转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 3 / 134 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002890 Chr05 NC_080391.1:34671429-34671443promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 34672089-34681025(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGGCGC
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37196578-37196592promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37197532-37199867(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATGC
SmilChr04G003429 Chr04 NC_080390.1:50878382-50878396promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 50875319-50877049(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCCGCCGACATGA
SmilChr06G000541 Chr06 NC_080392.1:4516874-4516888promoter 内 2502-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4510855-4515389(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATGC
SmilChr03G003676 Chr03 NC_080389.1:55608014-55608028promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55602331-55606494(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCCGCCGACATGC
SmilChr03G002356 Chr03 NC_080389.1:37196578-37196592promoter 内 2041-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37181113-37194632(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTGG
SmilChr02G002106 Chr02 NC_080388.1:37757430-37757444promoter 内 1448-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37759983-37770656(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTGG
SmilChr08G000110 Chr08 NC_080394.1:696964-696978promoter 内 1402-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 690721-694379(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCCGCCGACATGA
SmilChr03G003677 Chr03 NC_080389.1:55608014-55608028promoter 内 56-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 55611959-55615915(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGCGA
SmilChr05G003714 Chr05 NC_080391.1:50256805-50256819promoter 内 3015-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 50257791-50263352(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16831084-16831098promoter 内 2495-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 16832590-16834140(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGGCGCCGACATCC
SmilChr01G001202 Chr01 NC_080387.1:24221628-24221642promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 24217353-24219786(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGTGG
SmilChr05G002208 Chr05 NC_080391.1:23536878-23536892promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 23539675-23540631(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGTGG
SmilChr01G001617 Chr01 NC_080387.1:30288093-30288107promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 30283607-30286909(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGGCGCCGACATCC
SmilChr05G000570 Chr05 NC_080391.1:4277538-4277552promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 4278904-4284600(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G002502 Chr03 NC_080389.1:39863627-39863641promoter 内 3907-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 39863721-39864215(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATCT
SmilChr06G002812 Chr06 NC_080392.1:40822096-40822110promoter 内 3101-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 40819244-40821210(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATCT
SmilChr08G000007 Chr08 NC_080394.1:96195-96209promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 93019-95292(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCTCGCCGACATCC
SmilChr04G000862 Chr04 NC_080390.1:10922454-10922468promoter 内 3069-3083 bp - 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 10923386-10925692(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGTGG
SmilChr08G000009 Chr08 NC_080394.1:96195-96209promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 97486-100787(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGAGGC
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72894247-72894261promoter 内 2577-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 72892765-72892837(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGTGGCGA
SmilChr04G001573 Chr04 NC_080390.1:26129930-26129944promoter 内 1127-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 26099315-26127070(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGGCGCCGACATCC
SmilChr01G004287 Chr01 NC_080387.1:61079740-61079754promoter 内 567-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 61083174-61085986(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATCT
SmilChr01G005779 Chr01 NC_080387.1:73900326-73900340promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 73903939-73906440(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGATCG
SmilChr01G005651 Chr01 NC_080387.1:72894247-72894261promoter 内 55-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 72889589-72890315(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGTGGCGA
SmilChr08G001787 Chr08 NC_080394.1:15063891-15063905promoter 内 2562-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 15059742-15062466(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACATCT
SmilChr08G001788 Chr08 NC_080394.1:15063891-15063905promoter 内 705-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 15067187-15070674(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAGCGG
SmilChr06G001294 Chr06 NC_080392.1:13485731-13485745promoter 内 555-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 13481016-13482299(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGGAT
SmilChr08G001102 Chr08 NC_080394.1:8513313-8513327promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 8514223-8518250(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTCGCCGACATTG
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62789088-62789102promoter 内 2529-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGAGGT
SmilChr05G000399 Chr05 NC_080391.1:2996706-2996720promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2999280-3007173(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCGCGCCGACATCA
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50823945-50823959promoter 内 1125-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 50826821-50828044(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGCCGC
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351381-21351395promoter 内 3126-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 21345982-21350520(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGGGA
SmilChr08G004682 Chr08 NC_080394.1:56314510-56314524promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 56315532-56317087(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGACCT
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339625-22339639promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGGGGA
SmilChr08G004582 Chr08 NC_080394.1:55403670-55403684promoter 内 1707-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 55405964-55408418(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGACCT
SmilChr08G004683 Chr08 NC_080394.1:56314510-56314524promoter 内 1482-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 56317029-56320889(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGACCT
SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16811567-16811581promoter 内 1298-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCTCACCGACATCG
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SmilChr02G005158 Chr02 NC_080388.1:72933023-72933037promoter 内 1423-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 72935601-72936998(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATAA
SmilChr08G001675 Chr08 NC_080394.1:13995913-13995927promoter 内 2196-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 13992994-13994122(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTTGCCGACATGG
SmilChr02G005157 Chr02 NC_080388.1:72933023-72933037promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72924622-72929389(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCGGTGG
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SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40100597-40100611promoter 内 2104-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40097042-40098714(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGATGG
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SmilChr06G002240 Chr06 NC_080392.1:31720415-31720429promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31719294-31720307(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCCGCCGACATCT