转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 33 / 138 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004951 Chr02 NC_080388.1:71467654-71467664promoter 内 1855-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 71469800-71473160(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCGTACGGAA
SmilChr03G002899 Chr03 NC_080389.1:45707048-45707058promoter 内 1833-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 45703259-45704890(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr03G002898 Chr03 NC_080389.1:45707048-45707058promoter 内 1757-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 45700987-45704814(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr01G004912 Chr01 NC_080387.1:67129914-67129924promoter 内 805-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 67133110-67133968(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69358406-69358416promoter 内 166-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 69362241-69363486(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr03G002398 Chr03 NC_080389.1:37992977-37992987promoter 内 130-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 37985835-37989116(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr02G003726 Chr02 NC_080388.1:58895217-58895227promoter 内 46-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 58886403-58891272(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G002559 Chr02 NC_080388.1:44523886-44523896promoter 内 3975-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 44523912-44525140(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62118811-62118821promoter 内 3875-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 62118937-62120651(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCGTACGGAA
SmilChr01G004769 Chr01 NC_080387.1:65862197-65862207promoter 内 3853-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 65858151-65862059(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACT
SmilChr02G000361 Chr02 NC_080388.1:4651623-4651633promoter 内 3715-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 4647722-4651347(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr01G002703 Chr01 NC_080387.1:45309058-45309068promoter 内 3681-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 45309378-45312842(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr01G001278 Chr01 NC_080387.1:25578118-25578128promoter 内 3665-3675 bp - 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 25577118-25577792(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47058501-47058511promoter 内 3398-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 47056261-47057908(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G004743 Chr02 NC_080388.1:69648691-69648701promoter 内 3292-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 69644540-69647992(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ACCCGTACATT
SmilChr02G000888 Chr02 NC_080388.1:15294038-15294048promoter 内 3291-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 15289653-15293338(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25495917-25495927promoter 内 3264-3274 bp - 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 25496654-25497888(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr01G001734 Chr01 NC_080387.1:31948713-31948723promoter 内 3254-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 31947087-31947976(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G002592 Chr02 NC_080388.1:45061911-45061921promoter 内 3249-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 45062663-45065211(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr01G004266 Chr01 NC_080387.1:60917989-60917999promoter 内 3174-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 60918816-60919703(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGTGTACGGTA
SmilChr03G003413 Chr03 NC_080389.1:52465524-52465534promoter 内 3161-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 52466364-52471628(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G004511 Chr02 NC_080388.1:67640670-67640680promoter 内 3151-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 67638530-67639830(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACT
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74264620-74264630promoter 内 3030-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 74257641-74263659(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCCGTACGGAA
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61710841-61710851promoter 内 3019-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 61704822-61709869(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr02G002521 Chr02 NC_080388.1:43806362-43806372promoter 内 2993-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 43807370-43814211(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGTGTACGGTA
SmilChr02G000570 Chr02 NC_080388.1:8048485-8048495promoter 内 2901-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 8049585-8051478(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr01G004503 Chr01 NC_080387.1:63134876-63134886promoter 内 2865-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 63129544-63133750(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr02G000695 Chr02 NC_080388.1:11047002-11047012promoter 内 2781-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 11048222-11064091(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACT
SmilChr01G001197 Chr01 NC_080387.1:24125759-24125769promoter 内 2601-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 24127159-24128791(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr01G000260 Chr01 NC_080387.1:5025348-5025358promoter 内 2599-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 5022327-5023956(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70896399-70896409promoter 内 2586-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 70892558-70894994(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCCCGTACAAG
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71291477-71291487promoter 内 2567-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 71292911-71295909(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGACGTACAAC
SmilChr03G001731 Chr03 NC_080389.1:23265145-23265155promoter 内 2554-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 23261323-23263708(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr01G001312 Chr01 NC_080387.1:26099054-26099064promoter 内 2519-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 26100536-26102539(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGTGTACGGTA
SmilChr01G002818 Chr01 NC_080387.1:46749732-46749742promoter 内 2456-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 46751277-46755300(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48599723-48599733promoter 内 2324-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 48583252-48598056(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48599723-48599733promoter 内 2318-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 48601406-48607011(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr03G003178 Chr03 NC_080389.1:49238307-49238317promoter 内 2299-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 49240009-49241631(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CACCGTACAGC
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SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59285910-59285920promoter 内 2196-2206 bp + 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 59287715-59289915(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75548437-75548447promoter 内 2195-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75543753-75546641(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGACGTACAAC
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SmilChr01G001809 Chr01 NC_080387.1:33025940-33025950promoter 内 2029-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33023165-33023978(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
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