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
SmilChr02G002348 Chr02 NC_080388.1:41258247-41258258promoter 内 2068-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 41255458-41256325(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGTG
SmilChr02G004280 Chr02 NC_080388.1:64994712-64994723promoter 内 595-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 64989756-64991317(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51020693-51020704promoter 内 2692-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 51018253-51019395(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGTG
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41888204-41888215promoter 内 2127-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 41885763-41886341(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGTG
SmilChr04G000819 Chr04 NC_080390.1:10276243-10276254promoter 内 1384-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 10278860-10282884(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
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SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35493256-35493267promoter 内 822-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 35496435-35498673(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACACGTCAGCT
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SmilChr02G000903 Chr02 NC_080388.1:15571069-15571080promoter 内 692-703 bp + 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 15541002-15567771(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
SmilChr04G002906 Chr04 NC_080390.1:45324319-45324330promoter 内 3327-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 45324993-45326126(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCGGGC
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SmilChr02G002451 Chr02 NC_080388.1:42757751-42757762promoter 内 1750-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 42760002-42761349(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACACGTCAGCA
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SmilChr04G003379 Chr04 NC_080390.1:50346345-50346356promoter 内 621-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 50330508-50342976(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTGACGTGTG