靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021489-RA_Salv |
SmilChr05G000830 |
NAC | XP_057764550.1 |
MP00058 |
TACGTAAC |
9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 24 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G003148 |
Chr03 | NC_080389.1:48786656-48786663promoter 内 355-362 bp |
- | 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48790302-48791111(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr07G002283 |
Chr07 | NC_080393.1:21106266-21106273promoter 内 353-360 bp |
- | 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 21109914-21113782(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G001479 |
Chr04 | NC_080390.1:24217369-24217376promoter 内 345-352 bp |
- | 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24221025-24221546(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G001367 |
Chr02 | NC_080388.1:25764236-25764243promoter 内 341-348 bp |
+ | 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25759521-25760583(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G001702 |
Chr05 | NC_080391.1:16225754-16225761promoter 内 340-347 bp |
+ | 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 16219132-16222100(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G001057 |
Chr06 | NC_080392.1:10423511-10423518promoter 内 340-347 bp |
- | 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10427172-10429471(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G003559 |
Chr01 | NC_080387.1:54195940-54195947promoter 内 339-346 bp |
+ | 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54199602-54203213(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr01G006113 |
Chr01 | NC_080387.1:76666493-76666500promoter 内 331-338 bp |
- | 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76670163-76671056(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr08G000922 |
Chr08 | NC_080394.1:6810438-6810445promoter 内 306-313 bp |
- | 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 6814133-6821352(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G002639 |
Chr06 | NC_080392.1:37996735-37996742promoter 内 303-310 bp |
- | 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 38000433-38001640(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr06G000357 |
Chr06 | NC_080392.1:2729608-2729615promoter 内 301-308 bp |
+ | 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 2733308-2736597(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr04G002693 |
Chr04 | NC_080390.1:42346038-42346045promoter 内 295-302 bp |
+ | 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42338177-42342339(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G001581 |
Chr05 | NC_080391.1:14510852-14510859promoter 内 286-293 bp |
+ | 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14514567-14516319(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr04G003657 |
Chr04 | NC_080390.1:53047338-53047345promoter 内 284-291 bp |
- | 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53051055-53061009(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G001972 |
Chr03 | NC_080389.1:28412231-28412238promoter 内 277-284 bp |
+ | 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28415955-28416551(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G000349 |
Chr07 | NC_080393.1:2361263-2361270promoter 内 275-282 bp |
- | 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 2364989-2366452(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G002635 |
Chr03 | NC_080389.1:41912888-41912895promoter 内 265-272 bp |
+ | 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 41916624-41920663(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G000248 |
Chr07 | NC_080393.1:1585325-1585332promoter 内 264-271 bp |
- | 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1589062-1590921(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr04G002032 |
Chr04 | NC_080390.1:33013301-33013308promoter 内 263-270 bp |
+ | 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33003954-33009570(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G001169 |
Chr01 | NC_080387.1:23727485-23727492promoter 内 257-264 bp |
+ | 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23731229-23732890(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr01G001567 |
Chr01 | NC_080387.1:29686855-29686862promoter 内 246-253 bp |
+ | 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29680952-29683107(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G000702 |
Chr02 | NC_080388.1:11221756-11221763promoter 内 234-241 bp |
+ | 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 11208006-11217996(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr08G001833 |
Chr08 | NC_080394.1:15709977-15709984promoter 内 229-236 bp |
+ | 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 15706140-15706212(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G001683 |
Chr03 | NC_080389.1:22215707-22215714promoter 内 227-234 bp |
+ | 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22208652-22211940(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G001040 |
Chr02 | NC_080388.1:18486057-18486064promoter 内 222-229 bp |
- | 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 18489836-18489909(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G000825 |
Chr02 | NC_080388.1:13954663-13954670promoter 内 221-228 bp |
- | 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 13948074-13950890(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G002537 |
Chr07 | NC_080393.1:24079143-24079150promoter 内 220-227 bp |
+ | 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24070564-24075369(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr03G004230 |
Chr03 | NC_080389.1:60835739-60835746promoter 内 216-223 bp |
- | 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60839524-60846564(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G000822 |
Chr01 | NC_080387.1:17747564-17747571promoter 内 212-219 bp |
+ | 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 17751353-17758891(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr03G001312 |
Chr03 | NC_080389.1:15400741-15400748promoter 内 211-218 bp |
- | 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 15395343-15396958(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr04G003877 |
Chr04 | NC_080390.1:54638400-54638407promoter 内 211-218 bp |
+ | 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54634544-54634617(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr01G006084 |
Chr01 | NC_080387.1:76278301-76278308promoter 内 210-217 bp |
- | 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76282092-76285016(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G001784 |
Chr05 | NC_080391.1:17573728-17573735promoter 内 210-217 bp |
- | 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 17566128-17569944(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr01G003153 |
Chr01 | NC_080387.1:50328997-50329004promoter 内 204-211 bp |
- | 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50323980-50325207(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
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Chr02 | NC_080388.1:40413264-40413271promoter 内 202-209 bp |
+ | 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40417063-40422432(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr02G003822 |
Chr02 | NC_080388.1:59833576-59833583promoter 内 202-209 bp |
- | 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59837375-59843116(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr08G000352 |
Chr08 | NC_080394.1:2428519-2428526promoter 内 201-208 bp |
- | 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 2423123-2424726(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
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Chr08 | NC_080394.1:24432115-24432122promoter 内 200-207 bp |
- | 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 24435916-24440795(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr02G003990 |
Chr02 | NC_080388.1:62197181-62197188promoter 内 197-204 bp |
- | 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62191665-62193384(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr04G003542 |
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- | 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51769028-51773060(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr07G004252 |
Chr07 | NC_080393.1:54960527-54960534promoter 内 196-203 bp |
+ | 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54956659-54956729(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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SmilChr08G000766 |
Chr08 | NC_080394.1:5665186-5665193promoter 内 194-201 bp |
+ | 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5668993-5671114(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr08G000903 |
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- | 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 6688781-6689846(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr05G001361 |
Chr05 | NC_080391.1:12103916-12103923promoter 内 190-197 bp |
- | 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12107727-12108395(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
SmilChr05G002152 |
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- | 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 22742117-22744510(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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- | 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34440662-34441412(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |
SmilChr06G000046 |
Chr06 | NC_080392.1:380540-380547promoter 内 187-194 bp |
+ | 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 374824-376733(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
GTTACGTG |
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+ | 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56388793-56394880(-) |
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- | 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5996885-5999755(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
CACGTAAC |