转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 43 / 149 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34088556-34088563promoter 内 1553-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 34085428-34086115(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G000677 Chr05 NC_080391.1:5176155-5176162promoter 内 1503-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 5171907-5173664(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G005523 Chr01 NC_080387.1:72107352-72107359promoter 内 1471-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 72100465-72104829(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001959 Chr03 NC_080389.1:28084371-28084378promoter 内 1402-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 28080979-28081779(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004838 Chr01 NC_080387.1:66523115-66523122promoter 内 1326-1333 bp + 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 66511258-66520447(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G006017 Chr01 NC_080387.1:75748931-75748938promoter 内 1198-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 75751734-75759911(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G000840 Chr03 NC_080389.1:9599154-9599161promoter 内 1178-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 9601977-9604830(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G001443 Chr05 NC_080391.1:13170024-13170031promoter 内 1171-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 13172854-13174209(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G000781 Chr04 NC_080390.1:9579355-9579362promoter 内 1110-1117 bp + 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 9582246-9584636(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G005414 Chr01 NC_080387.1:71371666-71371673promoter 内 1099-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 71366512-71368771(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G004764 Chr02 NC_080388.1:69820936-69820943promoter 内 1082-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 69823855-69827544(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15670915-15670922promoter 内 975-982 bp - 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 15673941-15675703(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G001468 Chr02 NC_080388.1:27412331-27412338promoter 内 961-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 27407029-27409298(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G001309 Chr03 NC_080389.1:15379691-15379698promoter 内 880-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 15382812-15388809(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G002374 Chr02 NC_080388.1:41588286-41588293promoter 内 846-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 41582996-41585138(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G001605 Chr02 NC_080388.1:29878628-29878635promoter 内 759-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 29881870-29888854(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5053506-5053513promoter 内 606-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 5046979-5050118(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G002169 Chr01 NC_080387.1:37796717-37796724promoter 内 588-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 37793240-37793311(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G002106 Chr01 NC_080387.1:37084125-37084132promoter 内 557-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 37078139-37080688(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G003913 Chr04 NC_080390.1:54852227-54852234promoter 内 345-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 54855883-54859870(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33516418-33516425promoter 内 297-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 33511321-33512721(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G002478 Chr04 NC_080390.1:39614760-39614767promoter 内 164-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 39618597-39618677(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G004785 Chr01 NC_080387.1:66058360-66058367promoter 内 50-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 66062311-66064074(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51340786-51340793promoter 内 3973-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 51339521-51340765(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G004211 Chr03 NC_080389.1:60715955-60715962promoter 内 3968-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 60713264-60715929(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28658228-28658235promoter 内 3954-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 28653686-28658188(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G003895 Chr02 NC_080388.1:61046012-61046019promoter 内 3942-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 61046071-61049536(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G000767 Chr02 NC_080388.1:12594828-12594835promoter 内 3918-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 12589035-12594752(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr02G005104 Chr02 NC_080388.1:72575709-72575716promoter 内 3916-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 72575794-72578957(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13073762-13073769promoter 内 3914-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13071779-13073682(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G005373 Chr01 NC_080387.1:70956687-70956694promoter 内 3899-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 70956789-70962209(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G003424 Chr03 NC_080389.1:52571751-52571758promoter 内 3899-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 52560603-52571656(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G005701 Chr01 NC_080387.1:73260665-73260672promoter 内 3898-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 73257396-73260569(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13074573-13074580promoter 内 3894-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13074680-13077615(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr01G002733 Chr01 NC_080387.1:45685528-45685535promoter 内 3892-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 45685637-45692581(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr05G000999 Chr05 NC_080391.1:8108491-8108498promoter 内 3887-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8107229-8108384(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
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