转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 42 / 167 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005684 Chr01 NC_080387.1:73113064-73113073promoter 内 94-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 73105131-73109166(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTC
SmilChr03G002202 Chr03 NC_080389.1:34653186-34653195promoter 内 91-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34657096-34658631(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGT
SmilChr07G002214 Chr07 NC_080393.1:20388576-20388585promoter 内 69-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20392508-20396113(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTC
SmilChr05G003018 Chr05 NC_080391.1:37560735-37560744promoter 内 65-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37564671-37565891(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTC
SmilChr05G000714 Chr05 NC_080391.1:5415518-5415527promoter 内 60-69 bp - 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5419459-5421503(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTC
SmilChr02G002778 Chr02 NC_080388.1:47878388-47878397promoter 内 56-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47873738-47874452(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTCC
SmilChr07G001853 Chr07 NC_080393.1:16062522-16062531promoter 内 40-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16066483-16069298(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTC
SmilChr03G001280 Chr03 NC_080389.1:14989145-14989154promoter 内 30-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14981267-14985183(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGA
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50817394-50817403promoter 内 7-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GAAGATACGA
SmilChr06G000219 Chr06 NC_080392.1:1469317-1469326promoter 内 1768-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1464235-1467093(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G000287 Chr02 NC_080388.1:3670922-3670931promoter 内 3982-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3669304-3670912(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr02G000352 Chr02 NC_080388.1:4531239-4531248promoter 内 3982-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 4531258-4532840(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12937591-12937600promoter 内 2965-2974 bp + 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 12938627-12948947(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr07G002776 Chr07 NC_080393.1:27633137-27633146promoter 内 2125-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 27635013-27635868(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21004795-21004804promoter 内 1609-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 21007187-21010120(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G000351 Chr02 NC_080388.1:4531239-4531248promoter 内 1301-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 4526416-4528548(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G000288 Chr02 NC_080388.1:3670922-3670931promoter 内 1244-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3673679-3675762(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr07G003724 Chr07 NC_080393.1:45232638-45232647promoter 内 793-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 45227140-45229439(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr01G002488 Chr01 NC_080387.1:42610819-42610828promoter 内 684-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 42602545-42607511(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002665 Chr06 NC_080392.1:38558349-38558358promoter 内 477-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 38561873-38563719(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr05G000478 Chr05 NC_080391.1:3707750-3707759promoter 内 253-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 3698093-3704011(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr03G003413 Chr03 NC_080389.1:52466349-52466358promoter 内 3986-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52466364-52471628(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr07G002165 Chr07 NC_080393.1:19821009-19821018promoter 内 3976-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19821034-19822641(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G002751 Chr01 NC_080387.1:45829163-45829172promoter 内 3921-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45827404-45829092(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr07G002116 Chr07 NC_080393.1:19267832-19267841promoter 内 3881-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19267952-19273337(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G000821 Chr01 NC_080387.1:17721641-17721650promoter 内 3676-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 17721966-17722389(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G002519 Chr01 NC_080387.1:43152405-43152414promoter 内 3649-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43152757-43154134(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr08G004004 Chr08 NC_080394.1:48344542-48344551promoter 内 3552-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48342924-48344102(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G001603 Chr02 NC_080388.1:29871080-29871089promoter 内 3517-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 29869787-29870605(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr05G000008 Chr05 NC_080391.1:37292-37301promoter 内 3467-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 37826-42035(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr04G003877 Chr04 NC_080390.1:54635191-54635200promoter 内 3418-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54634544-54634617(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr03G001993 Chr03 NC_080389.1:29364249-29364258promoter 内 3383-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 29364867-29365952(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr07G002548 Chr07 NC_080393.1:24172572-24172581promoter 内 3326-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24170829-24171906(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr05G003885 Chr05 NC_080391.1:52600198-52600207promoter 内 3239-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52600960-52603911(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr04G003610 Chr04 NC_080390.1:52588498-52588507promoter 内 3170-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52585272-52587676(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr06G002051 Chr06 NC_080392.1:26932200-26932209promoter 内 2823-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 26929816-26931031(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4432511-4432520promoter 内 2718-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4420914-4431237(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
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SmilChr04G003876 Chr04 NC_080390.1:54635191-54635200promoter 内 2420-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54631101-54633619(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
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SmilChr02G001439 Chr02 NC_080388.1:27082376-27082385promoter 内 2198-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27075764-27080582(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
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SmilChr06G003060 Chr06 NC_080392.1:43492083-43492092promoter 内 2105-2114 bp - 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43487282-43490196(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG