转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 29 / 148 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003816 Chr03 NC_080389.1:57193936-57193949promoter 内 2951-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 57181844-57192899(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCTTCAT
SmilChr06G000837 Chr06 NC_080392.1:7882203-7882216promoter 内 2921-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 7883283-7885072(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCACA
SmilChr04G000873 Chr04 NC_080390.1:11039323-11039336promoter 内 2491-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 11040833-11041393(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCACCCCACGTGG
SmilChr05G003708 Chr05 NC_080391.1:50159186-50159199promoter 内 2381-2394 bp - 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 50160806-50163700(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCAGCA
SmilChr08G001058 Chr08 NC_080394.1:8140167-8140180promoter 内 2335-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 8137623-8138514(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCACCA
SmilChr08G001022 Chr08 NC_080394.1:7758120-7758133promoter 内 2324-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 7755571-7756456(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCACCA
SmilChr04G002297 Chr04 NC_080390.1:37229924-37229937promoter 内 2239-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 37224694-37228175(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGGGACACGTGG
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385220-9385233promoter 内 1880-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 9387341-9389181(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTGTC
SmilChr04G000458 Chr04 NC_080390.1:4885193-4885206promoter 内 1851-1864 bp + 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4882637-4883056(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCACA
SmilChr07G003660 Chr07 NC_080393.1:43699035-43699048promoter 内 1750-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 43701286-43705416(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTGTGCCACGTGG
SmilChr04G004003 Chr04 NC_080390.1:55370553-55370566promoter 内 1484-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 55373070-55378103(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCTTT
SmilChr07G004594 Chr07 NC_080393.1:58729680-58729693promoter 内 1328-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 58732353-58735726(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTGTT
SmilChr04G001988 Chr04 NC_080390.1:32181796-32181809promoter 内 1276-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 32177864-32179084(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr02G002457 Chr02 NC_080388.1:42862649-42862662promoter 内 956-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 42865694-42866620(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr03G003635 Chr03 NC_080389.1:55036338-55036351promoter 内 746-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 55031788-55033096(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGGCACACGTGG
SmilChr04G001075 Chr04 NC_080390.1:15431287-15431300promoter 内 672-685 bp - 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 15426527-15427971(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATGACACGTGG
SmilChr01G000254 Chr01 NC_080387.1:4816614-4816627promoter 内 665-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4819950-4827593(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTGTGCCACGTGG
SmilChr03G001305 Chr03 NC_080389.1:15284820-15284833promoter 内 521-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 15280207-15281353(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCAGCA
SmilChr01G001188 Chr01 NC_080387.1:24034929-24034942promoter 内 456-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 24038474-24039574(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr02G002456 Chr02 NC_080388.1:42862649-42862662promoter 内 290-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 42851946-42858951(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCAGCA
SmilChr05G001656 Chr05 NC_080391.1:15652457-15652470promoter 内 121-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 15656337-15656442(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26306080-26306093promoter 内 117-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 26301584-26302209(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCACA
SmilChr06G002126 Chr06 NC_080392.1:28590769-28590782promoter 内 105-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 28574604-28586886(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTGGCCACGTGG
SmilChr05G001577 Chr05 NC_080391.1:14440858-14440871promoter 内 3957-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14440902-14444376(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAGAGTCACGTGC
SmilChr04G003352 Chr04 NC_080390.1:50127965-50127978promoter 内 3940-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50128026-50131833(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr04G003689 Chr04 NC_080390.1:53293774-53293787promoter 内 3931-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 53288763-53293717(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGGTTACACGTGG
SmilChr05G003213 Chr05 NC_080391.1:41213399-41213412promoter 内 3929-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41202362-41213340(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCTTCAT
SmilChr08G000313 Chr08 NC_080394.1:2197182-2197195promoter 内 3918-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2195547-2197112(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCAGCCT
SmilChr04G004084 Chr04 NC_080390.1:55885830-55885843promoter 内 3879-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55880427-55885721(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCTTTT
SmilChr05G002039 Chr05 NC_080391.1:21221580-21221593promoter 内 3604-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21221977-21230654(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGAT
SmilChr03G002979 Chr03 NC_080389.1:46626400-46626413promoter 内 3395-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46624053-46625807(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCGGGTCACGTGA
SmilChr02G000468 Chr02 NC_080388.1:6322213-6322226promoter 内 3264-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6320184-6321489(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACCTCTT
SmilChr08G000788 Chr08 NC_080394.1:5809884-5809897promoter 内 2797-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5811088-5815369(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGTGTCACGTGC
SmilChr02G003010 Chr02 NC_080388.1:50730327-50730340promoter 内 2774-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50724003-50729113(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGATGTCACGTGG
SmilChr03G002999 Chr03 NC_080389.1:46813003-46813016promoter 内 2672-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46806557-46811687(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACACCCA
SmilChr02G003177 Chr02 NC_080388.1:52919198-52919211promoter 内 2398-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52920801-52925928(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGATGTCACGTGG
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