转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 3 / 149 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005482 Chr01 NC_080387.1:71787551-71787560promoter 内 3790-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71787762-71790309(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr02G002569 Chr02 NC_080388.1:44700321-44700330promoter 内 3751-3760 bp - 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 44692150-44700080(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr04G003413 Chr04 NC_080390.1:50763467-50763476promoter 内 3717-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50755390-50763192(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr04G003415 Chr04 NC_080390.1:50763467-50763476promoter 内 3677-3686 bp + 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50763791-50764399(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr03G001065 Chr03 NC_080389.1:12368400-12368409promoter 内 3634-3643 bp + 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12365522-12368042(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr03G002692 Chr03 NC_080389.1:42870072-42870081promoter 内 3614-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42868532-42869694(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G002627 Chr05 NC_080391.1:29612446-29612455promoter 内 3606-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29609427-29612060(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr03G002691 Chr03 NC_080389.1:42811147-42811156promoter 内 3603-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42803618-42810758(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr01G005112 Chr01 NC_080387.1:68900690-68900699promoter 内 3452-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68899026-68900150(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr03G000641 Chr03 NC_080389.1:7048415-7048424promoter 内 3401-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7049015-7051076(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:50999131-50999140promoter 内 3390-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50997014-50998529(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46352519-46352528promoter 内 3315-3324 bp + 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46347565-46351842(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr03G003682 Chr03 NC_080389.1:55662644-55662653promoter 内 3240-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55655627-55661892(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G000562 Chr05 NC_080391.1:4219093-4219102promoter 内 3235-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4217629-4218336(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr01G005449 Chr01 NC_080387.1:71558320-71558329promoter 内 3223-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71559098-71562935(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr04G002395 Chr04 NC_080390.1:38470891-38470900promoter 内 3188-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38471704-38473067(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr03G001136 Chr03 NC_080389.1:13090711-13090720promoter 内 3180-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13087507-13089899(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr06G000224 Chr06 NC_080392.1:2051198-2051207promoter 内 3042-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1499006-2050248(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr02G002777 Chr02 NC_080388.1:47833411-47833420promoter 内 3026-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47834386-47836088(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr04G002513 Chr04 NC_080390.1:40126212-40126221promoter 内 3025-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40127188-40128867(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr04G003347 Chr04 NC_080390.1:50107550-50107559promoter 内 3019-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50108532-50109456(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr06G000165 Chr06 NC_080392.1:1149139-1149148promoter 内 3001-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1146771-1148148(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr02G002772 Chr02 NC_080388.1:47790809-47790818promoter 内 2994-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47788873-47789811(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G002943 Chr05 NC_080391.1:35488657-35488666promoter 内 2987-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 35489671-35491777(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G003947 Chr05 NC_080391.1:53233955-53233964promoter 内 2986-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53230943-53232949(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr01G003766 Chr01 NC_080387.1:56038661-56038670promoter 内 2931-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56035765-56037600(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr01G000285 Chr01 NC_080387.1:5625605-5625614promoter 内 2923-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5586929-5624536(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr03G001435 Chr03 NC_080389.1:17032969-17032978promoter 内 2888-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17027282-17031865(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G002598 Chr05 NC_080391.1:29192278-29192287promoter 内 2819-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29193460-29196957(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46982529-46982538promoter 内 2726-2735 bp + 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr05G003695 Chr05 NC_080391.1:50065093-50065102promoter 内 2717-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50061296-50063818(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17295813-17295822promoter 内 2684-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17293506-17294505(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr05G002674 Chr05 NC_080391.1:30218970-30218979promoter 内 2684-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 30216484-30217662(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr06G001480 Chr06 NC_080392.1:15787634-15787643promoter 内 2621-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15784613-15786263(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
SmilChr01G005481 Chr01 NC_080387.1:71787551-71787560promoter 内 2600-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71780374-71786159(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGCCGACCAC
SmilChr03G002106 Chr03 NC_080389.1:32771823-32771832promoter 内 2534-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 32773290-32774958(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCG
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