转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 24 / 149 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003148 Chr03 NC_080389.1:48786656-48786663promoter 内 355-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48790302-48791111(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G002283 Chr07 NC_080393.1:21106266-21106273promoter 内 353-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21109914-21113782(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G001479 Chr04 NC_080390.1:24217369-24217376promoter 内 345-352 bp - 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24221025-24221546(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G001367 Chr02 NC_080388.1:25764236-25764243promoter 内 341-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25759521-25760583(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001702 Chr05 NC_080391.1:16225754-16225761promoter 内 340-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16219132-16222100(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G001057 Chr06 NC_080392.1:10423511-10423518promoter 内 340-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 10427172-10429471(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G003559 Chr01 NC_080387.1:54195940-54195947promoter 内 339-346 bp + 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54199602-54203213(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G006113 Chr01 NC_080387.1:76666493-76666500promoter 内 331-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76670163-76671056(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G000922 Chr08 NC_080394.1:6810438-6810445promoter 内 306-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6814133-6821352(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G002639 Chr06 NC_080392.1:37996735-37996742promoter 内 303-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38000433-38001640(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G000357 Chr06 NC_080392.1:2729608-2729615promoter 内 301-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2733308-2736597(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr04G002693 Chr04 NC_080390.1:42346038-42346045promoter 内 295-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42338177-42342339(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001581 Chr05 NC_080391.1:14510852-14510859promoter 内 286-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14514567-14516319(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr04G003657 Chr04 NC_080390.1:53047338-53047345promoter 内 284-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53051055-53061009(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001972 Chr03 NC_080389.1:28412231-28412238promoter 内 277-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28415955-28416551(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G000349 Chr07 NC_080393.1:2361263-2361270promoter 内 275-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2364989-2366452(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G002635 Chr03 NC_080389.1:41912888-41912895promoter 内 265-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41916624-41920663(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G000248 Chr07 NC_080393.1:1585325-1585332promoter 内 264-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1589062-1590921(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002032 Chr04 NC_080390.1:33013301-33013308promoter 内 263-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33003954-33009570(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23727485-23727492promoter 内 257-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23731229-23732890(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G001567 Chr01 NC_080387.1:29686855-29686862promoter 内 246-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29680952-29683107(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000702 Chr02 NC_080388.1:11221756-11221763promoter 内 234-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11208006-11217996(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr08G001833 Chr08 NC_080394.1:15709977-15709984promoter 内 229-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15706140-15706212(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G001683 Chr03 NC_080389.1:22215707-22215714promoter 内 227-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22208652-22211940(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G001040 Chr02 NC_080388.1:18486057-18486064promoter 内 222-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 18489836-18489909(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000825 Chr02 NC_080388.1:13954663-13954670promoter 内 221-228 bp - 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13948074-13950890(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G002537 Chr07 NC_080393.1:24079143-24079150promoter 内 220-227 bp + 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24070564-24075369(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G004230 Chr03 NC_080389.1:60835739-60835746promoter 内 216-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60839524-60846564(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G000822 Chr01 NC_080387.1:17747564-17747571promoter 内 212-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17751353-17758891(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G001312 Chr03 NC_080389.1:15400741-15400748promoter 内 211-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15395343-15396958(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr04G003877 Chr04 NC_080390.1:54638400-54638407promoter 内 211-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54634544-54634617(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76278301-76278308promoter 内 210-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76282092-76285016(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001784 Chr05 NC_080391.1:17573728-17573735promoter 内 210-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17566128-17569944(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G003153 Chr01 NC_080387.1:50328997-50329004promoter 内 204-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50323980-50325207(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G002288 Chr02 NC_080388.1:40413264-40413271promoter 内 202-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40417063-40422432(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G003822 Chr02 NC_080388.1:59833576-59833583promoter 内 202-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59837375-59843116(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
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