转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 37 / 152 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002153 Chr03 NC_080389.1:33489474-33489492promoter 内 836-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33483435-33486327(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGAGGTTGTTGGAAATG
SmilChr03G003326 Chr03 NC_080389.1:51516901-51516919promoter 内 808-826 bp + 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51520094-51523937(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr01G004654 Chr01 NC_080387.1:64652663-64652681promoter 内 717-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64648470-64649397(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCACAACCACTTTATC
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14098807-14098825promoter 内 693-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr04G001859 Chr04 NC_080390.1:30294182-30294200promoter 内 682-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30286934-30290881(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCTCAACCACATCAAG
SmilChr05G000789 Chr05 NC_080391.1:6175530-6175548promoter 内 645-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 6171582-6172192(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGTTGGTTGGGGTAT
SmilChr04G003991 Chr04 NC_080390.1:55309227-55309245promoter 内 603-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55312625-55317541(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGGGGGTGGTTGGCAGCT
SmilChr04G001869 Chr04 NC_080390.1:30503976-30503994promoter 内 565-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 30496658-30500558(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCTCAACCACATCAAG
SmilChr03G001652 Chr03 NC_080389.1:21458678-21458696promoter 内 530-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21462149-21463123(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGCAGTGGTTGTGGGCG
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48145296-48145314promoter 内 528-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACACCAACCACTCCCAG
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1750930-1750948promoter 内 522-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGTGGTGGTTGAGTTGT
SmilChr05G000220 Chr05 NC_080391.1:1723865-1723883promoter 内 436-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1717961-1720318(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACTAAGTGGTTGAGGATG
SmilChr01G005499 Chr01 NC_080387.1:71879757-71879775promoter 内 399-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71883359-71887955(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCATCCAACCACCACTCA
SmilChr02G002525 Chr02 NC_080388.1:43927598-43927616promoter 内 386-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43931213-43934713(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr03G000490 Chr03 NC_080389.1:5261226-5261244promoter 内 307-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5256145-5257550(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATGCCAACCACCACATT
SmilChr04G001940 Chr04 NC_080390.1:31520048-31520066promoter 内 251-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31523798-31525972(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGATGTGGTTGAAGTGA
SmilChr01G004139 Chr01 NC_080387.1:59898644-59898662promoter 内 227-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59891649-59894888(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACGCCAACCAACTCGAC
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58694796-58694814promoter 内 156-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTCCAACCACTCTTCA
SmilChr03G003251 Chr03 NC_080389.1:50395659-50395677promoter 内 60-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50387876-50391736(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAATGGTGGTTGAAGGCT
SmilChr05G000116 Chr05 NC_080391.1:867928-867946promoter 内 60-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 860654-864005(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTACCAACCACAACCTC
SmilChr03G002453 Chr03 NC_080389.1:38905041-38905059promoter 内 26-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38894974-38901084(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAGGTGGTTGTTGTCG
SmilChr05G001593 Chr05 NC_080391.1:14636527-14636545promoter 内 3326-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 14634183-14635870(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTTGCCAATC
SmilChr02G000544 Chr02 NC_080388.1:7498393-7498411promoter 内 2068-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 7500326-7500844(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGCAAGTGGTTGAGAACG
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7498393-7498411promoter 内 1822-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 7493156-7496232(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTTCTCAACCACTTGCAA
SmilChr01G000584 Chr01 NC_080387.1:12601654-12601672promoter 内 3715-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 12599471-12601386(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTCCAACCACCAAATT
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387863-22387881promoter 内 2656-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 22386464-22386536(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTGGTGGTTGGCGACG
SmilChr01G005786 Chr01 NC_080387.1:73944392-73944410promoter 内 2073-2091 bp - 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 73946320-73951969(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGATGTGGTTGAGTGGA
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22981712-22981730promoter 内 1731-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 22978984-22979460(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGCAAGTGGTTGAGAACG
SmilChr01G000783 Chr01 NC_080387.1:17049607-17049625promoter 内 1494-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 17046258-17047118(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGATCCAACCACCCCGTG
SmilChr02G002951 Chr02 NC_080388.1:50059566-50059584promoter 内 1245-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 50052333-50056828(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCACAACCACCCACAT
SmilChr02G002907 Chr02 NC_080388.1:49378241-49378259promoter 内 1169-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 49381073-49385561(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCACAACCACCCACAT
SmilChr04G003622 Chr04 NC_080390.1:52727053-52727071promoter 内 803-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 52722899-52723873(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGTGGTGGTTGATGCAG
SmilChr04G000102 Chr04 NC_080390.1:924633-924651promoter 内 317-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 915162-920967(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTACCACAACCACCATTGC
SmilChr04G000664 Chr04 NC_080390.1:7502608-7502626promoter 内 3936-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 7500051-7502561(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTAAGCCAACCACCATCTC
SmilChr01G001851 Chr01 NC_080387.1:33436845-33436863promoter 内 3925-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33435244-33436787(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGAAGGTGGGTGAAAAGA
SmilChr05G000039 Chr05 NC_080391.1:182223-182241promoter 内 3882-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 178118-182122(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTAGTAGTTGGAAGAA
SmilChr01G000181 Chr01 NC_080387.1:3131467-3131485promoter 内 3751-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 3129296-3131235(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGATCCAACCACCCCGTG
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1688571-1688589promoter 内 3423-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1689149-1692030(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCATTCAACCACCACCTA
SmilChr01G005785 Chr01 NC_080387.1:73944392-73944410promoter 内 3093-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 73940626-73943502(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCACTCAACCACATCCAC
SmilChr02G000394 Chr02 NC_080388.1:4884390-4884408promoter 内 2783-2801 bp - 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4879706-4883190(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTTCAACCACTTTTGT
SmilChr03G004231 Chr03 NC_080389.1:60848807-60848825promoter 内 2359-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60850449-60852672(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCGTCAACCACCGTGAC
SmilChr04G000104 Chr04 NC_080390.1:924633-924651promoter 内 2282-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 926352-928377(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAATGGTGGTTGTGGTAC
SmilChr04G002535 Chr04 NC_080390.1:40455096-40455114promoter 内 2085-2103 bp - 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 40457012-40457554(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGCAAGTGGTTGAGAACG
SmilChr01G000501 Chr01 NC_080387.1:10170656-10170674promoter 内 1763-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 10172894-10175787(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCC
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3131467-3131485promoter 内 1654-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 3133814-3136631(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACGGGGTGGTTGGATCCG
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6936774-6936792promoter 内 1448-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6929908-6934239(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGAAGTGGTTGAGTGTC
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33550582-33550600promoter 内 1408-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33553175-33557522(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTTCAACCACCAGCCC
SmilChr01G001901 Chr01 NC_080387.1:34122435-34122453promoter 内 1360-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34125076-34129264(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTTCAACCACCAGCCC
SmilChr04G003066 Chr04 NC_080390.1:47205043-47205061promoter 内 1268-1286 bp - 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 47202256-47202328(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCTCAACCACTTTTTT
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44396190-44396208promoter 内 1201-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 44398990-44400916(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGAGTTGGTTGGAGTTC