转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 32 / 137 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28554152-28554166promoter 内 245-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGAACACGTGGCA
SmilChr05G003650 Chr05 NC_080391.1:49109312-49109326promoter 内 241-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49113072-49117468(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCCGA
SmilChr08G001418 Chr08 NC_080394.1:11355490-11355504promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11350169-11351704(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTTCTTT
SmilChr05G000667 Chr05 NC_080391.1:5102974-5102988promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5065116-5099080(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTTCACACGTGGCA
SmilChr08G004883 Chr08 NC_080394.1:57911118-57911132promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 57911527-57913336(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTGCCACGTGGCG
SmilChr07G003628 Chr07 NC_080393.1:42811567-42811581promoter 内 3826-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 42811742-42813898(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTATCACGTGGCA
SmilChr05G001208 Chr05 NC_080391.1:10170639-10170653promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 10166825-10169616(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGGACACGTGGCG
SmilChr08G000015 Chr08 NC_080394.1:128125-128139promoter 内 2607-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 122404-126745(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGGCGACGTGGAA
SmilChr06G000186 Chr06 NC_080392.1:1281317-1281331promoter 内 2312-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 1283006-1290762(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGTCTCG
SmilChr03G002279 Chr03 NC_080389.1:35980273-35980287promoter 内 1666-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 35982608-35985743(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAGGCAGACGTGGCT
SmilChr05G001209 Chr05 NC_080391.1:10170639-10170653promoter 内 1588-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 10173052-10178624(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCTCA
SmilChr08G000059 Chr08 NC_080394.1:345344-345358promoter 内 1573-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 347772-350009(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCACGT
SmilChr08G000057 Chr08 NC_080394.1:345344-345358promoter 内 1495-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 340434-342852(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGTGCCACGTGGCA
SmilChr08G003993 Chr08 NC_080394.1:48159830-48159844promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 48162568-48163938(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCGAT
SmilChr01G002798 Chr01 NC_080387.1:46463028-46463042promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 46463070-46469602(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAAGCACT
SmilChr04G002097 Chr04 NC_080390.1:33807736-33807750promoter 内 3901-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33807836-33814671(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCGGCACACGTGGCA
SmilChr03G002330 Chr03 NC_080389.1:36662045-36662059promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36662168-36662685(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CATGTCCACGTGGCA
SmilChr02G001461 Chr02 NC_080388.1:27316849-27316863promoter 内 3828-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27317022-27319718(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTAAGCAGC
SmilChr08G000016 Chr08 NC_080394.1:128125-128139promoter 内 3706-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 128420-131539(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGCCTAT
SmilChr05G000360 Chr05 NC_080391.1:2688829-2688843promoter 内 3689-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2686892-2688531(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTCATCA
SmilChr01G003498 Chr01 NC_080387.1:53583915-53583929promoter 内 3280-3294 bp - 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53580587-53583208(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGGGAACT
SmilChr01G003497 Chr01 NC_080387.1:53573719-53573733promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53570372-53573011(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGGGAACT
SmilChr07G002764 Chr07 NC_080393.1:27495789-27495803promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27496584-27500550(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTGTCGACGTGGCG
SmilChr07G000627 Chr07 NC_080393.1:4234745-4234759promoter 内 3197-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 4232362-4233955(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGCGCT
SmilChr06G000185 Chr06 NC_080392.1:1281317-1281331promoter 内 3189-3203 bp + 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1275065-1280519(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGAGACGACGTGGCC
SmilChr02G001264 Chr02 NC_080388.1:23172635-23172649promoter 内 3152-3166 bp - 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23173484-23176757(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTAGCGACGTGGCG
SmilChr01G004324 Chr01 NC_080387.1:61401603-61401617promoter 内 3019-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61402585-61404376(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTTCCGACGTGGCC
SmilChr08G001933 Chr08 NC_080394.1:16948535-16948549promoter 内 2943-2957 bp + 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 16946093-16947491(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGGCGACGTGGAA
SmilChr08G003477 Chr08 NC_080394.1:37385189-37385203promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37386257-37389568(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGCCTAA
SmilChr08G004531 Chr08 NC_080394.1:54874785-54874799promoter 内 2804-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54875982-54878235(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGCTACC
SmilChr05G004006 Chr05 NC_080391.1:53992461-53992475promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53993663-53995277(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCTGCAAT
SmilChr07G003335 Chr07 NC_080393.1:35731075-35731089promoter 内 2723-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35732353-35733422(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTATCACGTGGCA
SmilChr05G002188 Chr05 NC_080391.1:23377509-23377523promoter 内 2711-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23375027-23376233(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCTCA
SmilChr08G002557 Chr08 NC_080394.1:24871608-24871622promoter 内 2699-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24868593-24870320(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGAGCTGACGTGGAG
SmilChr03G001115 Chr03 NC_080389.1:12863142-12863156promoter 内 2654-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 12860670-12861809(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTATCACGTGGCA
SmilChr07G003465 Chr07 NC_080393.1:38733231-38733245promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 38734632-38736278(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGCCTAA
SmilChr01G001687 Chr01 NC_080387.1:31097981-31097995promoter 内 2587-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31095581-31096581(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTATCACGTGGCA
SmilChr01G001688 Chr01 NC_080387.1:31104006-31104020promoter 内 2587-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31101606-31102606(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGTATCACGTGGCA
SmilChr08G003802 Chr08 NC_080394.1:43956933-43956947promoter 内 2530-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43958404-43960823(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGGTCACGTGGCT
SmilChr01G002797 Chr01 NC_080387.1:46463028-46463042promoter 内 2427-2441 bp + 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 46458193-46461468(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTGCTTACGTGGCC
SmilChr07G001959 Chr07 NC_080393.1:17059250-17059264promoter 内 2376-2390 bp + 1611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 17060875-17066439(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGCCTTA
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1945870-1945884promoter 内 2347-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAG
SmilChr04G003774 Chr04 NC_080390.1:53932585-53932599promoter 内 2274-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53934312-53937175(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGCCTAA
SmilChr02G000710 Chr02 NC_080388.1:11458874-11458888promoter 内 2138-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 11455871-11457025(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATACTCACGTGGCG
SmilChr02G004845 Chr02 NC_080388.1:70589425-70589439promoter 内 1714-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 70575749-70587152(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTTCATG
SmilChr05G002917 Chr05 NC_080391.1:35135506-35135520promoter 内 1344-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35131519-35132863(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACTTTA
SmilChr07G003110 Chr07 NC_080393.1:32964215-32964229promoter 内 1322-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 32959175-32961550(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCGAT
SmilChr01G001841 Chr01 NC_080387.1:33347436-33347450promoter 内 1299-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 33350138-33352410(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAGGGCTACGTGGCA
SmilChr03G000074 Chr03 NC_080389.1:911859-911873promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 914631-920110(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGAG
SmilChr06G002941 Chr06 NC_080392.1:42246862-42246876promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 42237095-42243710(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCCTT