转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 29 / 136 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002530 Chr06 NC_080392.1:36308873-36308880promoter 内 547-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36302354-36305426(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr08G002999 Chr08 NC_080394.1:30081942-30081949promoter 内 547-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30085396-30086776(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G000114 Chr06 NC_080392.1:807466-807473promoter 内 544-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 803936-804016(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24510533-24510540promoter 内 543-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 24490718-24507082(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72177056-72177063promoter 内 543-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72171487-72173605(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G006156 Chr01 NC_080387.1:76987315-76987322promoter 内 535-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76980704-76983856(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G000436 Chr01 NC_080387.1:8758388-8758395promoter 内 534-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8753789-8754928(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G000435 Chr01 NC_080387.1:8726622-8726629promoter 内 532-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8722021-8723160(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr03G000295 Chr03 NC_080389.1:3395232-3395239promoter 内 528-535 bp + 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3388576-3391766(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G001733 Chr02 NC_080388.1:31859522-31859529promoter 内 522-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31863001-31863504(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr04G004158 Chr04 NC_080390.1:56268093-56268100promoter 内 522-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56271572-56274371(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71963001-71963008promoter 内 512-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71966490-71968279(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr04G003272 Chr04 NC_080390.1:49414383-49414390promoter 内 512-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49408743-49410901(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2920683-2920690promoter 内 509-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2924175-2925187(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G001589 Chr08 NC_080394.1:13139616-13139623promoter 内 506-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13131642-13136128(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76030468-76030475promoter 内 495-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76033974-76039301(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46144957-46144964promoter 内 495-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46148463-46150262(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G000275 Chr01 NC_080387.1:5458165-5458172promoter 内 492-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5461674-5465796(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G000604 Chr01 NC_080387.1:13155202-13155209promoter 内 491-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13148705-13151699(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G000965 Chr06 NC_080392.1:9364382-9364389promoter 内 489-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9359412-9360877(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr06G002200 Chr06 NC_080392.1:30547285-30547292promoter 内 487-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30542756-30543778(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr07G002293 Chr07 NC_080393.1:21203775-21203782promoter 内 483-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21207293-21210179(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr01G001012 Chr01 NC_080387.1:21295025-21295032promoter 内 480-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21288277-21291511(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G001601 Chr08 NC_080394.1:13259819-13259826promoter 内 470-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13251846-13256295(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr08G000011 Chr08 NC_080394.1:110270-110277promoter 内 466-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 104417-106742(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr04G004120 Chr04 NC_080390.1:56078547-56078554promoter 内 458-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56072747-56075011(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr02G000861 Chr02 NC_080388.1:14781870-14781877promoter 内 456-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14785415-14786777(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr03G004004 Chr03 NC_080389.1:59057840-59057847promoter 内 441-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59061400-59067931(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr07G004078 Chr07 NC_080393.1:52224641-52224648promoter 内 440-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52228202-52230806(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr08G003431 Chr08 NC_080394.1:36586399-36586406promoter 内 437-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36589963-36591637(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr03G001958 Chr03 NC_080389.1:27996792-27996799promoter 内 436-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 27992014-27993234(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr03G003869 Chr03 NC_080389.1:57804175-57804182promoter 内 435-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57798026-57800616(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr07G001683 Chr07 NC_080393.1:14264690-14264697promoter 内 434-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14268257-14272614(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr01G003288 Chr01 NC_080387.1:51567723-51567730promoter 内 431-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51558949-51564160(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGA
SmilChr07G002738 Chr07 NC_080393.1:26886417-26886424promoter 内 420-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26889998-26893429(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
SmilChr05G003020 Chr05 NC_080391.1:37599745-37599752promoter 内 418-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37595765-37596169(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGG
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