转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003439; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005108-RA_Salv SmilChr03G003439 bHLH XP_057798243.1 MP00195 TTAGCAACTTGCAT

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 6878 个候选靶基因 第 4 / 138 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005384 Chr02 NC_080388.1:74496740-74496753promoter 内 3258-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 74494794-74496010(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACGCAAGTTGCTGC
SmilChr03G002638 Chr03 NC_080389.1:41966276-41966289promoter 内 2524-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 41963633-41964812(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCTAG
SmilChr01G003721 Chr01 NC_080387.1:55532636-55532649promoter 内 2391-2404 bp - 1597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 55534246-55537248(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGGCAC
SmilChr03G002639 Chr03 NC_080389.1:41966276-41966289promoter 内 1795-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 41968482-41969118(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTAGCCACTTGCAT
SmilChr02G000950 Chr02 NC_080388.1:16512456-16512469promoter 内 1606-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 16514851-16515779(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GCTCCCACTTGCAT
SmilChr01G005981 Chr01 NC_080387.1:75475679-75475692promoter 内 375-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75468432-75472066(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCTCG
SmilChr01G005702 Chr01 NC_080387.1:73265547-73265560promoter 内 3923-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73262006-73265482(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAGCAAGTTGCAGA
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58823202-58823215promoter 内 3581-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58823622-58827516(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTGCAAGTTGCAAC
SmilChr01G004084 Chr01 NC_080387.1:59260570-59260583promoter 内 3171-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 59257511-59259753(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGCTAG
SmilChr02G004249 Chr02 NC_080388.1:64667367-64667380promoter 内 2898-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64668470-64669673(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TCTCCCACTTGCAT
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5767734-5767747promoter 内 1831-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5769904-5771013(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGGAGC
SmilChr01G005073 Chr01 NC_080387.1:68601080-68601093promoter 内 634-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68604447-68611572(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGGCAAGTTGCAAT
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31093251-31093264promoter 内 306-319 bp - 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31086192-31089569(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACAGCCACTTGCAA
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23379839-23379852promoter 内 301-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 23372046-23376152(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGGAGA
SmilChr03G002832 Chr03 NC_080389.1:44853042-44853055promoter 内 260-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44848608-44849314(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTGGGAGA
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38945477-38945490promoter 内 165-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGCTGT
SmilChr01G001845 Chr01 NC_080387.1:33396501-33396514promoter 内 133-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33400369-33405408(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTGCAAGTTGCAAA
SmilChr03G002606 Chr03 NC_080389.1:41447860-41447873promoter 内 2799-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 41444460-41446671(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ATGCAAGTTGCCAG
SmilChr03G001957 Chr03 NC_080389.1:27981189-27981202promoter 内 2049-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 27977687-27979250(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GGTTCCACTTGCAC
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10473651-10473664promoter 内 1185-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 10469068-10470848(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGGGCAACTTGCTG
SmilChr01G001691 Chr01 NC_080387.1:31141323-31141336promoter 内 3753-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 31139057-31141088(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTGGCTGG
SmilChr01G003994 Chr01 NC_080387.1:58368007-58368020promoter 内 2720-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 58363258-58366739(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTGGCACG
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15128863-15128876promoter 内 2675-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 15127478-15127550(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAGCAAGTTGCAGC
SmilChr02G003533 Chr02 NC_080388.1:56477010-56477023promoter 内 884-897 bp + 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 56480127-56483263(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTTGCCACTTGCAA
SmilChr03G002991 Chr03 NC_080389.1:46725634-46725647promoter 内 845-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 46728790-46730217(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CAGCAAGTTGCCCA
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16671171-16671184promoter 内 3537-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 16671635-16675520(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CCTCCCACTTGCAC
SmilChr02G002866 Chr02 NC_080388.1:48827038-48827051promoter 内 2488-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 48820365-48825538(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGTCCAACTTGCAC
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40904693-40904706promoter 内 1957-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 40893647-40902662(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CGGCAAGTTGCTGG
SmilChr01G003702 Chr01 NC_080387.1:55408062-55408075promoter 内 1445-1458 bp - 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 55403087-55405519(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 ACGCCAACTTGCCA
SmilChr02G003590 Chr02 NC_080388.1:57110667-57110680promoter 内 876-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 57113792-57116892(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTTGCCACTTGCAA
SmilChr03G002532 Chr03 NC_080389.1:40376469-40376482promoter 内 650-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 40379820-40380477(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GAAGCAACTTGCCT
SmilChr02G000486 Chr02 NC_080388.1:6626413-6626426promoter 内 446-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 6629968-6632943(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGAGCAACTTGCAG
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7295226-7295239promoter 内 775-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 7298452-7302000(+) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TGAGCAACTTGGCC
SmilChr01G002894 Chr01 NC_080387.1:47625850-47625863promoter 内 3531-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 47624176-47625393(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTAGCAACTTGCTC
SmilChr02G000161 Chr02 NC_080388.1:2111171-2111184promoter 内 3160-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 2107167-2110343(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 GTGCAAGTTGGAGC
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SmilChr02G004792 Chr02 NC_080388.1:70118311-70118324promoter 内 1947-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 70114528-70116270(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 CTGCAAGTTGCTGC
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SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45859646-45859659promoter 内 1749-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45856219-45857407(-) SMil_00005108-RA_Salv MP00195 TTGCAAGTTGCAGA