转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004274; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001114-RA_Salv SmilChr03G004274 MIKC_MADS XP_057799397.1 MP00080 CCAAAAAAGGAAAA

可能结合的靶基因

9850 个结合位点 6766 个候选靶基因 第 42 / 136 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005138 Chr02 NC_080388.1:72816686-72816699promoter 内 3023-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72811791-72815721(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20181313-20181326promoter 内 3011-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCGT
SmilChr01G002300 Chr01 NC_080387.1:39831508-39831521promoter 内 2854-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39823665-39830374(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G001461 Chr01 NC_080387.1:28386512-28386525promoter 内 2803-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28387710-28392665(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAGAAAAGGAAAA
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30523572-30523585promoter 内 2729-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 30524844-30526432(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 GCAGAAAAGGAAAG
SmilChr03G000375 Chr03 NC_080389.1:4190714-4190727promoter 内 2707-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4186723-4189433(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr03G001895 Chr03 NC_080389.1:26457764-26457777promoter 内 2402-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26459363-26460371(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr04G000857 Chr04 NC_080390.1:10884707-10884720promoter 内 2217-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10880055-10882936(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr04G001054 Chr04 NC_080390.1:15009558-15009571promoter 内 2159-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 15001703-15007729(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr01G005333 Chr01 NC_080387.1:70534200-70534213promoter 内 2013-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70536188-70538055(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G003683 Chr03 NC_080389.1:55677546-55677559promoter 内 1912-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55679635-55681221(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G001757 Chr01 NC_080387.1:32290874-32290887promoter 内 1851-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32285853-32288737(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr02G004600 Chr02 NC_080388.1:68518901-68518914promoter 内 1843-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 68521059-68526346(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAGGCAAG
SmilChr01G000451 Chr01 NC_080387.1:9186791-9186804promoter 内 1786-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 9189006-9190472(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCACAAAAGGAAAG
SmilChr03G004533 Chr03 NC_080389.1:63369615-63369628promoter 内 1746-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 63366475-63367373(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr01G005343 Chr01 NC_080387.1:70656526-70656539promoter 内 1688-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70643676-70654226(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64354383-64354396promoter 内 1489-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr01G004454 Chr01 NC_080387.1:62668033-62668046promoter 内 1467-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 62661573-62665512(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCGT
SmilChr04G000849 Chr04 NC_080390.1:10748865-10748878promoter 内 888-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10742980-10745765(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCACAAAAGGAAAG
SmilChr01G000336 Chr01 NC_080387.1:6862458-6862471promoter 内 871-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6865588-6870420(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr01G004633 Chr01 NC_080387.1:64354383-64354396promoter 内 871-884 bp + 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 64357513-64358550(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAGAAAAGGAAAA
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68518901-68518914promoter 内 679-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 68511315-68515592(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr02G004812 Chr02 NC_080388.1:70278609-70278622promoter 内 609-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70282001-70284079(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTGCCTTTTTTGT
SmilChr03G002337 Chr03 NC_080389.1:36847614-36847627promoter 内 475-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36851140-36852520(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTTCGT
SmilChr01G001364 Chr01 NC_080387.1:27008478-27008491promoter 内 369-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 27012110-27014449(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 TTTTCCTTTTCTGT
SmilChr02G005373 Chr02 NC_080388.1:74412948-74412961promoter 内 169-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74416780-74419529(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CTTTCCTTTTCTGC
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28817211-28817224promoter 内 34-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28821178-28822257(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002336 Chr03 NC_080389.1:36847614-36847627promoter 内 19-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36842803-36843645(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACGAAAAAGGAAAA
SmilChr03G002686 Chr03 NC_080389.1:42737406-42737419promoter 内 3983-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 42730198-42737401(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAAGAAAA
SmilChr02G002247 Chr02 NC_080388.1:39907298-39907311promoter 内 2446-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 39908853-39912236(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGGGTAAG
SmilChr02G003812 Chr02 NC_080388.1:59744793-59744806promoter 内 3199-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 59740148-59744004(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAAGAAAA
SmilChr01G002827 Chr01 NC_080387.1:46870827-46870840promoter 内 2799-2812 bp - 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 46866506-46869638(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ACAAAAAAAGAAAA
SmilChr01G004578 Chr01 NC_080387.1:63826843-63826856promoter 内 2352-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 63819762-63825207(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGGGAAAT
SmilChr04G001304 Chr04 NC_080390.1:20751178-20751191promoter 内 1052-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 20754127-20755558(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCCCTTTTTGG
SmilChr03G004603 Chr03 NC_080389.1:63807249-63807262promoter 内 3880-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 63807370-63815364(+) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 CCAAAAAGGGAAAT
SmilChr03G000426 Chr03 NC_080389.1:4648534-4648547promoter 内 3735-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 4646667-4648281(-) SMil_00001114-RA_Salv MP00080 ATTTCCCTTTTTGG
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