转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 32 / 123 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002928 Chr07 NC_080393.1:29645838-29645852promoter 内 2808-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29647031-29649525(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTTCGTCGGTGGC
SmilChr03G001049 Chr03 NC_080389.1:12220465-12220479promoter 内 2773-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12216912-12219251(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGCCGTCGGTGGG
SmilChr05G003707 Chr05 NC_080391.1:50151183-50151197promoter 内 2502-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 50141306-50149698(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACAAGAAT
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8079641-8079655promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8066534-8077772(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGTGCT
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1817279-1817293promoter 内 2067-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1813038-1815359(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGCCGTCGGTGGG
SmilChr06G001806 Chr06 NC_080392.1:21230871-21230885promoter 内 1843-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 21233029-21236015(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAGCACC
SmilChr01G000466 Chr01 NC_080387.1:9571722-9571736promoter 内 1836-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 9566464-9569571(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGATACGTCGGTGGC
SmilChr01G002214 Chr01 NC_080387.1:38479438-38479452promoter 内 1606-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 38481833-38482558(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGAAACT
SmilChr02G004929 Chr02 NC_080388.1:71293335-71293349promoter 内 1093-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 71296243-71300602(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACCCCGCC
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817279-1817293promoter 内 801-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 1820479-1822311(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGCGCG
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47701712-47701726promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 47705019-47707728(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAATCCC
SmilChr08G002626 Chr08 NC_080394.1:25638203-25638217promoter 内 397-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 25633170-25634613(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGATGTCGGTGGG
SmilChr05G000113 Chr05 NC_080391.1:793240-793254promoter 内 322-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 796919-797556(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTGTGTCGGTGAA
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23809781-23809795promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 23813628-23815370(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAAGGCT
SmilChr03G004585 Chr03 NC_080389.1:63700129-63700143promoter 内 3979-3993 bp + 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63700151-63704020(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAAGCGTCGGTGAC
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53453846-53453860promoter 内 3740-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53454107-53456184(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACTACT
SmilChr03G002622 Chr03 NC_080389.1:41609065-41609079promoter 内 3740-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41609326-41610194(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAATGTGTCGGTGAA
SmilChr08G004136 Chr08 NC_080394.1:50358709-50358723promoter 内 3737-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50358973-50360040(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAACAGC
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36645739-36645753promoter 内 3682-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGACGTCGGTGGA
SmilChr05G003034 Chr05 NC_080391.1:38019453-38019467promoter 内 3535-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38019919-38020756(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCCAGC
SmilChr02G003745 Chr02 NC_080388.1:59101931-59101945promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59100565-59101478(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCCAGC
SmilChr04G000370 Chr04 NC_080390.1:3714839-3714853promoter 内 3529-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3715311-3719135(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCGGTGGCGGTGGT
SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44037525-44037539promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 44035273-44036982(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACACGCTC
SmilChr07G003841 Chr07 NC_080393.1:47572897-47572911promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47571268-47572337(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACACTTAT
SmilChr05G000916 Chr05 NC_080391.1:7277505-7277519promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7278138-7278922(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGACGAC
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62412222-62412236promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62412995-62417878(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACGCGGCA
SmilChr04G000369 Chr04 NC_080390.1:3714839-3714853promoter 内 3207-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3710532-3714059(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCGCA
SmilChr05G000112 Chr05 NC_080391.1:793240-793254promoter 内 3094-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 794147-794851(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTGTGTCGGTGAA
SmilChr03G000834 Chr03 NC_080389.1:9565363-9565377promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9563419-9564463(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATAGTGACGGTGGT
SmilChr06G001366 Chr06 NC_080392.1:14268894-14268908promoter 内 3081-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14263395-14267988(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCTTTGTCGGTGAC
SmilChr05G000111 Chr05 NC_080391.1:731556-731570promoter 内 3078-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 732479-733183(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTGTGTCGGTGAA
SmilChr06G001620 Chr06 NC_080392.1:18039594-18039608promoter 内 2997-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18036985-18038604(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGTTCTC
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41609065-41609079promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41602122-41608061(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACACATTT
SmilChr04G001605 Chr04 NC_080390.1:26750182-26750196promoter 内 2934-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 26751249-26752559(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGTTGGCGGTGGT
SmilChr07G002856 Chr07 NC_080393.1:28709969-28709983promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 28706952-28708914(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGGTGA
SmilChr02G003915 Chr02 NC_080388.1:61245169-61245183promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61238750-61244068(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGACTTC
SmilChr06G000460 Chr06 NC_080392.1:3720823-3720837promoter 内 2823-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3722001-3729421(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGCCGTCGGTGGG
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SmilChr02G002169 Chr02 NC_080388.1:38914688-38914702promoter 内 2149-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38911880-38912850(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCCAGC
SmilChr02G000577 Chr02 NC_080388.1:8289643-8289657promoter 内 2070-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 8284708-8287726(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGATACGTCGGTGGC
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