转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 37 / 119 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004237 Chr01 NC_080387.1:60711501-60711510promoter 内 2050-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60709018-60709559(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G005366 Chr01 NC_080387.1:70880020-70880029promoter 内 1694-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 70882327-70885245(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60711501-60711510promoter 内 1596-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60708292-60709105(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G000360 Chr01 NC_080387.1:7428543-7428552promoter 内 1231-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 7425677-7425782(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr02G001730 Chr02 NC_080388.1:31791757-31791766promoter 内 1177-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 31788837-31788942(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr02G000421 Chr02 NC_080388.1:5402406-5402415promoter 内 1152-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5395162-5399566(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr02G003170 Chr02 NC_080388.1:52725857-52725866promoter 内 1143-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 52716643-52723008(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGC
SmilChr02G003666 Chr02 NC_080388.1:58050996-58051005promoter 内 1033-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58053964-58056539(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G005399 Chr01 NC_080387.1:71251539-71251548promoter 内 924-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71254616-71256083(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGC
SmilChr01G004374 Chr01 NC_080387.1:61936727-61936736promoter 内 716-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61940012-61941773(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGC
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60711501-60711510promoter 内 573-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G001008 Chr01 NC_080387.1:21196583-21196592promoter 内 485-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 21200099-21203029(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGC
SmilChr02G002119 Chr02 NC_080388.1:37950233-37950242promoter 内 422-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37953812-37955934(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGC
SmilChr01G003909 Chr01 NC_080387.1:57377988-57377997promoter 内 176-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 57373138-57374172(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTA
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23565903-23565912promoter 内 1921-1930 bp + 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 5 23562783-23563832(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G001361 Chr01 NC_080387.1:26966140-26966149promoter 内 3539-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 26960517-26965687(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr02G001073 Chr02 NC_080388.1:19110453-19110462promoter 内 2583-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 19107560-19109044(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G002558 Chr01 NC_080387.1:43715930-43715939promoter 内 1636-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 43703415-43713574(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G002561 Chr01 NC_080387.1:43739784-43739793promoter 内 1485-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 4 43742300-43747956(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G002560 Chr01 NC_080387.1:43739784-43739793promoter 内 3485-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 43740300-43741517(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G004296 Chr01 NC_080387.1:61152554-61152563promoter 内 2997-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 61153558-61157057(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr02G001060 Chr02 NC_080388.1:18840180-18840189promoter 内 2568-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 18841613-18842665(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G005124 Chr01 NC_080387.1:69051036-69051045promoter 内 1192-1201 bp - 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 69053845-69055068(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G005418 Chr01 NC_080387.1:71386044-71386053promoter 内 937-946 bp - 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 71389108-71390183(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18090224-18090233promoter 内 721-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 18083466-18086953(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35536524-35536533promoter 内 347-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 35530783-35532879(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr02G003431 Chr02 NC_080388.1:55546510-55546519promoter 内 3564-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 55544934-55546082(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23812844-23812853promoter 内 3217-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 23813628-23815370(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr02G002928 Chr02 NC_080388.1:49677801-49677810promoter 内 3025-3034 bp + 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 49676011-49676834(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G004560 Chr01 NC_080387.1:63680167-63680176promoter 内 2909-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 63681259-63684041(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G005988 Chr01 NC_080387.1:75503891-75503900promoter 内 2658-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 75499257-75502557(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59588382-59588391promoter 内 2534-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 59589849-59591916(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr01G001218 Chr01 NC_080387.1:24448426-24448435promoter 内 2073-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 24450354-24518435(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G004857 Chr01 NC_080387.1:66741602-66741611promoter 内 2002-2011 bp + 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 66736214-66739612(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATTG
SmilChr02G002639 Chr02 NC_080388.1:45800886-45800895promoter 内 1869-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 45794741-45798763(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
SmilChr01G002967 Chr01 NC_080387.1:48565868-48565877promoter 内 1693-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 48555600-48563569(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC
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SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37594476-37594485promoter 内 3774-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 37594703-37595305(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGC