转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 36 / 149 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001071 Chr02 NC_080388.1:19079708-19079716promoter 内 1397-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19076594-19077112(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr03G001707 Chr03 NC_080389.1:22665720-22665728promoter 内 1324-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22668397-22671563(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G005001 Chr02 NC_080388.1:71822495-71822503promoter 内 1292-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 71816167-71819794(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G000828 Chr04 NC_080390.1:10434245-10434253promoter 内 1285-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 10436961-10437734(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G004795 Chr02 NC_080388.1:70150198-70150206promoter 内 1250-1258 bp + 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70146692-70147455(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74418332-74418340promoter 内 1231-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr04G002225 Chr04 NC_080390.1:35973714-35973722promoter 内 1231-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35976484-35978262(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G005355 Chr02 NC_080388.1:74298661-74298669promoter 内 1220-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74295801-74295888(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr03G000888 Chr03 NC_080389.1:10131263-10131271promoter 内 1204-1212 bp + 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 10134060-10138604(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22159158-22159166promoter 内 1196-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr02G003699 Chr02 NC_080388.1:58452096-58452104promoter 内 1179-1187 bp - 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 58454918-58457152(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr04G001704 Chr04 NC_080390.1:28170490-28170498promoter 内 1151-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28173340-28173861(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr03G002398 Chr03 NC_080389.1:37991959-37991967promoter 内 1150-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 37985835-37989116(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G004720 Chr01 NC_080387.1:65406935-65406943promoter 内 1110-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 65399256-65404052(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr03G002686 Chr03 NC_080389.1:42740296-42740304promoter 内 1098-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 42730198-42737401(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G002257 Chr01 NC_080387.1:39333828-39333836promoter 内 1097-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 39327723-39330932(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G003181 Chr02 NC_080388.1:52965835-52965843promoter 内 1094-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 52968742-52974121(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74298661-74298669promoter 内 1063-1071 bp - 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74295644-74295731(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47888763-47888771promoter 内 1051-1059 bp - 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 47891713-47901820(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G001247 Chr04 NC_080390.1:19628485-19628493promoter 内 1050-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19623626-19625542(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr01G004841 Chr01 NC_080387.1:66545168-66545176promoter 内 1042-1050 bp + 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 66534842-66542217(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G001242 Chr04 NC_080390.1:19507961-19507969promoter 内 1028-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19510934-19513879(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62688784-62688792promoter 内 1000-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G003595 Chr01 NC_080387.1:54513010-54513018promoter 内 998-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54509322-54510015(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G004534 Chr01 NC_080387.1:63504929-63504937promoter 内 994-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 63507936-63510819(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13518896-13518904promoter 内 986-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 13514420-13515889(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr03G002252 Chr03 NC_080389.1:35445887-35445895promoter 内 969-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35448919-35449000(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr04G002349 Chr04 NC_080390.1:37919346-37919354promoter 内 933-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 37922414-37923323(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74298661-74298669promoter 内 925-933 bp - 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74295498-74295593(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr03G001829 Chr03 NC_080389.1:25066725-25066733promoter 内 919-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 25063548-25063651(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr04G002382 Chr04 NC_080390.1:38371561-38371569promoter 内 919-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 38365688-38368487(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CCCGACAAC
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19832246-19832254promoter 内 910-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63269834-63269842promoter 内 901-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 63263398-63266742(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTTGTCGGG
SmilChr02G001751 Chr02 NC_080388.1:32186073-32186081promoter 内 849-857 bp + 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 32189225-32190205(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGC
SmilChr01G002024 Chr01 NC_080387.1:35798129-35798137promoter 内 842-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35793992-35794978(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16295933-16295941promoter 内 812-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 16289859-16292752(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACAAT
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