转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 43 / 153 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7361789-7361799promoter 内 651-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr04G004177 Chr04 NC_080390.1:56372331-56372341promoter 内 621-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56366051-56368961(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGTGTACGGTA
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17702892-17702902promoter 内 619-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 17698591-17699520(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19046357-19046367promoter 内 590-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19040345-19042956(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr03G001622 Chr03 NC_080389.1:20797085-20797095promoter 内 559-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 20789933-20793653(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr03G001071 Chr03 NC_080389.1:12420186-12420196promoter 内 555-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 12423632-12425057(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr04G000175 Chr04 NC_080390.1:1583680-1583690promoter 内 551-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 1574599-1580240(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGCA
SmilChr03G002478 Chr03 NC_080389.1:39300134-39300144promoter 内 535-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 39303600-39306097(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACACC
SmilChr03G000396 Chr03 NC_080389.1:4314788-4314798promoter 内 510-520 bp + 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 4318279-4319415(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATGGTACGGAG
SmilChr03G000949 Chr03 NC_080389.1:10751148-10751158promoter 内 449-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 10754700-10755910(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr01G002792 Chr01 NC_080387.1:46431602-46431612promoter 内 447-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46435156-46437299(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACGTACGGAC
SmilChr05G003585 Chr05 NC_080391.1:47884330-47884340promoter 内 444-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47878145-47880783(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACATA
SmilChr04G002312 Chr04 NC_080390.1:37437885-37437895promoter 内 436-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 37433374-37434330(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACATG
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38958589-38958599promoter 内 422-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACATA
SmilChr02G004613 Chr02 NC_080388.1:68650836-68650846promoter 内 406-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 68654431-68662893(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CATGTACGGAA
SmilChr01G000389 Chr01 NC_080387.1:8014584-8014594promoter 内 378-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8008665-8010971(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACATA
SmilChr03G004580 Chr03 NC_080389.1:63679747-63679757promoter 内 358-368 bp + 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 63672632-63676114(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACCAT
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2584141-2584151promoter 内 328-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr05G000558 Chr05 NC_080391.1:4195785-4195795promoter 内 205-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 4199581-4204860(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGGCA
SmilChr03G002364 Chr03 NC_080389.1:37279545-37279555promoter 内 200-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 37274302-37275754(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr04G001952 Chr04 NC_080390.1:31718650-31718660promoter 内 179-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 31722472-31724124(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGTGTACGGTA
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47535766-47535776promoter 内 169-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACCGTACATA
SmilChr03G000192 Chr03 NC_080389.1:2129982-2129992promoter 内 54-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2133929-2149729(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TACCGTACACC
SmilChr04G000679 Chr04 NC_080390.1:7822061-7822071promoter 内 34-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 7826028-7828699(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTC
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45469522-45469532promoter 内 1013-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 45472510-45477828(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr03G000008 Chr03 NC_080389.1:91595-91605promoter 内 712-722 bp - 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 94884-97333(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr02G002780 Chr02 NC_080388.1:47892836-47892846promoter 内 3975-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47892862-47899489(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr01G004191 Chr01 NC_080387.1:60370936-60370946promoter 内 3525-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 60368766-60370470(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTT
SmilChr04G001814 Chr04 NC_080390.1:29638604-29638614promoter 内 3232-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 29639373-29642256(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATA
SmilChr02G000458 Chr02 NC_080388.1:6122121-6122131promoter 内 3131-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 6118977-6121261(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTT
SmilChr01G002837 Chr01 NC_080387.1:46961133-46961143promoter 内 3085-3095 bp + 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 46958115-46960227(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATT
SmilChr04G000789 Chr04 NC_080390.1:9716426-9716436promoter 内 3066-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 9708781-9715501(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACT
SmilChr01G003262 Chr01 NC_080387.1:51317877-51317887promoter 内 2691-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 51319187-51320931(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGTT
SmilChr05G002042 Chr05 NC_080391.1:21257685-21257695promoter 内 2670-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 21259016-21264744(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACAAC
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25631892-25631902promoter 内 2331-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 25633562-25634590(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTGGTACGGAT
SmilChr03G002619 Chr03 NC_080389.1:41579265-41579275promoter 内 2326-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 41580940-41582544(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGTT
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