转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 25 / 134 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000627 Chr01 NC_080387.1:14051882-14051896promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 14049918-14050849(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGAAATAATGATTAA
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5621913-5621927promoter 内 2626-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5617091-5620552(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAAACAATGATTAC
SmilChr03G002257 Chr03 NC_080389.1:35527886-35527900promoter 内 2341-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 35522220-35526240(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATCATC
SmilChr01G006076 Chr01 NC_080387.1:76209240-76209254promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 76211663-76212899(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATGATTACTTTA
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52044331-52044345promoter 内 1235-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 52039649-52041579(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCACTACT
SmilChr02G003004 Chr02 NC_080388.1:50693718-50693732promoter 内 818-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 50689365-50690549(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTTTA
SmilChr03G002174 Chr03 NC_080389.1:33784498-33784512promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33787753-33788917(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTACACTT
SmilChr01G001684 Chr01 NC_080387.1:31069970-31069984promoter 内 605-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 31073366-31074461(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGCAATA
SmilChr02G004117 Chr02 NC_080388.1:63471952-63471966promoter 内 391-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 63462544-63468356(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCTGGTAATGATGAT
SmilChr03G003042 Chr03 NC_080389.1:47319244-47319258promoter 内 289-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 47322956-47324529(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAGCTGATGATTAC
SmilChr02G001287 Chr02 NC_080388.1:23688508-23688522promoter 内 147-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 23692362-23698091(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATCATC
SmilChr02G000423 Chr02 NC_080388.1:5410614-5410628promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 5414594-5417561(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATCATC
SmilChr01G000628 Chr01 NC_080387.1:14051882-14051896promoter 内 3610-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14052273-14053478(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTTCT
SmilChr01G004303 Chr01 NC_080387.1:61212861-61212875promoter 内 3591-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61211681-61212465(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAAATAATGATGAA
SmilChr01G000650 Chr01 NC_080387.1:14493143-14493157promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14491531-14492676(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTTCT
SmilChr03G002461 Chr03 NC_080389.1:38976433-38976447promoter 内 3238-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 38967393-38975684(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAGCTTC
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9924083-9924097promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9924915-9928587(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAACAATGATTAG
SmilChr02G004519 Chr02 NC_080388.1:67711697-67711711promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67710207-67710644(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAGGTGATGATTAT
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60363890-60363904promoter 内 2909-2923 bp + 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60364982-60367666(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGAAATAATGATTAA
SmilChr02G005095 Chr02 NC_080388.1:72524660-72524674promoter 内 2899-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72521755-72523572(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGCAATGATTAT
SmilChr01G005002 Chr01 NC_080387.1:68069288-68069302promoter 内 2650-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68066131-68067951(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAACATAATGATGAG
SmilChr03G002173 Chr03 NC_080389.1:33784498-33784512promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33780938-33783135(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATTGA
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14493143-14493157promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 14494819-14495241(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGAAATAATGATTAA
SmilChr01G004643 Chr01 NC_080387.1:64462788-64462802promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 64464478-64469989(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTCTT
SmilChr02G005494 Chr02 NC_080388.1:75101132-75101146promoter 内 2188-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75097484-75099333(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAAATAATGATGAA
SmilChr01G002826 Chr01 NC_080387.1:46863413-46863427promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 46865308-46866386(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGATGATGATTAG
SmilChr01G002879 Chr01 NC_080387.1:47398147-47398161promoter 内 2036-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47394962-47396196(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTACCCAC
SmilChr03G000294 Chr03 NC_080389.1:3384833-3384847promoter 内 1999-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3379657-3382845(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGAAATGATTAC
SmilChr02G004119 Chr02 NC_080388.1:63471952-63471966promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63473998-63478395(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACCAGG
SmilChr02G004566 Chr02 NC_080388.1:68180721-68180735promoter 内 1496-1510 bp - 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68183226-68185283(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATCTTT
SmilChr01G000934 Chr01 NC_080387.1:19817312-19817326promoter 内 1314-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19803718-19814639(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCACCACT
SmilChr01G000933 Chr01 NC_080387.1:19788857-19788871promoter 内 1312-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19775261-19786182(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCACCACT
SmilChr01G003006 Chr01 NC_080387.1:49095423-49095437promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49098349-49102127(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGATCTAATGATTAC
SmilChr03G001311 Chr03 NC_080389.1:15391532-15391546promoter 内 459-473 bp - 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15395074-15397989(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATTTTG
SmilChr01G005445 Chr01 NC_080387.1:71548207-71548221promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71539560-71544641(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCTGTAATGATTAG
SmilChr01G006134 Chr01 NC_080387.1:76852638-76852652promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 76856468-76859505(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATGATTACTTTA
SmilChr01G005448 Chr01 NC_080387.1:71548207-71548221promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71552051-71552827(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTACAGCT
SmilChr01G005609 Chr01 NC_080387.1:72643600-72643614promoter 内 2457-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 72636647-72642070(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCACTTTA
SmilChr02G005557 Chr02 NC_080388.1:75533914-75533928promoter 内 3719-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 75525210-75533646(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATTAAC
SmilChr02G002805 Chr02 NC_080388.1:48123721-48123735promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 48124178-48125580(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATTTTT
SmilChr01G005102 Chr01 NC_080387.1:68814803-68814817promoter 内 2449-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 68816355-68818798(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCTCA
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56219181-56219195promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 56216197-56217312(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATTGTAATGATTGA
SmilChr01G004366 Chr01 NC_080387.1:61847273-61847287promoter 内 2008-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 61844665-61845294(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATTATT
SmilChr03G002030 Chr03 NC_080389.1:30438958-30438972promoter 内 1328-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 30435691-30436299(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAGATAATGATGAG
SmilChr01G005124 Chr01 NC_080387.1:69050762-69050776promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 69053845-69055068(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATACTAATGATGAT
SmilChr02G005559 Chr02 NC_080388.1:75533914-75533928promoter 内 345-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 75537570-75540144(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTAATAATGATTAG
SmilChr03G002133 Chr03 NC_080389.1:33220866-33220880promoter 内 336-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 33216882-33217215(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGCATTT
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62657264-62657278promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 62657379-62661525(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAGTAATCATGAT
SmilChr03G000813 Chr03 NC_080389.1:9305584-9305598promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 9305710-9308869(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAATATC
SmilChr01G005888 Chr01 NC_080387.1:74798451-74798465promoter 内 3351-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 74799101-74807566(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGGA