转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 30 / 158 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003457 Chr01 NC_080387.1:53144727-53144734promoter 内 925-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53138650-53141658(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr05G000690 Chr05 NC_080391.1:5221197-5221204promoter 内 923-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5224275-5227206(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G001685 Chr06 NC_080392.1:19141041-19141048promoter 内 921-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 19144121-19149118(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G004429 Chr02 NC_080388.1:66648349-66648356promoter 内 920-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66640131-66645275(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68823185-68823192promoter 内 914-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68818426-68820105(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G001753 Chr04 NC_080390.1:28842498-28842505promoter 内 909-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28845590-28848768(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr06G000247 Chr06 NC_080392.1:1650039-1650046promoter 内 901-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1645693-1646946(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G001906 Chr03 NC_080389.1:26650820-26650827promoter 内 898-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26653923-26662440(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G000857 Chr07 NC_080393.1:6100637-6100644promoter 内 896-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 6103742-6108402(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40754083-40754090promoter 内 891-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40757193-40758131(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G005090 Chr02 NC_080388.1:72490298-72490305promoter 内 891-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72493408-72500890(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G000308 Chr03 NC_080389.1:3523471-3523478promoter 内 886-893 bp - 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3517678-3520363(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G001829 Chr01 NC_080387.1:33234404-33234411promoter 内 879-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33227865-33231289(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G005323 Chr02 NC_080388.1:74116164-74116171promoter 内 870-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74110219-74113040(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G000323 Chr07 NC_080393.1:2166523-2166530promoter 内 869-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2169655-2173576(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr06G001245 Chr06 NC_080392.1:12872833-12872840promoter 内 868-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12866229-12869707(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G002907 Chr04 NC_080390.1:45333254-45333261promoter 内 867-874 bp - 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45326192-45330127(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr03G002428 Chr03 NC_080389.1:38568187-38568194promoter 内 866-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 38571322-38574246(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr04G000316 Chr04 NC_080390.1:2900061-2900068promoter 内 866-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2903196-2906187(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr04G002925 Chr04 NC_080390.1:45522830-45522837promoter 内 863-870 bp - 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 45518617-45519699(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G001821 Chr07 NC_080393.1:15708243-15708250promoter 内 858-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15711386-15713948(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61123973-61123980promoter 内 854-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71837069-71837076promoter 内 845-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G002274 Chr02 NC_080388.1:40208362-40208369promoter 内 843-850 bp - 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40198518-40205211(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G003165 Chr02 NC_080388.1:52687358-52687365promoter 内 843-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52681247-52684207(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr05G003725 Chr05 NC_080391.1:50344815-50344822promoter 内 841-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50347975-50352669(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr07G001508 Chr07 NC_080393.1:12022122-12022129promoter 内 841-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12025282-12028518(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G000280 Chr01 NC_080387.1:5523418-5523425promoter 内 840-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5517309-5520264(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46930408-46930415promoter 内 826-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G000098 Chr02 NC_080388.1:1276865-1276872promoter 内 818-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1271452-1273689(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr07G001649 Chr07 NC_080393.1:13947298-13947305promoter 内 818-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 13950481-13950985(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACG
SmilChr02G001851 Chr02 NC_080388.1:33734737-33734744promoter 内 808-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33737930-33738989(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G002043 Chr01 NC_080387.1:36128736-36128743promoter 内 805-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 36131932-36134712(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr03G002387 Chr03 NC_080389.1:37790525-37790532promoter 内 803-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37784571-37787334(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4467008-4467015promoter 内 802-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4470207-4470950(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
SmilChr01G000713 Chr01 NC_080387.1:16005274-16005281promoter 内 799-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15999615-16002079(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACT
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