转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 31 / 167 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002521 Chr03 NC_080389.1:40185311-40185322promoter 内 729-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40188583-40191944(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTTA
SmilChr08G001793 Chr08 NC_080394.1:15111680-15111691promoter 内 611-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15115070-15118265(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGCGT
SmilChr06G001780 Chr06 NC_080392.1:20821469-20821480promoter 内 437-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 20825033-20829097(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTGCACGCCAAC
SmilChr05G000128 Chr05 NC_080391.1:1021755-1021766promoter 内 421-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1025335-1066327(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCCT
SmilChr05G002802 Chr05 NC_080391.1:32778176-32778187promoter 内 375-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32781802-32785703(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGCGT
SmilChr07G002447 Chr07 NC_080393.1:23008570-23008581promoter 内 334-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23012237-23013514(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGCAC
SmilChr06G002369 Chr06 NC_080392.1:34511234-34511245promoter 内 177-188 bp + 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34515058-34520673(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCAAG
SmilChr04G000907 Chr04 NC_080390.1:11804861-11804872promoter 内 61-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 11800549-11800932(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCAG
SmilChr01G002706 Chr01 NC_080387.1:45346807-45346818promoter 内 50-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45324190-45342867(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGTTT
SmilChr05G001315 Chr05 NC_080391.1:11320120-11320131promoter 内 3263-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 11320858-11323001(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTCT
SmilChr08G001933 Chr08 NC_080394.1:16948288-16948299promoter 内 3193-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 16946093-16947491(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGT
SmilChr01G003038 Chr01 NC_080387.1:49375102-49375113promoter 内 2653-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 49376450-49380940(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCAAG
SmilChr01G006151 Chr01 NC_080387.1:76970535-76970546promoter 内 3963-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 76964924-76970508(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCAAC
SmilChr01G005389 Chr01 NC_080387.1:71179449-71179460promoter 内 3925-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71179525-71182556(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCACACGCCAAT
SmilChr04G003143 Chr04 NC_080390.1:48008638-48008649promoter 内 3841-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 48008798-48014797(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCAAT
SmilChr07G000137 Chr07 NC_080393.1:817073-817084promoter 内 3494-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 814347-816577(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGT
SmilChr07G000142 Chr07 NC_080393.1:849571-849582promoter 内 3397-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 846855-848978(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGT
SmilChr04G001106 Chr04 NC_080390.1:15841176-15841187promoter 内 3372-3383 bp + 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 15838118-15840558(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTGG
SmilChr06G001506 Chr06 NC_080392.1:16093542-16093553promoter 内 3329-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 16090638-16092881(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCTA
SmilChr04G001056 Chr04 NC_080390.1:15078907-15078918promoter 内 3319-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 15079589-15090553(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTGG
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9218446-9218457promoter 内 3225-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 9216415-9217681(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCA
SmilChr01G000967 Chr01 NC_080387.1:20513479-20513490promoter 内 2744-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 20514736-20517654(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCAAC
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65629363-65629374promoter 内 2467-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 65626950-65627840(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCAAT
SmilChr02G000622 Chr02 NC_080388.1:9218446-9218457promoter 内 2297-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 9212839-9216753(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCA
SmilChr03G002241 Chr03 NC_080389.1:35331545-35331556promoter 内 2279-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 35333267-35335667(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTCT
SmilChr03G002583 Chr03 NC_080389.1:41090826-41090837promoter 内 2013-2024 bp - 1977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 41092814-41094075(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGCTA
SmilChr03G001924 Chr03 NC_080389.1:27004659-27004670promoter 内 1804-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 27001881-27002473(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAGCACGCCAAA
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61274430-61274441promoter 内 1749-1760 bp - 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61266207-61272189(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCAAC
SmilChr08G000088 Chr08 NC_080394.1:508575-508586promoter 内 993-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 511583-557893(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCTG
SmilChr08G000944 Chr08 NC_080394.1:7031771-7031782promoter 内 450-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 7027430-7028231(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCTG
SmilChr08G003686 Chr08 NC_080394.1:41137343-41137354promoter 内 211-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 41141133-41147193(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACACGCCAAC
SmilChr01G003408 Chr01 NC_080387.1:52745205-52745216promoter 内 133-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 52749073-52750858(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TCGCACGCCAAA
SmilChr05G001678 Chr05 NC_080391.1:15897264-15897275promoter 内 3988-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 15888944-15897262(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCAAG
SmilChr05G004151 Chr05 NC_080391.1:55442754-55442765promoter 内 3984-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55442771-55444143(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTGC
SmilChr06G002892 Chr06 NC_080392.1:41763653-41763664promoter 内 3895-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 41763759-41771343(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCTC
SmilChr07G000133 Chr07 NC_080393.1:788052-788063promoter 内 3753-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 788300-789816(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGT
SmilChr02G005563 Chr02 NC_080388.1:75555854-75555865promoter 内 3713-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75556142-75559613(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTACACGCCAAC
SmilChr02G005190 Chr02 NC_080388.1:73189297-73189308promoter 内 3667-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73189631-73193461(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCCA
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SmilChr07G000143 Chr07 NC_080393.1:860205-860216promoter 内 3478-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 858309-859693(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGTGT
SmilChr07G001108 Chr07 NC_080393.1:8181923-8181934promoter 内 3441-3452 bp + 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8179331-8181374(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGGCGTGTGC
SmilChr03G003345 Chr03 NC_080389.1:51777562-51777573promoter 内 3342-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 51778221-51781009(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTTGGCGTGCGA
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SmilChr07G000132 Chr07 NC_080393.1:788052-788063promoter 内 3120-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 785758-787182(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCAAC
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