转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 28 / 128 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002225 Chr01 NC_080387.1:38729536-38729544promoter 内 189-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 38724949-38725732(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAT
SmilChr01G003949 Chr01 NC_080387.1:57870912-57870920promoter 内 177-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 57874736-57878256(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAT
SmilChr01G002208 Chr01 NC_080387.1:38422589-38422597promoter 内 135-143 bp + 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 38418011-38418731(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAT
SmilChr02G004636 Chr02 NC_080388.1:68817665-68817673promoter 内 106-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 68821560-68828980(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTG
SmilChr02G005025 Chr02 NC_080388.1:71997552-71997560promoter 内 94-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 72001459-72001530(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAT
SmilChr01G002530 Chr01 NC_080387.1:43322726-43322734promoter 内 70-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 43317510-43318803(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAT
SmilChr03G000222 Chr03 NC_080389.1:2592874-2592882promoter 内 41-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 2596834-2607793(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTG
SmilChr01G004658 Chr01 NC_080387.1:64671616-64671624promoter 内 40-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 64666724-64667663(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTG
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7742227-7742235promoter 内 1182-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 7745046-7753213(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr03G000129 Chr03 NC_080389.1:1417773-1417781promoter 内 3556-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 1415089-1417336(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73554956-73554964promoter 内 1595-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 73557362-73558285(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G004749 Chr01 NC_080387.1:65658459-65658467promoter 内 1073-1081 bp + 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 65661387-65669695(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G006110 Chr01 NC_080387.1:76635995-76636003promoter 内 239-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 76639757-76649941(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr03G000130 Chr03 NC_080389.1:1419729-1419737promoter 内 3534-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 1418005-1419270(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr02G004321 Chr02 NC_080388.1:65516575-65516583promoter 内 3241-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 65517335-65523412(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387403-22387411promoter 内 3126-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 22386464-22386536(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G001639 Chr02 NC_080388.1:30411475-30411483promoter 内 2014-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 30413462-30415790(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G000632 Chr01 NC_080387.1:14211311-14211319promoter 内 1901-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 14206604-14209219(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr03G000035 Chr03 NC_080389.1:442872-442880promoter 内 80-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 438117-438959(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72895995-72896003promoter 内 3902-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 72893237-72895904(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr03G000133 Chr03 NC_080389.1:1457977-1457985promoter 内 3660-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 1456332-1457644(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr03G000261 Chr03 NC_080389.1:3049341-3049349promoter 内 3572-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 3046579-3048920(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G000419 Chr02 NC_080388.1:5322174-5322182promoter 内 3314-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 5319783-5321495(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G003777 Chr01 NC_080387.1:56165010-56165018promoter 内 2873-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 56166138-56173198(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G005313 Chr02 NC_080388.1:74019873-74019881promoter 内 2165-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 74015848-74018045(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G000114 Chr01 NC_080387.1:1962702-1962710promoter 内 1627-1635 bp - 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 1965076-1968156(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G000767 Chr01 NC_080387.1:16805163-16805171promoter 内 1542-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 16798869-16802712(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57528424-57528432promoter 内 1482-1490 bp - 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 57530943-57535126(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G006106 Chr01 NC_080387.1:76604823-76604831promoter 内 1473-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 76607351-76608246(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr03G000172 Chr03 NC_080389.1:1890044-1890052promoter 内 923-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 1883212-1886974(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61052954-61052962promoter 内 763-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 61056192-61058680(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G003835 Chr01 NC_080387.1:56701335-56701343promoter 内 685-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 56704651-56706481(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3240939-3240947promoter 内 91-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 3207949-3237037(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr03G000094 Chr03 NC_080389.1:1056913-1056921promoter 内 37-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 1041581-1052957(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G006109 Chr01 NC_080387.1:76635995-76636003promoter 内 3944-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 76636052-76638251(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39139897-39139905promoter 内 3940-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 39136070-39139844(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G001767 Chr01 NC_080387.1:32507956-32507964promoter 内 3939-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 32508018-32513077(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G001812 Chr01 NC_080387.1:33044930-33044938promoter 内 3939-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33044992-33053763(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G004238 Chr02 NC_080388.1:64560630-64560638promoter 内 3829-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 64558095-64560466(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G006094 Chr01 NC_080387.1:76417422-76417430promoter 内 3804-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 76417619-76419277(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G002897 Chr01 NC_080387.1:47662630-47662638promoter 内 3800-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 47662831-47664594(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7155001-7155009promoter 内 3773-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 7153767-7154781(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G006162 Chr01 NC_080387.1:77039926-77039934promoter 内 3686-3694 bp - 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 77038321-77039619(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
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SmilChr01G004726 Chr01 NC_080387.1:65439847-65439855promoter 内 3576-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 65438511-65439430(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr02G004491 Chr02 NC_080388.1:67408306-67408314promoter 内 3478-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 67405402-67407791(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGC
SmilChr01G001893 Chr01 NC_080387.1:34049769-34049777promoter 内 3435-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 34050335-34051200(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G006090 Chr01 NC_080387.1:76390802-76390810promoter 内 3374-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 76391429-76392488(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr01G006113 Chr01 NC_080387.1:76669519-76669527promoter 内 3357-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 76670163-76671056(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG
SmilChr03G000147 Chr03 NC_080389.1:1616045-1616053promoter 内 3318-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 1614522-1615370(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GCTAGGTTG