转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 34 / 128 下载 TSV

上一页 34 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004012 Chr02 NC_080388.1:62441626-62441634promoter 内 812-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 62438104-62438445(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51022662-51022670promoter 内 726-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G000845 Chr01 NC_080387.1:18293925-18293933promoter 内 624-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 18297302-18299187(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G003834 Chr01 NC_080387.1:56672255-56672263promoter 内 617-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56663262-56668879(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G003647 Chr01 NC_080387.1:54946241-54946249promoter 内 599-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 54949643-54949781(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001124 Chr01 NC_080387.1:22846897-22846905promoter 内 553-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 22850345-22851537(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G000228 Chr01 NC_080387.1:4261063-4261071promoter 内 502-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 4264562-4267628(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G005310 Chr01 NC_080387.1:70352425-70352433promoter 内 492-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 70348448-70348924(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G003768 Chr01 NC_080387.1:56051118-56051126promoter 内 443-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56045957-56047568(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001588 Chr01 NC_080387.1:29905819-29905827promoter 内 398-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 29909422-29911316(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr01G001470 Chr01 NC_080387.1:28475523-28475531promoter 内 289-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 28479235-28480794(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G001646 Chr02 NC_080388.1:30545171-30545179promoter 内 226-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 30531452-30541404(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAGA
SmilChr01G000439 Chr01 NC_080387.1:8804785-8804793promoter 内 95-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 8800797-8800887(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G002952 Chr02 NC_080388.1:50068374-50068382promoter 内 50-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 50062262-50064431(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G004099 Chr02 NC_080388.1:63312731-63312739promoter 内 23-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 63302221-63308761(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TCTAGGTTG
SmilChr02G005375 Chr02 NC_080388.1:74425543-74425551promoter 内 1602-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 74427942-74429920(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr01G000937 Chr01 NC_080387.1:19849403-19849411promoter 内 325-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 5 19844941-19845735(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr02G000521 Chr02 NC_080388.1:7163176-7163184promoter 内 3958-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 7163219-7165430(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48982407-48982415promoter 内 3088-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 48980029-48981502(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr03G000205 Chr03 NC_080389.1:2360770-2360778promoter 内 2887-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 2361884-2363159(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G003819 Chr01 NC_080387.1:56547402-56547410promoter 内 2161-2169 bp + 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 56542953-56545570(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G001838 Chr02 NC_080388.1:33508892-33508900promoter 内 3481-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 33501993-33508380(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G003933 Chr02 NC_080388.1:61408185-61408193promoter 内 3322-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 61405369-61407514(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G002392 Chr02 NC_080388.1:41833520-41833528promoter 内 3308-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 41831477-41832835(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45692116-45692124promoter 内 3287-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 45692830-45692988(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8946595-8946603promoter 内 3155-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 8944679-8945757(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G001328 Chr01 NC_080387.1:26438442-26438450promoter 内 2713-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 26434729-26437162(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr01G003690 Chr01 NC_080387.1:55269290-55269298promoter 内 2701-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 55270590-55273486(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G001800 Chr02 NC_080388.1:32846692-32846700promoter 内 2581-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 32844924-32845280(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33025750-33025758promoter 内 2485-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 33020235-33024242(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G001396 Chr01 NC_080387.1:27451123-27451131promoter 内 2459-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 27441038-27449589(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G005744 Chr01 NC_080387.1:73537405-73537413promoter 内 2362-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 73539044-73541642(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr01G001131 Chr01 NC_080387.1:23004233-23004241promoter 内 2297-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 23005937-23007193(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45692116-45692124promoter 内 2188-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 45693929-45694047(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
SmilChr02G001754 Chr02 NC_080388.1:32290163-32290171promoter 内 2141-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 32292023-32295229(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTG
SmilChr01G005689 Chr01 NC_080387.1:73180712-73180720promoter 内 2024-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 73173717-73178743(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAG
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