转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 36 / 138 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000506 Chr05 NC_080391.1:3930689-3930703promoter 内 3347-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3929977-3930049(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGACGCT
SmilChr07G002014 Chr07 NC_080393.1:17968104-17968118promoter 内 3252-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 17965898-17967369(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGTACCACGTGGCA
SmilChr07G002023 Chr07 NC_080393.1:18182850-18182864promoter 内 3252-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18179962-18182115(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGTACCACGTGGCA
SmilChr07G003274 Chr07 NC_080393.1:34506720-34506734promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34507777-34507862(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGAGGTCACGTGGAA
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2060124-2060138promoter 内 2908-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2057057-2059045(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGAGCTAA
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57555657-57555671promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57551499-57554570(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTTGACGTGGCA
SmilChr05G002061 Chr05 NC_080391.1:21482138-21482152promoter 内 2871-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21475153-21481022(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATTCGTCACGTGGCG
SmilChr01G003604 Chr01 NC_080387.1:54584846-54584860promoter 内 2673-2687 bp + 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54580869-54583532(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTTCCAC
SmilChr07G003275 Chr07 NC_080393.1:34506720-34506734promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34508102-34508186(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGAGGTCACGTGGAA
SmilChr01G003831 Chr01 NC_080387.1:56641619-56641633promoter 内 2612-2626 bp - 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56637261-56640244(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTTGACGTGGCA
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73016856-73016870promoter 内 2593-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73018264-73019041(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCATGACACGTGGCA
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51233214-51233228promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 51230962-51231788(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCCGG
SmilChr02G003001 Chr02 NC_080388.1:50677537-50677551promoter 内 2552-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 50678986-50681683(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTTCCAC
SmilChr06G002940 Chr06 NC_080392.1:42223994-42224008promoter 内 2541-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 42219888-42222548(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGAAATA
SmilChr07G003276 Chr07 NC_080393.1:34506720-34506734promoter 内 2457-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34508264-34508352(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGAGGTCACGTGGAA
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52390236-52390250promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCCGG
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38807143-38807157promoter 内 2223-2237 bp - 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38804041-38805379(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGTCGACACGTGGCA
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26257166-26257180promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26247151-26255364(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACTGATGACGTGGCG
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59525168-59525182promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59527032-59529805(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACGTGCGACGTGGCG
SmilChr04G000901 Chr04 NC_080390.1:11733316-11733330promoter 内 1849-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 11735468-11741559(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTTTGACGTGGCA
SmilChr07G004478 Chr07 NC_080393.1:57349281-57349295promoter 内 1762-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57343780-57347056(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCGATG
SmilChr05G000508 Chr05 NC_080391.1:3930689-3930703promoter 内 1603-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3933087-3933249(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCGTCCACGTGGCG
SmilChr08G003845 Chr08 NC_080394.1:44793541-44793555promoter 内 1598-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44795944-44796384(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGCAGACGTGGCG
SmilChr06G001090 Chr06 NC_080392.1:10896334-10896348promoter 内 1408-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10898927-10903682(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGACGAAT
SmilChr07G004278 Chr07 NC_080393.1:55322950-55322964promoter 内 1206-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55314244-55320169(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCTTCCTC
SmilChr03G000624 Chr03 NC_080389.1:6926411-6926425promoter 内 695-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6929717-6930621(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCATGACACGTGGCA
SmilChr05G000180 Chr05 NC_080391.1:1435882-1435896promoter 内 642-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1430042-1432537(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCATGACACGTGGCA
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67872936-67872950promoter 内 637-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 67876300-67879157(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAAACTGACGTGGCA
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34818895-34818909promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 34813516-34815484(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAACTTT
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69519205-69519219promoter 内 411-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 69512346-69515629(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAAGTTGACGTGGCG
SmilChr07G001717 Chr07 NC_080393.1:14586456-14586470promoter 内 407-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14590050-14593147(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGATATGACGTGGCA
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4573092-4573106promoter 内 356-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGGAAGACGTGGCG
SmilChr02G003884 Chr02 NC_080388.1:60917632-60917646promoter 内 323-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60908928-60913968(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGGCCCCACGTGGCA
SmilChr06G002185 Chr06 NC_080392.1:30189367-30189381promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 30193263-30196280(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCACGCCG
SmilChr01G001486 Chr01 NC_080387.1:28651671-28651685promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 28647329-28648822(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCTGGCCACGTGGAA
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