转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 35 / 121 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000431 Chr04 NC_080390.1:4587413-4587427promoter 内 2179-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4589235-4596068(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTACTTCC
SmilChr01G001289 Chr01 NC_080387.1:25677822-25677836promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25679785-25682271(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCCAAG
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55055075-55055089promoter 内 2030-2044 bp - 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55057046-55061669(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAGGTTT
SmilChr02G002582 Chr02 NC_080388.1:44877436-44877450promoter 内 1920-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44879517-44888253(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACTAGATCTCGA
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65735725-65735739promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGCCTCC
SmilChr01G005802 Chr01 NC_080387.1:74098329-74098343promoter 内 1844-1858 bp - 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74093685-74096186(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACGGATCTGAG
SmilChr01G005622 Chr01 NC_080387.1:72714603-72714617promoter 内 1614-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 72708889-72712230(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGACCGAGATCTGAT
SmilChr01G005804 Chr01 NC_080387.1:74098329-74098343promoter 内 1601-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74100729-74103443(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGTAAAT
SmilChr03G003320 Chr03 NC_080389.1:51434631-51434645promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51430424-51432219(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTGTA
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40467565-40467579promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40470286-40471841(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAACCA
SmilChr02G004664 Chr02 NC_080388.1:69026014-69026028promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69028793-69031788(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACACAC
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8462994-8463008promoter 内 1140-1154 bp - 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAACTCT
SmilChr01G003662 Chr01 NC_080387.1:55055075-55055089promoter 内 1095-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55046452-55052183(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTCAG
SmilChr03G001103 Chr03 NC_080389.1:12696570-12696584promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12691818-12693652(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTACT
SmilChr02G003550 Chr02 NC_080388.1:56639288-56639302promoter 内 1063-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56631586-56636364(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAATTCT
SmilChr04G004140 Chr04 NC_080390.1:56177641-56177655promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56180642-56181443(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTTTGT
SmilChr04G000525 Chr04 NC_080390.1:5763787-5763801promoter 内 739-753 bp + 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5767049-5771100(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATTTAGATCTAAG
SmilChr01G000319 Chr01 NC_080387.1:6221128-6221142promoter 内 733-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6216030-6217874(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCTGGATCTGAC
SmilChr02G004822 Chr02 NC_080388.1:70336115-70336129promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 70328542-70332854(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGCTGGATCTGAT
SmilChr03G004487 Chr03 NC_080389.1:62987027-62987041promoter 内 530-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62980534-62983570(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTCAA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74449134-74449148promoter 内 243-257 bp - 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74442519-74445390(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAACTAGATCTCAT
SmilChr03G002333 Chr03 NC_080389.1:36796338-36796352promoter 内 240-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36791636-36792591(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTTTC
SmilChr02G005467 Chr02 NC_080388.1:74965505-74965519promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74959871-74961706(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTTTAGATCTGAC
SmilChr02G005507 Chr02 NC_080388.1:75191107-75191121promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 75195028-75198078(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAACTAGATCTCAG
SmilChr03G004260 Chr03 NC_080389.1:61091992-61092006promoter 内 70-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61095923-61098817(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCTAGATCCGCG
SmilChr03G002259 Chr03 NC_080389.1:35586446-35586460promoter 内 37-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35581768-35582496(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGACGGATCTGAT
SmilChr04G003447 Chr04 NC_080390.1:50984856-50984870promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50978497-50980882(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAACCA
SmilChr03G002554 Chr03 NC_080389.1:40721299-40721313promoter 内 2996-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 40717137-40720308(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTAGACTG
SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70768527-70768541promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 70763380-70764606(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGGTGCT
SmilChr02G002081 Chr02 NC_080388.1:37389653-37389667promoter 内 3720-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 37389934-37392438(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTCAA
SmilChr03G000682 Chr03 NC_080389.1:7627653-7627667promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 7625512-7626741(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTAGAGATCTGAG
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57479087-57479101promoter 内 2703-2717 bp - 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 57480385-57485705(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGAAAA
SmilChr04G001754 Chr04 NC_080390.1:28865979-28865993promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 28860724-28864600(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTATATCT
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51378039-51378053promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 51379546-51383178(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTGTG
SmilChr03G000719 Chr03 NC_080389.1:8056840-8056854promoter 内 2261-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 8058580-8060311(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCATGC
SmilChr05G001177 Chr05 NC_080391.1:9875080-9875094promoter 内 1924-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 9870211-9873017(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCACCAGATCTGGG
SmilChr01G001470 Chr01 NC_080387.1:28477047-28477061promoter 内 1813-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 28479235-28480794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGTTGGATCTGAA
SmilChr04G002175 Chr04 NC_080390.1:35139455-35139469promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 35142646-35146257(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTTTAGATCTGAT
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56169423-56169437promoter 内 723-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 56161622-56166159(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTGTG
SmilChr03G000683 Chr03 NC_080389.1:7627653-7627667promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 7631602-7633987(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCTACCC
SmilChr03G001227 Chr03 NC_080389.1:14160444-14160458promoter 内 3639-3653 bp - 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14160806-14162209(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATATAT
SmilChr02G000850 Chr02 NC_080388.1:14418535-14418549promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14419060-14422020(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACTCAGATCTGAC
SmilChr04G000018 Chr04 NC_080390.1:231663-231677promoter 内 3374-3388 bp + 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 230317-231050(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTAGATCTAGCTCT
SmilChr04G003728 Chr04 NC_080390.1:53612380-53612394promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53613067-53615255(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTTCAGATCTGAT
SmilChr04G001995 Chr04 NC_080390.1:32246463-32246477promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 32247435-32248851(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGATT
SmilChr01G004259 Chr01 NC_080387.1:60853747-60853761promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 60854805-60856481(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCTGCT
SmilChr03G001685 Chr03 NC_080389.1:22229545-22229559promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 22230667-22232603(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATCTAGATCTAGG
SmilChr04G001910 Chr04 NC_080390.1:31204541-31204555promoter 内 2853-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 31189791-31203407(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCATGC
SmilChr03G003198 Chr03 NC_080389.1:49511473-49511487promoter 内 2787-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 49506467-49510273(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTCAA
SmilChr01G004256 Chr01 NC_080387.1:60833080-60833094promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 60834675-60835611(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCACCCCT