靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 43 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G001897 |
Chr01 | NC_080387.1:34088556-34088563promoter 内 1553-1560 bp |
+ | 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 34085428-34086115(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G000677 |
Chr05 | NC_080391.1:5176155-5176162promoter 内 1503-1510 bp |
+ | 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 5171907-5173664(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G005523 |
Chr01 | NC_080387.1:72107352-72107359promoter 内 1471-1478 bp |
- | 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 72100465-72104829(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G001959 |
Chr03 | NC_080389.1:28084371-28084378promoter 内 1402-1409 bp |
- | 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 28080979-28081779(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004838 |
Chr01 | NC_080387.1:66523115-66523122promoter 内 1326-1333 bp |
+ | 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 66511258-66520447(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G006017 |
Chr01 | NC_080387.1:75748931-75748938promoter 内 1198-1205 bp |
+ | 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 75751734-75759911(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G000840 |
Chr03 | NC_080389.1:9599154-9599161promoter 内 1178-1185 bp |
- | 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 9601977-9604830(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G001443 |
Chr05 | NC_080391.1:13170024-13170031promoter 内 1171-1178 bp |
- | 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 13172854-13174209(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G000781 |
Chr04 | NC_080390.1:9579355-9579362promoter 内 1110-1117 bp |
+ | 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 9582246-9584636(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G005414 |
Chr01 | NC_080387.1:71371666-71371673promoter 内 1099-1106 bp |
+ | 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 71366512-71368771(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G004764 |
Chr02 | NC_080388.1:69820936-69820943promoter 内 1082-1089 bp |
+ | 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 69823855-69827544(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G000698 |
Chr01 | NC_080387.1:15670915-15670922promoter 内 975-982 bp |
- | 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 15673941-15675703(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G001468 |
Chr02 | NC_080388.1:27412331-27412338promoter 内 961-968 bp |
+ | 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 27407029-27409298(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G001309 |
Chr03 | NC_080389.1:15379691-15379698promoter 内 880-887 bp |
+ | 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 15382812-15388809(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G002374 |
Chr02 | NC_080388.1:41588286-41588293promoter 内 846-853 bp |
- | 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 41582996-41585138(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G001605 |
Chr02 | NC_080388.1:29878628-29878635promoter 内 759-766 bp |
- | 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 29881870-29888854(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G000475 |
Chr03 | NC_080389.1:5053506-5053513promoter 内 606-613 bp |
+ | 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 5046979-5050118(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G002169 |
Chr01 | NC_080387.1:37796717-37796724promoter 内 588-595 bp |
- | 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 37793240-37793311(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G002106 |
Chr01 | NC_080387.1:37084125-37084132promoter 内 557-564 bp |
+ | 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 37078139-37080688(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G003913 |
Chr04 | NC_080390.1:54852227-54852234promoter 内 345-352 bp |
+ | 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 54855883-54859870(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G001856 |
Chr01 | NC_080387.1:33516418-33516425promoter 内 297-304 bp |
+ | 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 33511321-33512721(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G002478 |
Chr04 | NC_080390.1:39614760-39614767promoter 内 164-171 bp |
- | 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 39618597-39618677(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G004785 |
Chr01 | NC_080387.1:66058360-66058367promoter 内 50-57 bp |
+ | 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 3 | 66062311-66064074(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G003266 |
Chr01 | NC_080387.1:51340786-51340793promoter 内 3973-3980 bp |
- | 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 51339521-51340765(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G004211 |
Chr03 | NC_080389.1:60715955-60715962promoter 内 3968-3975 bp |
+ | 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 60713264-60715929(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G001487 |
Chr01 | NC_080387.1:28658228-28658235promoter 内 3954-3961 bp |
- | 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 28653686-28658188(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003895 |
Chr02 | NC_080388.1:61046012-61046019promoter 内 3942-3949 bp |
- | 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 61046071-61049536(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G000767 |
Chr02 | NC_080388.1:12594828-12594835promoter 内 3918-3925 bp |
+ | 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 12589035-12594752(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr02G005104 |
Chr02 | NC_080388.1:72575709-72575716promoter 内 3916-3923 bp |
- | 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 72575794-72578957(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G001133 |
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+ | 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 13071779-13073682(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr01G005373 |
Chr01 | NC_080387.1:70956687-70956694promoter 内 3899-3906 bp |
+ | 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 70956789-70962209(+) |
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Chr03 | NC_080389.1:52571751-52571758promoter 内 3899-3906 bp |
- | 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 52560603-52571656(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 73257396-73260569(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 5649416-5652266(+) |
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