转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 26 / 130 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005568 Chr01 NC_080387.1:72470378-72470385promoter 内 1880-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72465758-72468264(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G002735 Chr08 NC_080394.1:26977524-26977531promoter 内 1880-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26975338-26975410(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G003839 Chr05 NC_080391.1:51839073-51839080promoter 内 1875-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51841199-51845766(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G001575 Chr05 NC_080391.1:14405211-14405218promoter 内 1867-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14407345-14408772(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr07G003845 Chr07 NC_080393.1:47644460-47644467promoter 内 1867-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47646594-47653604(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G002908 Chr02 NC_080388.1:49384521-49384528promoter 内 1863-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49386659-49392101(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003394 Chr02 NC_080388.1:55054694-55054701promoter 内 1860-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55047713-55052560(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr06G001131 Chr06 NC_080392.1:11354138-11354145promoter 内 1853-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11356286-11358333(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G005021 Chr02 NC_080388.1:71974777-71974784promoter 内 1852-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71968667-71972635(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G003150 Chr08 NC_080394.1:31969380-31969387promoter 内 1852-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31971529-31972113(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G001279 Chr03 NC_080389.1:14977798-14977805promoter 内 1849-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14973411-14975653(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G000520 Chr08 NC_080394.1:3793371-3793378promoter 内 1849-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3790309-3791226(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003863 Chr02 NC_080388.1:60577437-60577444promoter 内 1847-1854 bp - 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60574796-60575290(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G000810 Chr03 NC_080389.1:9284506-9284513promoter 内 1843-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9279643-9282355(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G005841 Chr01 NC_080387.1:74410148-74410155promoter 内 1842-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74406422-74407996(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G003558 Chr04 NC_080390.1:51968353-51968360promoter 内 1838-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51959817-51966197(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G004361 Chr01 NC_080387.1:61804007-61804014promoter 内 1835-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61797285-61801848(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G000747 Chr02 NC_080388.1:12096562-12096569promoter 内 1828-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12091753-12094396(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G006174 Chr01 NC_080387.1:77246572-77246579promoter 内 1824-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 77248749-77252889(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54617732-54617739promoter 内 1823-1830 bp - 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54613186-54615561(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G001708 Chr07 NC_080393.1:14479627-14479634promoter 内 1823-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14481805-14482596(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr05G003367 Chr05 NC_080391.1:44498858-44498865promoter 内 1821-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44493274-44496685(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44559125-44559132promoter 内 1820-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44555391-44556951(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G002119 Chr01 NC_080387.1:37205628-37205635promoter 内 1815-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37207814-37209239(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9765705-9765712promoter 内 1811-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9762111-9763522(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G003259 Chr03 NC_080389.1:50491183-50491190promoter 内 1808-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50493376-50494987(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G001757 Chr01 NC_080387.1:32290925-32290932promoter 内 1806-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32285853-32288737(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G003398 Chr01 NC_080387.1:52690942-52690949promoter 内 1804-1811 bp + 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52693139-52695815(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G005362 Chr02 NC_080388.1:74330881-74330888promoter 内 1804-1811 bp + 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74333078-74341607(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G000315 Chr02 NC_080388.1:3971384-3971391promoter 内 1802-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3973583-3976334(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74906243-74906250promoter 内 1801-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74908443-74909244(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G004600 Chr02 NC_080388.1:68518856-68518863promoter 内 1798-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68521059-68526346(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G004568 Chr01 NC_080387.1:63740557-63740564promoter 内 1796-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 63735680-63738359(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G004627 Chr03 NC_080389.1:63931722-63931729promoter 内 1796-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 63926182-63929524(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G003589 Chr08 NC_080394.1:38693530-38693537promoter 内 1796-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38691226-38691332(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G001185 Chr05 NC_080391.1:9945691-9945698promoter 内 1795-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9947897-9953939(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
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