转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 37 / 134 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004474 Chr03 NC_080389.1:62866021-62866035promoter 内 3863-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62846032-62865897(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr03G004493 Chr03 NC_080389.1:63048688-63048702promoter 内 3839-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63045233-63048540(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr03G004484 Chr03 NC_080389.1:62956571-62956585promoter 内 3838-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62951952-62956422(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr03G004494 Chr03 NC_080389.1:63057960-63057974promoter 内 3829-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63053403-63057802(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr03G004499 Chr03 NC_080389.1:63111374-63111388promoter 内 3829-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63110408-63111216(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr07G001307 Chr07 NC_080393.1:10040047-10040061promoter 内 3759-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10035001-10039819(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAATTA
SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42817860-42817874promoter 内 3723-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42817078-42817596(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACACGA
SmilChr08G004253 Chr08 NC_080394.1:52001230-52001244promoter 内 3710-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51998744-52000953(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGAGGCCGACATCC
SmilChr07G002102 Chr07 NC_080393.1:19123027-19123041promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19122067-19122675(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCTATGG
SmilChr08G004953 Chr08 NC_080394.1:58382083-58382097promoter 内 3593-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58377994-58381689(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCCGACT
SmilChr06G000011 Chr06 NC_080392.1:198517-198531promoter 内 3550-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 198968-211177(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCTTACCGACATCT
SmilChr04G002578 Chr04 NC_080390.1:41149609-41149623promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41150072-41155792(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACACCT
SmilChr08G002818 Chr08 NC_080394.1:28000945-28000959promoter 内 3485-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28001461-28004516(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTCTACCGACATCT
SmilChr01G002172 Chr01 NC_080387.1:37810324-37810338promoter 内 3466-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37810859-37813346(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGTAAGTT
SmilChr07G001137 Chr07 NC_080393.1:8534232-8534246promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8530727-8533687(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGTGATCA
SmilChr08G002665 Chr08 NC_080394.1:26135708-26135722promoter 内 3435-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26136274-26139487(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACACGA
SmilChr08G003434 Chr08 NC_080394.1:36652053-36652067promoter 内 3301-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 36652753-36657834(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCTGTAG
SmilChr04G001043 Chr04 NC_080390.1:14842402-14842416promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14843107-14843833(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCTATGG
SmilChr02G002171 Chr02 NC_080388.1:38919382-38919396promoter 内 3210-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38920173-38920694(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGTCGTAG
SmilChr07G002544 Chr07 NC_080393.1:24145192-24145206promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24145987-24147906(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGTAATTA
SmilChr08G001643 Chr08 NC_080394.1:13634988-13635002promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 13633207-13634183(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCATGCCGACATAG
SmilChr08G001837 Chr08 NC_080394.1:15740900-15740914promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15741787-15742274(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACGTCT
SmilChr05G001752 Chr05 NC_080391.1:17062647-17062661promoter 内 3063-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17063585-17067485(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGGTGCCGACGTCG
SmilChr01G005606 Chr01 NC_080387.1:72605483-72605497promoter 内 3053-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72606431-72607348(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATTGCCGACCTCA
SmilChr03G003700 Chr03 NC_080389.1:55934802-55934816promoter 内 2979-2993 bp + 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55935824-55936944(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGGCCGACACCT
SmilChr03G004475 Chr03 NC_080389.1:62866021-62866035promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62860215-62864967(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr01G005605 Chr01 NC_080387.1:72605483-72605497promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72604224-72604384(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGTCGGCAATGG
SmilChr08G001729 Chr08 NC_080394.1:14541395-14541409promoter 内 2848-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14538280-14540256(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCAGGCCGACATTG
SmilChr01G000852 Chr01 NC_080387.1:18407498-18407512promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18408805-18412146(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACACGA
SmilChr01G001125 Chr01 NC_080387.1:22854915-22854929promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22856313-22858491(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTCGCCGACACGA
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:611989-612003promoter 内 2590-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 607207-610592(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCAATAC
SmilChr03G004341 Chr03 NC_080389.1:61716556-61716570promoter 内 2571-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61717986-61721047(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTCACCGACATTT
SmilChr07G002983 Chr07 NC_080393.1:30397789-30397803promoter 内 2543-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 30399247-30403463(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAGAGC
SmilChr03G004100 Chr03 NC_080389.1:59885000-59885014promoter 内 2531-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 59886470-59902314(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCGAAAG
SmilChr02G003029 Chr02 NC_080388.1:50995706-50995720promoter 内 2528-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50997179-51002895(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGTCGGCAATGG
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